seq1 = pF1KB8397.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB8397/gi568815597r_243412322.tfa (gi568815597r:243412322_243943170), 530849 bp

>pF1KB8397 1386
>gi568815597r:243412322_243943170 (Chr1)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-172  (247455-247580)   100% ->
173-284  (278288-278399)   100% ->
285-429  (297134-297278)   100% ->
430-561  (305429-305560)   100% ->
562-627  (328010-328075)   100% ->
628-696  (329432-329500)   100% ->
697-819  (370123-370245)   100% ->
820-948  (379323-379451)   100% ->
949-1163  (390228-390442)   100% ->
1164-1251  (397574-397661)   100% ->
1252-1354  (430745-430847)   100% ->
1355-1386  (443385-443416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGATGTTACCATTGTGAAAGAAGGTTGGGTTCAGAAGAGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAGCGATGTTACCATTGTGAAAGAAGGTTGGGTTCAGAAGAGGGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GAGAATATATAAAAAACTGGAGGCCAAGATACTTCCTTTTGAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGAGAATATATAAAAAACTGGAGGCCAAGATACTTCCTTTTGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGATGGCTCATTCATAGGATATAAAGAGAAACCTCAAGATGTGGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247500 CAGATGGCTCATTCATAGGATATAAAGAGAAACCTCAAGATGTGGATTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTATCCCCTCAACAACTTTTCAGTGGCAA         AATGCCAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 247550 CCTTATCCCCTCAACAACTTTTCAGTGGCAAGTA...TAGAATGCCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATGAAAACAGAACGACCAAAGCCAAACACATTTATAATCAGATGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278298 AATGAAAACAGAACGACCAAAGCCAAACACATTTATAATCAGATGTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTGGACTACTGTTATAGAGAGAACATTTCATGTAGATACTCCAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278348 AGTGGACTACTGTTATAGAGAGAACATTTCATGTAGATACTCCAGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AG         GGAAGAATGGACAGAAGCTATCCAGGCTGTAGCAGACAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278398 AGGTA...TAGGGAAGAATGGACAGAAGCTATCCAGGCTGTAGCAGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGCAGAGGCAAGAAGAGGAGAGAATGAATTGTAGTCCAACTTCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297173 ACTGCAGAGGCAAGAAGAGGAGAGAATGAATTGTAGTCCAACTTCACAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGATAATATAGGAGAGGAAGAGATGGATGCCTCTACAACCCATCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297223 TTGATAATATAGGAGAGGAAGAGATGGATGCCTCTACAACCCATCATAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAAAG         ACAATGAATGATTTTGACTATTTGAAACTACTAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297273 AGAAAGGTA...CAGACAATGAATGATTTTGACTATTTGAAACTACTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAAGGCACTTTTGGGAAAGTTATTTTGGTTCGAGAGAAGGCAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305464 TAAAGGCACTTTTGGGAAAGTTATTTTGGTTCGAGAGAAGGCAAGTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATACTATGCTATGAAGATTCTGAAGAAAGAAGTCATTATTGCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 305514 AATACTATGCTATGAAGATTCTGAAGAAAGAAGTCATTATTGCAAAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       GATGAAGTGGCACACACTCTAACTGAAAGCAGAGTATTAAAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305564 ...TAGGATGAAGTGGCACACACTCTAACTGAAAGCAGAGTATTAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACTAGACATCCCTTTTTAACA         TCCTTGAAATATTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 328054 CACTAGACATCCCTTTTTAACAGTA...AAGTCCTTGAAATATTCCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGACAAAAGACCGTTTGTGTTTTGTGATGGAATATGTTAATGGGGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329451 AGACAAAAGACCGTTTGTGTTTTGTGATGGAATATGTTAATGGGGGCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697          CTGTTTTTCCATTTGTCGAGAGAGCGGGTGTTCTCTGAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329501 GTG...CAGCTGTTTTTCCATTTGTCGAGAGAGCGGGTGTTCTCTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCGCACACGTTTCTATGGTGCAGAAATTGTCTCTGCCTTGGACTATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370164 CCGCACACGTTTCTATGGTGCAGAAATTGTCTCTGCCTTGGACTATCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTCCGGAAAGATTGTGTACCGTGATCTCAAG         TTGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 370214 ATTCCGGAAAGATTGTGTACCGTGATCTCAAGGTA...CAGTTGGAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTAATGCTGGACAAAGATGGCCACATAAAAATTACAGATTTTGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379332 CTAATGCTGGACAAAGATGGCCACATAAAAATTACAGATTTTGGACTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAAGAAGGGATCACAGATGCAGCCACCATGAAGACATTCTGTGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379382 CAAAGAAGGGATCACAGATGCAGCCACCATGAAGACATTCTGTGGCACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGAATATCTGGCACCAGAG         GTGTTAGAAGATAATGACTAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 379432 CAGAATATCTGGCACCAGAGGTA...TAGGTGTTAGAAGATAATGACTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGCCGAGCAGTAGACTGGTGGGGCCTAGGGGTTGTCATGTATGAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390249 GGCCGAGCAGTAGACTGGTGGGGCCTAGGGGTTGTCATGTATGAAATGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTGTGGGAGGTTACCTTTCTACAACCAGGACCATGAGAAACTTTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390299 GTGTGGGAGGTTACCTTTCTACAACCAGGACCATGAGAAACTTTTTGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAATATTAATGGAAGACATTAAATTTCCTCGAACACTCTCTTCAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 390349 TAATATTAATGGAAGACATTAAATTTCCTCGAACACTCTCTTCAGATGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAATCATTGCTTTCAGGGCTCTTGATAAAGGATCCAAATAAACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 390399 AAATCATTGCTTTCAGGGCTCTTGATAAAGGATCCAAATAAACGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164    CCTTGGTGGAGGACCAGATGATGCAAAAGAAATTATGAGACACAGTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397571 TAGCCTTGGTGGAGGACCAGATGATGCAAAAGAAATTATGAGACACAGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTTCTCTGGAGTAAACTGGCAAGATGTATATGATAAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 397621 TCTTCTCTGGAGTAAACTGGCAAGATGTATATGATAAAAAGGTA...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CTTGTACCTCCTTTTAAACCTCAAGTAACATCTGAGACAGATACTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 430745 CTTGTACCTCCTTTTAAACCTCAAGTAACATCTGAGACAGATACTAGATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTTTGATGAAGAATTTACAGCTCAGACTATTACAATAACACCACCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 430795 TTTTGATGAAGAATTTACAGCTCAGACTATTACAATAACACCACCTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAT         GTCAGCAATCAGATTGTGGCATGCTGGGTAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 430845 AATGTA...CAGGTCAGCAATCAGATTGTGGCATGCTGGGTAAC