seq1 = pF1KB8349.tfa, 786 bp
seq2 = pF1KB8349/gi568815575f_154311844.tfa (gi568815575f:154311844_154521001), 209158 bp

>pF1KB8349 786
>gi568815575f:154311844_154521001 (ChrX)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-209  (101364-101409)   100% ->
210-295  (101639-101724)   100% ->
296-376  (107700-107780)   100% ->
377-609  (108189-108421)   100% ->
610-687  (108815-108892)   100% ->
688-786  (109060-109158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTGCACGTGAAGTGGCCGTTCCCCGCGGTGCCGCCGCTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCTGCACGTGAAGTGGCCGTTCCCCGCGGTGCCGCCGCTCACCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCTGGCCAGCAGCGTCGTCATGGGCTTGGTGGGCACCTACAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCTGGCCAGCAGCGTCGTCATGGGCTTGGTGGGCACCTACAGCTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGGACCAGTGAGTGGGCCCAGGCCGAGGCAGGCCCGCCCGGGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGGACCAGTGAGTGGGCCCAGGCCGAGGCAGGCCCGCCCGGGTACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCCGGCCGGAG         GGATCCTGAAACTCCGCCACATCTGGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCCGGCCGGAGGTG...TAGGGATCCTGAAACTCCGCCACATCTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGAAGTTGATGCGTTG         GACCCCTGCAGCTGCAGACATCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101392 CCTGAAGTTGATGCGTTGGTG...TAGGACCCCTGCAGCTGCAGACATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTTCACCAAGGAGCTACACTCCCACTTCTTCAGCTTGGGCAAGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101662 GCTTCACCAAGGAGCTACACTCCCACTTCTTCAGCTTGGGCAAGTGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTGTGCCGAG         GAGATGGCGTCTACCAGAAGGGGATGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101712 CCTGTGTGCCGAGGTG...CAGGAGATGGCGTCTACCAGAAGGGGATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCATTTTGGAGAAGCTCAACCATGGGGACTGGGTGCATATCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107728 CTTCATTTTGGAGAAGCTCAACCATGGGGACTGGGTGCATATCTTCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAG         GAATCGGGCGCCTGATTGCTGAGTGTCATCTCAACCCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107778 AAGGTC...CAGGAATCGGGCGCCTGATTGCTGAGTGTCATCTCAACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCATCCTGCCCCTGTGGCATGTCGGTGAGCCTGGGGACGGGGACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108227 ATCATCCTGCCCCTGTGGCATGTCGGTGAGCCTGGGGACGGGGACAGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GATGGCATCTGGGGTGGGGGGCCTGGGACTCCCTCTGGTCCCAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108277 GATGGCATCTGGGGTGGGGGGCCTGGGACTCCCTCTGGTCCCAGGCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCTCCACCCCACGTCTGGCCTTCTGTCCACTGTGCTGCAGGAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108327 CTGCTCCACCCCACGTCTGGCCTTCTGTCCACTGTGCTGCAGGAATGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACGTCCTTCCTAACAGTCCGCCCTACTTCCCCCGCTTTGGACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108377 GACGTCCTTCCTAACAGTCCGCCCTACTTCCCCCGCTTTGGACAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     AAAATCACTGTGCTGATCGGGAAGCCCTTCAGTGCCCTGCCTGTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108427 .CAGAAAATCACTGTGCTGATCGGGAAGCCCTTCAGTGCCCTGCCTGTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGAGCGGCTCCGGGCGGAGAACAAGTCGGCT         GTGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108861 TCGAGCGGCTCCGGGCGGAGAACAAGTCGGCTGTG...CAGGTGGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGGAAAGCCCTGACGGACTTCATTCAAGAGGAATTCCAGCATCTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109069 CGGAAAGCCCTGACGGACTTCATTCAAGAGGAATTCCAGCATCTGAAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAGGCAGAGCAGCTCCACAACCACCTCCAGCCTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109119 TCAGGCAGAGCAGCTCCACAACCACCTCCAGCCTGGGAGA