seq1 = pF1KB8396.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KB8396/gi568815596f_15842065.tfa (gi568815596f:15842065_16046094), 204030 bp

>pF1KB8396 1392
>gi568815596f:15842065_16046094 (Chr2)

1-790  (100001-100790)   100% ->
791-1392  (103429-104030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAGCTGCTCCACGTCCACCATGCCGGGCATGATCTGCAAGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGAGCTGCTCCACGTCCACCATGCCGGGCATGATCTGCAAGAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACCTCGAGTTTGACTCGCTACAGCCCTGCTTCTACCCGGACGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACCTCGAGTTTGACTCGCTACAGCCCTGCTTCTACCCGGACGAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCTACTTCGGCGGCCCCGACTCGACCCCCCCGGGGGAGGACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCTACTTCGGCGGCCCCGACTCGACCCCCCCGGGGGAGGACATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAGTTTGAGCTGCTGCCCACGCCCCCGCTGTCGCCCAGCCGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAGTTTGAGCTGCTGCCCACGCCCCCGCTGTCGCCCAGCCGTGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGGAGCACAGCTCCGAGCCCCCGAGCTGGGTCACGGAGATGCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGGAGCACAGCTCCGAGCCCCCGAGCTGGGTCACGGAGATGCTGCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACGAGCTGTGGGGCAGCCCGGCCGAGGAGGACGCGTTCGGCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAACGAGCTGTGGGGCAGCCCGGCCGAGGAGGACGCGTTCGGCCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGACTGGGTGGCCTCACCCCCAACCCGGTCATCCTCCAGGACTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGACTGGGTGGCCTCACCCCCAACCCGGTCATCCTCCAGGACTGCATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCGGCTTCTCCGCCCGCGAGAAGCTGGAGCGCGCCGTGAGCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCGGCTTCTCCGCCCGCGAGAAGCTGGAGCGCGCCGTGAGCGAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCAGCACGGCCGCGGGCCGCCAACCGCCGGTTCCACCGCCCAGTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCAGCACGGCCGCGGGCCGCCAACCGCCGGTTCCACCGCCCAGTCCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAGCCGGCGCCGCCAGCCCTGCGGGTCGCGGGCACGGCGGGGCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAGCCGGCGCCGCCAGCCCTGCGGGTCGCGGGCACGGCGGGGCTGCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCCGGCCGCGCCGGGGCCGCCCTGCCCGCCGAGCTCGCCCACCCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCCGGCCGCGCCGGGGCCGCCCTGCCCGCCGAGCTCGCCCACCCGGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGAGTGCGTGGATCCCGCCGTGGTCTTCCCCTTTCCCGTGAACAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGAGTGCGTGGATCCCGCCGTGGTCTTCCCCTTTCCCGTGAACAAGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCCAGCGCCCGTGCCCGCAGCCCCGGCCAGTGCCCCGGCGGCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCCAGCGCCCGTGCCCGCAGCCCCGGCCAGTGCCCCGGCGGCGGGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCGGTCGCCTCGGGGGCGGGTATTGCCGCCCCAGCCGGGGCCCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCGGTCGCCTCGGGGGCGGGTATTGCCGCCCCAGCCGGGGCCCCGGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCGCCCCTCCGCGCCCAGGCGGCCGCCAGACCAGCGGCGGCGACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCGCCCCTCCGCGCCCAGGCGGCCGCCAGACCAGCGGCGGCGACCACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCCTCAGTACCTCCGGAGAGGACACCCTGAGCGATTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100751 GCCCTCAGTACCTCCGGAGAGGACACCCTGAGCGATTCAGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGATGAAGATGATGAAGAGGAAGATGAAGAGGAAGAAATCGACGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103430 TGATGAAGATGATGAAGAGGAAGATGAAGAGGAAGAAATCGACGTGGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTGTGGAGAAGCGGCGTTCCTCCTCCAACACCAAGGCTGTCACCACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103480 CTGTGGAGAAGCGGCGTTCCTCCTCCAACACCAAGGCTGTCACCACATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACCATCACTGTGCGTCCCAAGAACGCAGCCCTGGGTCCCGGGAGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103530 ACCATCACTGTGCGTCCCAAGAACGCAGCCCTGGGTCCCGGGAGGGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTCCAGCGAGCTGATCCTCAAACGATGCCTTCCCATCCACCAGCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103580 GTCCAGCGAGCTGATCCTCAAACGATGCCTTCCCATCCACCAGCAGCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACTATGCCGCCCCCTCTCCCTACGTGGAGAGTGAGGATGCACCCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103630 ACTATGCCGCCCCCTCTCCCTACGTGGAGAGTGAGGATGCACCCCCACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAGAAGATAAAGAGCGAGGCGTCCCCACGTCCGCTCAAGAGTGTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103680 AAGAAGATAAAGAGCGAGGCGTCCCCACGTCCGCTCAAGAGTGTCATCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCCAAAGGCTAAGAGCTTGAGCCCCCGAAACTCTGACTCGGAGGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103730 CCCAAAGGCTAAGAGCTTGAGCCCCCGAAACTCTGACTCGGAGGACAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGCGTCGCAGAAACCACAACATCCTGGAGCGCCAGCGCCGCAACGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103780 AGCGTCGCAGAAACCACAACATCCTGGAGCGCCAGCGCCGCAACGACCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CGGTCCAGCTTTCTCACGCTCAGGGACCACGTGCCGGAGTTGGTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103830 CGGTCCAGCTTTCTCACGCTCAGGGACCACGTGCCGGAGTTGGTAAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGAGAAGGCCGCCAAGGTGGTCATTTTGAAAAAGGCCACTGAGTATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103880 TGAGAAGGCCGCCAAGGTGGTCATTTTGAAAAAGGCCACTGAGTATGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 ACTCCCTCCAGGCCGAGGAGCACCAGCTTTTGCTGGAAAAGGAAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 ACTCCCTCCAGGCCGAGGAGCACCAGCTTTTGCTGGAAAAGGAAAAATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CAGGCAAGACAGCAGCAGTTGCTAAAGAAAATTGAACACGCTCGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 CAGGCAAGACAGCAGCAGTTGCTAAAGAAAATTGAACACGCTCGGACTTG

   1400 
   1392 C
        |
 104030 C