seq1 = pF1KB8376.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KB8376/gi568815579f_35195409.tfa (gi568815579f:35195409_35413451), 218043 bp

>pF1KB8376 1878
>gi568815579f:35195409_35413451 (Chr19)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-415  (100205-100573)   100% ->
416-712  (104146-104442)   100% ->
713-970  (104739-104996)   100% ->
971-1231  (107040-107300)   100% ->
1232-1519  (114466-114753)   100% ->
1520-1616  (115139-115235)   100% ->
1617-1716  (116510-116609)   100% ->
1717-1878  (117882-118043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATATTCCTCACGGCACTGCCTCTGTTCTGGATTATGATTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGATATTCCTCACGGCACTGCCTCTGTTCTGGATTATGATTTCAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      CCTCCCGAGGGGGTCACTGGGGTGCCTGGATGCCCTCGTCCATCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGCCTCCCGAGGGGGTCACTGGGGTGCCTGGATGCCCTCGTCCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCCTTCGAAGGCACGTGCGTCTCCATCCCCTGCCGCTTTGACTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 CGGCCTTCGAAGGCACGTGCGTCTCCATCCCCTGCCGCTTTGACTTCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAGCTGCGGCCCGCTGTGGTGCATGGTGTCTGGTACTTCAATAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 GATGAGCTGCGGCCCGCTGTGGTGCATGGTGTCTGGTACTTCAATAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCCCAAGAACTACCCCCCGGTGGTCTTCAAGTCGCGCACCCAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 CTACCCCAAGAACTACCCCCCGGTGGTCTTCAAGTCGCGCACCCAAGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCACGAGAGCTTCCAGGGCCGCAGCCGCCTCCTGGGGGACCTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 TCCACGAGAGCTTCCAGGGCCGCAGCCGCCTCCTGGGGGACCTGGGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAAACTGCACCCTCCTGCTCAGCAACGTCAGCCCCGAGCTGGGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CGAAACTGCACCCTCCTGCTCAGCAACGTCAGCCCCGAGCTGGGCGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTACTACTTCCGTGGGGACCTGGGCGGCTACAACCAGTACACCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 GTACTACTTCCGTGGGGACCTGGGCGGCTACAACCAGTACACCTTCTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCACAGCGTCCTGGATATCGTCA         ACACCCCCAACATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100550 AGCACAGCGTCCTGGATATCGTCAGTG...TAGACACCCCCAACATCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCCCCCAGAGGTGGTGGCAGGCACGGAGGTGGAGGTCAGCTGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104163 GTGCCCCCAGAGGTGGTGGCAGGCACGGAGGTGGAGGTCAGCTGCATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCGGACAACTGCCCAGAGCTGCGCCCTGAGCTGAGCTGGCTGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104213 GCCGGACAACTGCCCAGAGCTGCGCCCTGAGCTGAGCTGGCTGGGCCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGGGCTGGGGGAGCCCGCTGTGCTGGGCCGGCTGCGGGAGGACGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104263 AGGGGCTGGGGGAGCCCGCTGTGCTGGGCCGGCTGCGGGAGGACGAGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCTGGGTGCAGGTGTCACTGCTGCACTTCGTGCCCACGAGGGAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104313 ACCTGGGTGCAGGTGTCACTGCTGCACTTCGTGCCCACGAGGGAGGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGGCCACAGGCTGGGCTGCCAGGCCTCCTTCCCCAACACCACCCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 CGGCCACAGGCTGGGCTGCCAGGCCTCCTTCCCCAACACCACCCTGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCGAGGGCTACGCCAGCATGGACGTCAAGT         ACCCCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104413 TCGAGGGCTACGCCAGCATGGACGTCAAGTGTG...TAGACCCCCCGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATTGTGGAGATGAACTCCTCGGTGGAGGCCATCGAGGGCTCCCACGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104750 ATTGTGGAGATGAACTCCTCGGTGGAGGCCATCGAGGGCTCCCACGTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTGCTCTGTGGGGCTGACAGCAACCCCCCGCCGCTGCTGACCTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104800 CCTGCTCTGTGGGGCTGACAGCAACCCCCCGCCGCTGCTGACCTGGATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGACGGGACAGTCCTCCGGGAGGCGGTGGCCGAGAGCCTGCTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104850 GGGACGGGACAGTCCTCCGGGAGGCGGTGGCCGAGAGCCTGCTCCTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGGAGGAGGTGACCCCCGCCGAAGACGGCGTCTATGCCTGCCTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104900 CTGGAGGAGGTGACCCCCGCCGAAGACGGCGTCTATGCCTGCCTGGCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GAATGCCTATGGCCAGGACAACCGCACCGTGGGGCTCAGTGTCATGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104950 GAATGCCTATGGCCAGGACAACCGCACCGTGGGGCTCAGTGTCATGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971       ATGCACCCTGGAAGCCAACAGTGAACGGGACAATGGTGGCCGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105000 ...CAGATGCACCCTGGAAGCCAACAGTGAACGGGACAATGGTGGCCGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAGGGGGAGACGGTCTCTATCTTGTGCTCCACACAGAGCAACCCGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107084 GAGGGGGAGACGGTCTCTATCTTGTGCTCCACACAGAGCAACCCGGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TATTCTCACCATCTTCAAGGAGAAGCAGATCCTGTCCACGGTCATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107134 TATTCTCACCATCTTCAAGGAGAAGCAGATCCTGTCCACGGTCATCTACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGAGCGAGCTGCAGCTGGAGCTGCCGGCCGTGTCACCCGAGGATGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107184 AGAGCGAGCTGCAGCTGGAGCTGCCGGCCGTGTCACCCGAGGATGATGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGTACTGGTGTGTGGCTGAGAACCAGTATGGCCAGAGGGCCACCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107234 GAGTACTGGTGTGTGGCTGAGAACCAGTATGGCCAGAGGGCCACCGCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAACCTGTCTGTGGAGT         TCGCCCCTGTGCTCCTCCTGGAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107284 CAACCTGTCTGTGGAGTGTG...CAGTCGCCCCTGTGCTCCTCCTGGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCCACTGCGCGGCAGCCCGAGACACGGTGCAGTGCCTGTGCGTGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114490 CCCACTGCGCGGCAGCCCGAGACACGGTGCAGTGCCTGTGCGTGGTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCCAACCCGGAGCCGTCCGTGGCCTTTGAGCTGCCATCGCGCAATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114540 TCCAACCCGGAGCCGTCCGTGGCCTTTGAGCTGCCATCGCGCAATGTGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CGTGAACGAGAGCGAGCGGGAGTTCGTGTACTCGGAGCGCAGCGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114590 CGTGAACGAGAGCGAGCGGGAGTTCGTGTACTCGGAGCGCAGCGGCCTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGCTCACCAGCATCCTCACGCTGCGGGGGCAGGCCCAGGCCCCGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114640 TGCTCACCAGCATCCTCACGCTGCGGGGGCAGGCCCAGGCCCCGCCCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GTCATCTGCACCGCGAGGAACCTCTATGGCGCCAAGAGCCTGGAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114690 GTCATCTGCACCGCGAGGAACCTCTATGGCGCCAAGAGCCTGGAGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CTTCCAGGGAGCCC         ATCGACTGATGTGGGCCAAGATCGGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114740 CTTCCAGGGAGCCCGTG...CAGATCGACTGATGTGGGCCAAGATCGGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CTGTGGGCGCCGTGGTCGCCTTTGCCATCCTGATTGCCATCGTCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115166 CTGTGGGCGCCGTGGTCGCCTTTGCCATCCTGATTGCCATCGTCTGCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ATTACCCAGACACGCAGGAA         AAAGAACGTGACAGAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115216 ATTACCCAGACACGCAGGAAGTG...CAGAAAGAACGTGACAGAGAGCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CAGCTTCTCGGCAGGGGACAACCCTCCCGTCCTGTTCAGCAGCGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116531 CAGCTTCTCGGCAGGGGACAACCCTCCCGTCCTGTTCAGCAGCGACTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GCATCTCTGGGGCACCAGAGAAGTACGAG         AGCGAGAGGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116581 GCATCTCTGGGGCACCAGAGAAGTACGAGGTA...TAGAGCGAGAGGCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTGGGATCTGAGAGGAGGCTGCTGGGCCTTCGGGGTGAGCCCCCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117894 CTGGGATCTGAGAGGAGGCTGCTGGGCCTTCGGGGTGAGCCCCCAGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GGACCTGAGCTATTCTCACTCGGACCTGGGGAAACGGCCCACCAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117944 GGACCTGAGCTATTCTCACTCGGACCTGGGGAAACGGCCCACCAAGGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GCTACACGCTGACGGAGGAGCTAGCTGAGTATGCTGAAATCCGGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117994 GCTACACGCTGACGGAGGAGCTAGCTGAGTATGCTGAAATCCGGGTCAAG