seq1 = pF1KB8353.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KB8353/gi568815595f_13381246.tfa (gi568815595f:13381246_13604680), 223435 bp

>pF1KB8353 1041
>gi568815595f:13381246_13604680 (Chr3)

1-151  (99999-100149)   99% ->
152-252  (102219-102319)   100% ->
253-369  (115491-115607)   100% ->
370-412  (117268-117310)   100% ->
413-489  (119468-119544)   100% ->
490-552  (120626-120688)   100% ->
553-649  (121639-121735)   100% ->
650-828  (122849-123027)   100% ->
829-1041  (123223-123435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTACACACAACCCAGCTGTACCAGCATGTGCCAGAGACACGCTGGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGCTACACACAACCCAGCTGTACCAGCATGTGCCAGAGACACGCTGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATCGTGTACTCGCCGCGCTACAACATCACCTTCATGGGCCTGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AATCGTGTACTCGCCGCGCTACAACATCACCTTCATGGGCCTGGAGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCATCCCTTTGATGCCGGAAAATGGGGCAAAGTGATCAATTTCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGCATCCCTTTGATGCCGGAAAATGGGGCAAAGTGATCAATTTCCTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         AAGAGAAGCTTCTGTCTGACAGCATGCTGGTGGAGGCGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GGTA...CAGAAGAGAAGCTTCTGTCTGACAGCATGCTGGTGGAGGCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGCCTCGGAGGAGGACCTGCTGGTGGTGCACACGAGGCGCTATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102259 GGAGGCCTCGGAGGAGGACCTGCTGGTGGTGCACACGAGGCGCTATCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAGCTCAAG         TGGTCCTTTGCTGTTGCTACCATCACAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102309 ATGAGCTCAAGGTA...CAGTGGTCCTTTGCTGTTGCTACCATCACAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCCCCCCGTTATCTTCCTCCCCAACTTCCTTGTGCAGAGGAAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115521 ATCCCCCCCGTTATCTTCCTCCCCAACTTCCTTGTGCAGAGGAAGGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGGCCCCTTCGGACCCAGACAGGAGGAACCATAATG         GCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115571 GAGGCCCCTTCGGACCCAGACAGGAGGAACCATAATGGTA...AAGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAAGCTGGCTGTGGAGCGAGGCTGGGCCATCAACGTGG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117272 GGAAGCTGGCTGTGGAGCGAGGCTGGGCCATCAACGTGGGTG...CAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTGGCTTCCACCACTGCTCCAGCGACCGTGGCGGGGGCTTCTGTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119470 GGTGGCTTCCACCACTGCTCCAGCGACCGTGGCGGGGGCTTCTGTGCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCGGACATCACGCTCGCCATCAAG         TTTCTGTTTGAGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119520 TGCGGACATCACGCTCGCCATCAAGGTG...CAGTTTCTGTTTGAGCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGGGCATCTCCAGGGCTACCATCATTGATCTTGATGCCCATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 120642 TGGAGGGCATCTCCAGGGCTACCATCATTGATCTTGATGCCCATCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553       GGCAATGGGCATGAGCGAGACTTCATGGACGACAAGCGTGTGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120692 ...CAGGGCAATGGGCATGAGCGAGACTTCATGGACGACAAGCGTGTGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCATGGATGTCTACAACCGCCACATCTACCCAGGGGACCGCTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121683 CATCATGGATGTCTACAACCGCCACATCTACCCAGGGGACCGCTTTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGC         AGGCCATCAGGCGGAAGGTGGAGCTGGAGTGGGGCACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121733 AGCGTA...CAGAGGCCATCAGGCGGAAGGTGGAGCTGGAGTGGGGCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGGATGATGAGTACCTGGATAAGGTGGAGAGGAACATCAAGAAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122887 GAGGATGATGAGTACCTGGATAAGGTGGAGAGGAACATCAAGAAATCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCAGGAGCACCTGCCCGACGTGGTGGTATACAATGCAGGCACCGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122937 CCAGGAGCACCTGCCCGACGTGGTGGTATACAATGCAGGCACCGACATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCGAGGGGGACCGCCTTGGGGGGCTGTCCATCAGCCCAGCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122987 TCGAGGGGGACCGCCTTGGGGGGCTGTCCATCAGCCCAGCGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGCATCGTGAAGCGGGATGAGCTGGTGTTCCGGATGGTCCGTGGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123223 GGCATCGTGAAGCGGGATGAGCTGGTGTTCCGGATGGTCCGTGGCCGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGTGCCCATCCTTATGGTGACCTCAGGCGGGTACCAGAAGCGCACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123273 GGTGCCCATCCTTATGGTGACCTCAGGCGGGTACCAGAAGCGCACAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCATCATTGCTGACTCCATACTTAATCTGTTTGGCCTGGGGCTCATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123323 GCATCATTGCTGACTCCATACTTAATCTGTTTGGCCTGGGGCTCATTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGAGTCACCCAGCGTCTCCGCACAGAACTCAGACACACCGCTGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123373 CCTGAGTCACCCAGCGTCTCCGCACAGAACTCAGACACACCGCTGCTTCC

   1100     .    :
   1029 CCCTGCAGTGCCC
        |||||||||||||
 123423 CCCTGCAGTGCCC