seq1 = pF1KB8367.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KB8367/gi568815577f_25539822.tfa (gi568815577f:25539822_25812383), 272562 bp

>pF1KB8367 894
>gi568815577f:25539822_25812383 (Chr21)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-133  (144062-144127)   100% ->
134-241  (150045-150152)   100% ->
242-394  (153935-154087)   100% ->
395-597  (158856-159058)   100% ->
598-697  (162349-162448)   100% ->
698-810  (166158-166269)   97% ->
811-864  (172506-172561)   85% ->
865-894  (174819-174848)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGGAGGAGCCGCCACCGCCTCCTCCTGCTGCTGCTGCGCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGGAGGAGCCGCCACCGCCTCCTCCTGCTGCTGCTGCGCTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGTCGCCCTGGGCT         ATCATAAGGCCTATGGGTTTTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGTCGCCCTGGGCTGTA...CAGATCATAAGGCCTATGGGTTTTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCCAAAAGACCAACAAGTAGTCACAGCAGTAGAGTACCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 144086 CCCCAAAAGACCAACAAGTAGTCACAGCAGTAGAGTACCAAGGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  AGGCTATTTTAGCCTGCAAAACCCCAAAGAAGACTGTTTCCTCCAGATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150044 GAGGCTATTTTAGCCTGCAAAACCCCAAAGAAGACTGTTTCCTCCAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGTGGAAGAAACTGGGTCGGAGTGTCTCCTTTGTCTACTATCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150094 AGAGTGGAAGAAACTGGGTCGGAGTGTCTCCTTTGTCTACTATCAACAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTTCAAG         GTGATTTTAAAAATCGAGCTGAGATGATAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 150144 CTCTTCAAGGTA...AAGGTGATTTTAAAAATCGAGCTGAGATGATAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCAATATCCGGATCAAAAATGTGACAAGAAGTGATGCGGGGAAATATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153967 TTCAATATCCGGATCAAAAATGTGACAAGAAGTGATGCGGGGAAATATCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTGTGAAGTTAGTGCCCCATCTGAGCAAGGCCAAAACCTGGAAGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154017 TTGTGAAGTTAGTGCCCCATCTGAGCAAGGCCAAAACCTGGAAGAGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGTCACTCTGGAAGTATTAG         TGGCTCCAGCAGTTCCATCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 154067 CAGTCACTCTGGAAGTATTAGGTG...CAGTGGCTCCAGCAGTTCCATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTGAAGTACCCTCTTCTGCTCTGAGTGGAACTGTGGTAGAGCTACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158876 TGTGAAGTACCCTCTTCTGCTCTGAGTGGAACTGTGGTAGAGCTACGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAAGACAAAGAAGGGAATCCAGCTCCTGAATACACATGGTTTAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158926 TCAAGACAAAGAAGGGAATCCAGCTCCTGAATACACATGGTTTAAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCATCCGTTTGCTAGAAAATCCCAGACTTGGCTCCCAAAGCACCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158976 GCATCCGTTTGCTAGAAAATCCCAGACTTGGCTCCCAAAGCACCAACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCATACACAATGAATACAAAAACTGGAACTCTG         CAATTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 159026 TCATACACAATGAATACAAAAACTGGAACTCTGGTA...TAGCAATTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTGTTTCCAAACTGGACACTGGAGAATATTCCTGTGAAGCCCGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162357 TACTGTTTCCAAACTGGACACTGGAGAATATTCCTGTGAAGCCCGCAATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGTTGGATATCGCAGGTGTCCTGGGAAACGAATGCAAGTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 162407 CTGTTGGATATCGCAGGTGTCCTGGGAAACGAATGCAAGTAGGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  ATGATCTCAACATAAGTGGCATCATAGCAGCCGTAGTAGTTGTGGCCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166157 GATGATCTCAACATAAGTGGCATCATAGCAGCCGTAGTAGTTGTGGCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTGATTTCCGTTTGTGGCCTTGGTGTATGCTATGCTCAGAGGAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166207 AGTGATTTCCGTTTGTGGCCTTGGTGTATGCTATGCTCAGAGGAAAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTTTTCAAAAGAA         A  CCTCCTTCCAGAAGAGTAATTCTT
        |||||||||  -||>>>...>>>|--|| |   |  ||||||||||||||
 166257 ACTTTTCAAGT AAGTG...TATATTCCACAAACAGGAAGAGTAATTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836 CATCTAAAGCCACGACAATGAGTGAAAAT         GATTTCAAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 172533 CATCTAAAGCCACGACAATGAGTGAAAATGTG...TAGGATTTCAAGCAC

    950     .    :    .
    877 ACAAAATCCTTTATAATT
        ||||||||||||||||||
 174831 ACAAAATCCTTTATAATT