seq1 = pF1KB8405.tfa, 2412 bp
seq2 = pF1KB8405/gi568815587r_15872812.tfa (gi568815587r:15872812_16441253), 568442 bp

>pF1KB8405 2412
>gi568815587r:15872812_16441253 (Chr11)

(complement)

1-246  (99996-100242)   98% ->
247-454  (122601-122808)   100% ->
455-544  (206583-206672)   100% ->
545-717  (254299-254471)   100% ->
718-786  (257300-257368)   100% ->
787-907  (329331-329451)   100% ->
908-987  (343566-343645)   100% ->
988-1137  (385353-385502)   100% ->
1138-1363  (391316-391541)   100% ->
1364-1551  (394553-394740)   100% ->
1552-1660  (426204-426312)   100% ->
1661-1894  (452024-452257)   100% ->
1895-2111  (454834-455050)   100% ->
2112-2412  (468142-468442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG GGAAGAATGTCTTCCAAGCAAGCCACCTCTCCATTTGCCTGTGCAG
         ||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 CTGCAGAAGAATGTCTTCCAAGCAAGCCACCTCTCCATTTGCCTGTGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CTGATGGAGAGGATGCAATGACCCAGGATTTAACCTCAAGGGAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 CTGATGGAGAGGATGCAATGACCCAGGATTTAACCTCAAGGGAAAAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GAGGGCAGTGATCAACATGTGGCCTCCCATCTGCCTCTGCACCCCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 GAGGGCAGTGATCAACATGTGGCCTCCCATCTGCCTCTGCACCCCATAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GCACAACAAACCTCACTCTGAGGAGCTACCAACACTTGTCAGTACCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 GCACAACAAACCTCACTCTGAGGAGCTACCAACACTTGTCAGTACCATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AACAAGATGCTGACTGGGACAGCGTTCTGTCATCTCAGCAAAGAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100196 AACAAGATGCTGACTGGGACAGCGTTCTGTCATCTCAGCAAAGAATGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247       GAATCAGAGAATAATAAGTTATGTTCCCTATATTCCTTCCGAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 ...TAGGAATCAGAGAATAATAAGTTATGTTCCCTATATTCCTTCCGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 TACCTCTACCTCACCACATAAGCCTGACGAAGGGAGTCGGGACCGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122645 TACCTCTACCTCACCACATAAGCCTGACGAAGGGAGTCGGGACCGTGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 TAATGACCAGTGTTACTTTTGGAACCCCAGAGCGCCGCAAAGGGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122695 TAATGACCAGTGTTACTTTTGGAACCCCAGAGCGCCGCAAAGGGAGTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 GCCGATGTGGTGGACACACTGAAACAGAAGAAGCTTGAGGAAATGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122745 GCCGATGTGGTGGACACACTGAAACAGAAGAAGCTTGAGGAAATGACTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 GACTGAACAAGAGG         ATTCCTCCTGCATGGAAAAACTACTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122795 GACTGAACAAGAGGGTA...TAGATTCCTCCTGCATGGAAAAACTACTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 CAAAAGATTGGAAGGAAAAAATGGAAAGACTAAATACCAGTGAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206610 CAAAAGATTGGAAGGAAAAAATGGAAAGACTAAATACCAGTGAACTTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GGAGAAATTAAAG         GTACACCTGAGAGCCTGGCAGAAAAAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 206660 GGAGAAATTAAAGGTA...TAGGTACACCTGAGAGCCTGGCAGAAAAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 ACGGCAGCTCTCCACCATGATTACCCAGCTGATCAGTTTACGGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254327 ACGGCAGCTCTCCACCATGATTACCCAGCTGATCAGTTTACGGGAGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 TACTGGCAGCGCATGATGAACAGAAAAAACTGGCAGCGTCACAAATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254377 TACTGGCAGCGCATGATGAACAGAAAAAACTGGCAGCGTCACAAATTGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 AAACAACGGCAGCAAATGGACCTTGCTCGCCAACAGCAAGAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 254427 AAACAACGGCAGCAAATGGACCTTGCTCGCCAACAGCAAGAACAGGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718     ATTGCGAGACAACAGCAGCAACTTCTGCAACAGCAGCACAAAATTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254477 .TAGATTGCGAGACAACAGCAGCAACTTCTGCAACAGCAGCACAAAATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 ATCTCCTGCAGCAACAGATCCAG         GTTCAGGGTCACATGCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 257346 ATCTCCTGCAGCAACAGATCCAGGTC...CAGGTTCAGGGTCACATGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 CCGCTCATGATCCCAATTTTTCCACATGACCAGCGGACTCTGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329349 CCGCTCATGATCCCAATTTTTCCACATGACCAGCGGACTCTGGCAGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 TGCTGCTGCCCAACAGGGATTCCTCTTCCCCCCTGGAATAACATACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329399 TGCTGCTGCCCAACAGGGATTCCTCTTCCCCCCTGGAATAACATACAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 CAG         GTGATAACTACCCCGTACAGTTCATTCCATCAACAATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329449 CAGGTA...CAGGTGATAACTACCCCGTACAGTTCATTCCATCAACAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 GCAGCTGCTGCTGCTTCTGGACTCAGCCCTTTACAGCTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 343604 GCAGCTGCTGCTGCTTCTGGACTCAGCCCTTTACAGCTCCAGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988  CAGCTCTATGCCGCTCAGCTGGCCAGCATGCAGGTGTCACCTGGAGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385352 GCAGCTCTATGCCGCTCAGCTGGCCAGCATGCAGGTGTCACCTGGAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 AGATGCCATCAACTCCACAGCCACCAAACACAGCAGGGACGGTCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385402 AGATGCCATCAACTCCACAGCCACCAAACACAGCAGGGACGGTCTCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 ACTGGGATAAAAAATGAAAAGAGAGGGACCAGCCCTGTAACTCAAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385452 ACTGGGATAAAAAATGAAAAGAGAGGGACCAGCCCTGTAACTCAAGTTAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 G         GATGAAGCAGCAGCACAGCCTCTGAATCTCTCATCCCGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385502 GGTA...TAGGATGAAGCAGCAGCACAGCCTCTGAATCTCTCATCCCGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 CCAAGACAGCAGAGCCTGTAAAGTCCCCAACGTCTCCCACCCAGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391356 CCAAGACAGCAGAGCCTGTAAAGTCCCCAACGTCTCCCACCCAGAACCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 TTCCCAGCCAGCAAAACCAGCCCTGTCAATCTGCCAAACAAAAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391406 TTCCCAGCCAGCAAAACCAGCCCTGTCAATCTGCCAAACAAAAGCAGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 CCCTAGCCCCATTGGAGGAAGCCTGGGAAGAGGATCCTCTTTAGGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391456 CCCTAGCCCCATTGGAGGAAGCCTGGGAAGAGGATCCTCTTTAGGTAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 GGAAAAGTCAACACCAGGAAGAGACTTACGAATTAG         ATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 391506 GGAAAAGTCAACACCAGGAAGAGACTTACGAATTAGGTA...CAGATATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 CTATCTAGTCTCAACTCCCCTGCCCTTTTTGGGGATCAGGATACAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394558 CTATCTAGTCTCAACTCCCCTGCCCTTTTTGGGGATCAGGATACAGTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 GAAAGCCATTCAGGAGGCGCGGAAGATGCGAGAGCAGATCCAGCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394608 GAAAGCCATTCAGGAGGCGCGGAAGATGCGAGAGCAGATCCAGCGGGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 AACAGCAGCAACAGCCACATGGTGTTGACGGGAAACTGTCCTCCATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 394658 AACAGCAGCAACAGCCACATGGTGTTGACGGGAAACTGTCCTCCATAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 AATATGGGGCTGAACAGCTGCAGGAATGAAAAG         GAAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 394708 AATATGGGGCTGAACAGCTGCAGGAATGAAAAGGTA...TAGGAAAGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1560 GCGCTTTGAGAATTTGGGGCCCCAGTTAACGGGAAAGTCAAATGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426212 GCGCTTTGAGAATTTGGGGCCCCAGTTAACGGGAAAGTCAAATGAAGATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610 GAAAACTGGGCCCAGGTGTCATCGACCTTACTCGGCCAGAAGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426262 GAAAACTGGGCCCAGGTGTCATCGACCTTACTCGGCCAGAAGATGCAGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660 G         GAAGTAAAGCAATGAATGGCTCTGCAGCTAAACTACAGCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 426312 GGTG...CAGGAAGTAAAGCAATGAATGGCTCTGCAGCTAAACTACAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GTATTATTGTTGGCCAACAGGAGGTGCCACTGTGGCTGAAGCACGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452064 GTATTATTGTTGGCCAACAGGAGGTGCCACTGTGGCTGAAGCACGAGTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ACAGGGACGCCCGCGGCCGTGCCAGCAGCGAGCCACACATTAAGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452114 ACAGGGACGCCCGCGGCCGTGCCAGCAGCGAGCCACACATTAAGCGACCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ATGAATGCATTCATGGTTTGGGCAAAGGATGAGAGGAGAAAAATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452164 ATGAATGCATTCATGGTTTGGGCAAAGGATGAGAGGAGAAAAATCCTTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGCCTTCCCCGACATGCATAACTCCAACATTAGCAAAATCTTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 452214 GGCCTTCCCCGACATGCATAACTCCAACATTAGCAAAATCTTAGGTG...

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1895    GATCTCGCTGGAAATCAATGTCCAACCAGGAGAAGCAACCTTATTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454831 TAGGATCTCGCTGGAAATCAATGTCCAACCAGGAGAAGCAACCTTATTAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GAAGAGCAGGCCCGGCTAAGCAAGATCCACTTAGAGAAGTACCCAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454881 GAAGAGCAGGCCCGGCTAAGCAAGATCCACTTAGAGAAGTACCCAAACTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 TAAATACAAACCCCGACCGAAACGCACCTGCATTGTTGATGGCAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454931 TAAATACAAACCCCGACCGAAACGCACCTGCATTGTTGATGGCAAAAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 TTCGGATTGGGGAGTATAAGCAACTGATGAGGTCTCGGAGACAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454981 TTCGGATTGGGGAGTATAAGCAACTGATGAGGTCTCGGAGACAGGAGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 AGGCAGTTCTTTACTGTGGG         GCAACAGCCTCAGATTCCAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 455031 AGGCAGTTCTTTACTGTGGGGTA...TAGGCAACAGCCTCAGATTCCAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 CACCACAGGAACAGGTGTTGTGTATCCTGGTGCTATCACTATGGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468163 CACCACAGGAACAGGTGTTGTGTATCCTGGTGCTATCACTATGGCAACTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 CCACACCATCGCCTCAGATGACATCTGACTGCTCTAGCACCTCGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468213 CCACACCATCGCCTCAGATGACATCTGACTGCTCTAGCACCTCGGCCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 CCGGAGCCCAGCCTCCCGGTCATCCAGAGCACTTATGGTATGAAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468263 CCGGAGCCCAGCCTCCCGGTCATCCAGAGCACTTATGGTATGAAGACAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 TGGCGGAAGCCTAGCTGGAAATGAAATGATCAATGGAGAGGATGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468313 TGGCGGAAGCCTAGCTGGAAATGAAATGATCAATGGAGAGGATGAAATGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 AAATGTATGATGACTATGAAGATGACCCCAAATCAGACTATAGCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468363 AAATGTATGATGACTATGAAGATGACCCCAAATCAGACTATAGCAGTGAA

   2500     .    :    .    :    .    :
   2383 AATGAAGCCCCGGAGGCTGTCAGTGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 468413 AATGAAGCCCCGGAGGCTGTCAGTGCCAAC