seq1 = pF1KB8354.tfa, 1371 bp
seq2 = pF1KB8354/gi568815592r_35475838.tfa (gi568815592r:35475838_35742824), 266987 bp

>pF1KB8354 1371
>gi568815592r:35475838_35742824 (Chr6)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-250  (105667-105811)   100% ->
251-393  (122551-122693)   99% ->
394-508  (123615-123729)   100% ->
509-665  (145421-145577)   100% ->
666-756  (151605-151695)   100% ->
757-840  (155708-155791)   100% ->
841-1026  (162604-162789)   100% ->
1027-1266  (165592-165831)   100% ->
1267-1371  (166883-166987)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTACTGATGAAGGTGCCAAGAACAATGAAGAAAGCCCCACAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTACTGATGAAGGTGCCAAGAACAATGAAGAAAGCCCCACAGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTGCTGAGCAGGGAGAGGATATTACCTCCAAAAAAGACAGGGGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTGCTGAGCAGGGAGAGGATATTACCTCCAAAAAAGACAGGGGAGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAAAG         ATTGTCAAAAGAGTGGGGAATGGTGAGGAAACGCCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAAAGGTG...TAGATTGTCAAAAGAGTGGGGAATGGTGAGGAAACGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGATTGGAGACAAAGTTTATGTCCATTACAAAGGAAAATTGTCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 ATGATTGGAGACAAAGTTTATGTCCATTACAAAGGAAAATTGTCAAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGAAGTTTGATTCCAGTCATGATAGAAATGAACCATTTGTCTTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105753 AAAGAAGTTTGATTCCAGTCATGATAGAAATGAACCATTTGTCTTTAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGCAAAG         GCCAAGTCATCAAGGCATGGGACATTGGGGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105803 TTGGCAAAGGTA...TAGGCCAAGTCATCAAGGCATGGGACATTGGGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTACCATGAAGAAGGGAGAGATATGCCATTTACTGTGCAAACCAGAATA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122583 GCTACCATGAAGAAAGGAGAGATATGCCATTTACTGTGCAAACCAGAATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCATATGGCTCGGCTGGCAGTCTCCCTAAAATTCCCTCGAATGCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122633 TGCATATGGCTCGGCTGGCAGTCTCCCTAAAATTCCCTCGAATGCAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTTTTTGAG         ATTGAGCTCCTTGATTTCAAAGGAGAGGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122683 TCTTTTTTGAGGCA...TAGATTGAGCTCCTTGATTTCAAAGGAGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTATTTGAAGATGGAGGCATTATCCGGAGAACCAAACGGAAAGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123645 TTATTTGAAGATGGAGGCATTATCCGGAGAACCAAACGGAAAGGAGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATATTCAAATCCAAACGAAGGAGCAACAGTAGAAA         TCCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123695 ATATTCAAATCCAAACGAAGGAGCAACAGTAGAAAGTA...CAGTCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGAAGGCCGCTGTGGTGGAAGGATGTTTGACTGCAGAGATGTGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145427 TGGAAGGCCGCTGTGGTGGAAGGATGTTTGACTGCAGAGATGTGGCATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTGTGGGCGAAGGAGAAGACCACGACATTCCAATTGGAATTGACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145477 ACTGTGGGCGAAGGAGAAGACCACGACATTCCAATTGGAATTGACAAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTGGAGAAAATGCAGCGGGAAGAACAATGTATTTTATATCTTGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145527 TCTGGAGAAAATGCAGCGGGAAGAACAATGTATTTTATATCTTGGACCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 G         ATATGGTTTTGGAGAGGCAGGGAAGCCTAAATTTGGCATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145577 GGTA...CAGATATGGTTTTGGAGAGGCAGGGAAGCCTAAATTTGGCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACCTAATGCTGAGCTTATATATGAAGTTACACTTAAGAGCTTCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151645 GAACCTAATGCTGAGCTTATATATGAAGTTACACTTAAGAGCTTCGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 G         GCCAAAGAATCCTGGGAGATGGATACCAAAGAAAAATTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151695 GGTG...CAGGCCAAAGAATCCTGGGAGATGGATACCAAAGAAAAATTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCAGGCTGCCATTGTCAAAGAGAAGGGAACCGTATACTTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 155748 AGCAGGCTGCCATTGTCAAAGAGAAGGGAACCGTATACTTCAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    GGAGGCAAATACATGCAGGCGGTGATTCAGTATGGGAAGATAGTGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162601 TAGGGAGGCAAATACATGCAGGCGGTGATTCAGTATGGGAAGATAGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGGTTAGAGATGGAATATGGTTTATCAGAAAAGGAATCGAAAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162651 CTGGTTAGAGATGGAATATGGTTTATCAGAAAAGGAATCGAAAGCTTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATCATTTCTCCTTGCTGCCTTTCTGAACCTGGCCATGTGCTACCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162701 AATCATTTCTCCTTGCTGCCTTTCTGAACCTGGCCATGTGCTACCTGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTTAGAGAATACACCAAAGCTGTTGAATGCTGTGACAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 162751 CTTAGAGAATACACCAAAGCTGTTGAATGCTGTGACAAGGTA...TAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCTTGGACTGGACAGTGCCAATGAGAAAGGCTTGTATAGGAGGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165594 CCTTGGACTGGACAGTGCCAATGAGAAAGGCTTGTATAGGAGGGGTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCAGCTGCTCATGAACGAGTTTGAGTCAGCCAAGGGTGACTTTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165644 CCCAGCTGCTCATGAACGAGTTTGAGTCAGCCAAGGGTGACTTTGAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGCTGGAAGTAAACCCCCAGAATAAGGCTGCAAGACTGCAGATCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165694 GTGCTGGAAGTAAACCCCCAGAATAAGGCTGCAAGACTGCAGATCTCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTGCCAGAAAAAGGCCAAGGAGCACAACGAGCGGGACCGCAGGATATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165744 GTGCCAGAAAAAGGCCAAGGAGCACAACGAGCGGGACCGCAGGATATACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCAACATGTTCAAGAAGTTTGCAGAGCAGGATGCCAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 165794 CCAACATGTTCAAGAAGTTTGCAGAGCAGGATGCCAAGGTG...TAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGGCCAATAAAGCAATGGGCAAGAAGACTTCAGAAGGGGTCACTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166886 GAGGCCAATAAAGCAATGGGCAAGAAGACTTCAGAAGGGGTCACTAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AAAAGGAACAGACAGTCAAGCAATGGAAGAAGAGAAACCTGAGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166936 AAAAGGAACAGACAGTCAAGCAATGGAAGAAGAGAAACCTGAGGGCCACG

   1450 
   1370 TA
        ||
 166986 TA