seq1 = pF1KB8369.tfa, 594 bp
seq2 = pF1KB8369/gi568815586f_12617840.tfa (gi568815586f:12617840_12818943), 201104 bp

>pF1KB8369 594
>gi568815586f:12617840_12818943 (Chr12)

1-475  (100001-100475)   99% ->
476-594  (100986-101104)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAACGTGCGAGTGTCTAACGGGAGCCCTAGCCTGGAGCGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAACGTGCGAGTGTCTAACGGGAGCCCTAGCCTGGAGCGGATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAGGCAGGCGGAGCACCCCAAGCCCTCGGCCTGCAGGAACCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCAGGCAGGCGGAGCACCCCAAGCCCTCGGCCTGCAGGAACCTCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCGGTGGACCACGAAGAGTTAACCCGGGACTTGGAGAAGCACTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCGGTGGACCACGAAGAGTTAACCCGGGACTTGGAGAAGCACTGCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACATGGAAGAGGCGAGCCAGCGCAAGTGGAATTTCGATTTTCAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACATGGAAGAGGCGAGCCAGCGCAAGTGGAATTTCGATTTTCAGAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAACCCCTAGAGGGCAAGTACGAGTGGCAAGAGGTGGAGAAGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAACCCCTAGAGGGCAAGTACGAGTGGCAAGAGGTGGAGAAGGGCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCCGAGTTCTACTACAGACCCCCGCGGCCCCCCAAAGGTGCCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCCGAGTTCTACTACAGACCCCCGCGGCCCCCCAAAGGTGCCTGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCGGCGCAGGAGAGCCAGGATGGCAGCGGGAGCCGCCCGGCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCCGGCGCAGGAGAGCCAGGATGTCAGCGGGAGCCGCCCGGCGGCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTAATTGGGGCTCCGGCTAACTCTGAGGACACGCATTTGGTGGACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTAATTGGGGCTCCGGCTAACTCTGAGGACACGCATTTGGTGGACCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACTGATCCGTCGGACAGCCAGACGGGGTTAGCGGAGCAATGCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACTGATCCGTCGGACAGCCAGACGGGGTTAGCGGAGCAATGCGCAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATAAGGAAGCGACCTGCAACCGACG         ATTCTTCTACTCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100451 ATAAGGAAGCGACCTGCAACCGACGGTA...TAGATTCTTCTACTCAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAAAGAGCCAACAGAACAGAAGAAAATGTTTCAGACGGTTCCCCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 CAAAAGAGCCAACAGAACAGAAGAAAATGTTTCAGACGGTTCCCCAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGGTTCTGTTGAGCAGACGCCCAAGAAGCCTGGCCTCAGAAGACGTCAA
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 CCGGTTCTGTGGAGCAGACGCCCAAGAAGCCTGGCCTCAGAAGACGTCAA

    600 
    592 ACG
        |||
 101102 ACG