seq1 = pF1KB8366.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KB8366/gi568815594r_74648044.tfa (gi568815594r:74648044_74894325), 246282 bp

>pF1KB8366 534
>gi568815594r:74648044_74894325 (Chr4)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-163  (124170-124268)   100% ->
164-281  (138350-138467)   100% ->
282-428  (143607-143753)   99% ->
429-534  (146177-146282)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGGGCCGCCCGGTGCAGCGGCGCCAGCTCCCTGCCACTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGGGCCGCCCGGTGCAGCGGCGCCAGCTCCCTGCCACTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTTGCCCTGG         GTCTAGTGATCCTTCACTGTGTGGTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTTGCCCTGGGTA...AAGGTCTAGTGATCCTTCACTGTGTGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGATGGGAATTCCACCAGAAGTCCTGAAACTAATGGCCTCCTCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124197 CAGATGGGAATTCCACCAGAAGTCCTGAAACTAATGGCCTCCTCTGTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCTGAGGAAAACTGTGCAG         CTACCACCACACAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124247 GACCCTGAGGAAAACTGTGCAGGTA...CAGCTACCACCACACAATCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGGAAAGGCCACTTCTCTAGGTGCCCCAAGCAATACAAGCATTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138369 GCGGAAAGGCCACTTCTCTAGGTGCCCCAAGCAATACAAGCATTACTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAAGGGAGATGCCGCTTCGTGGTGGCCGAGCAGACGCCCTCCTGTGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 138419 TCAAAGGGAGATGCCGCTTCGTGGTGGCCGAGCAGACGCCCTCCTGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282         CTGTGATGAAGGCTACATTGGAGCAAGGTGTGAGAGAGTTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138469 TA...TAGCTGTGATGAAGGCTACATTGGAGCAAGGTGTGAGAGAGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTGTTTTACCTAAGAGGAGACAGAGGACAGATTCTGGTGATTTGTATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 143649 CTTGTTTTACCTAAGAGGAGACAGAGGACAGATTCTGGTGATTTGTTTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGCAGTTATGGTAGTTTTTATTATTTTGGTCATCGGTGTCTGCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143699 TAGCAGTTATGGTAGTTTTTATTATTTTGGTCATCGGTGTCTGCACATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTCA         CCCTCTTCGGAAACGTCGTAAAAGAAAGAAGAAAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143749 TGTCAGTA...AAGCCCTCTTCGGAAACGTCGTAAAAGAAAGAAGAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAGAAATGGAAACTCTGGGTAAAGATATAACTCCTATCAATGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146213 AGAAGAAATGGAAACTCTGGGTAAAGATATAACTCCTATCAATGAAGATA

    550     .    :    .    :
    515 TTGAAGAGACAAATATTGCT
        ||||||||||||||||||||
 146263 TTGAAGAGACAAATATTGCT