seq1 = pF1KB8348.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KB8348/gi568815577r_38283406.tfa (gi568815577r:38283406_38545623), 262218 bp

>pF1KB8348 1437
>gi568815577r:38283406_38545623 (Chr21)

(complement)

1-18  (47244-47261)   100% ->
19-236  (100003-100220)   100% ->
237-388  (122063-122214)   100% ->
389-592  (141915-142118)   99% ->
593-673  (142987-143067)   100% ->
674-745  (144979-145050)   100% ->
746-814  (153180-153248)   100% ->
815-871  (153909-153965)   100% ->
872-919  (154582-154629)   100% ->
920-1437  (161701-162218)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCACTATTAAG         GAAGCCTTATCAGTTGTGAGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  47244 ATGGCCAGCACTATTAAGGTA...CAGGAAGCCTTATCAGTTGTGAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGACCAGTCGTTGTTTGAGTGTGCCTACGGAACGCCACACCTGGCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 GGACCAGTCGTTGTTTGAGTGTGCCTACGGAACGCCACACCTGGCTAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGAGATGACCGCGTCCTCCTCCAGCGACTATGGACAGACTTCCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 CAGAGATGACCGCGTCCTCCTCCAGCGACTATGGACAGACTTCCAAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCCACGCGTCCCTCAGCAGGATTGGCTGTCTCAACCCCCAGCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100126 AGCCCACGCGTCCCTCAGCAGGATTGGCTGTCTCAACCCCCAGCCAGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCATCAAAATGGAATGTAACCCTAGCCAGGTGAATGGCTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100176 CACCATCAAAATGGAATGTAACCCTAGCCAGGTGAATGGCTCAAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GAACTCTCCTGATGAATGCAGTGTGGCCAAAGGCGGGAAGATGGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100226 .CAGGAACTCTCCTGATGAATGCAGTGTGGCCAAAGGCGGGAAGATGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCAGCCCAGACACCGTTGGGATGAACTACGGCAGCTACATGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122109 GGCAGCCCAGACACCGTTGGGATGAACTACGGCAGCTACATGGAGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCACATGCCACCCCCAAACATGACCACGAACGAGCGCAGAGTTATCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122159 GCACATGCCACCCCCAAACATGACCACGAACGAGCGCAGAGTTATCGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGCAG         ATCCTACGCTATGGAGTACAGACCATGTGCGGCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122209 CAGCAGGTC...CAGATCCTACGCTATGGAGTACAGACCATGTGCGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGCTGGAGTGGGCGGTGAAAGAATATGGCCTTCCAGACGTCAACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141950 TGGCTGGAGTGGGCGGTGAAAGAATATGGCCTTCCAGACGTCAACATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTTATTCCAGAACATCGATGGGAAGGAACTGTGCAAGATGACCAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142000 GTTATTCCAGAACATCGATGGGAAGGAACTGTGCAAGATGACCAAGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTCCAGAGGCTCACCCCCAGCTACAATGCCGACATCCTTCTCTCACAT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 142050 ACTTCCAGAGGCTCACCCCCAGCTACAACGCCGACATCCTTCTCTCACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCCACTACCTCAGAGAGA         CTCCTCTTCCACATTTGACTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 142100 CTCCACTACCTCAGAGAGAGTA...TAGCTCCTCTTCCACATTTGACTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGATGTTGATAAAGCCTTACAAAACTCTCCACGGTTAATGCATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143009 AGATGATGTTGATAAAGCCTTACAAAACTCTCCACGGTTAATGCATGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACACAG         GGGGTGCAGCTTTTATTTTCCCAAATACTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 143059 GAAACACAGGTA...CAGGGGGTGCAGCTTTTATTTTCCCAAATACTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTATATCCTGAAGCTACGCAAAGAATTACAACTAGGCCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 145011 GTATATCCTGAAGCTACGCAAAGAATTACAACTAGGCCAGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTACCATATGAGCCCCCCAGGAGATCAGCCTGGACCGGTCACGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153181 TTTACCATATGAGCCCCCCAGGAGATCAGCCTGGACCGGTCACGGCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCACGCCCCAGTCGAAAG         CTGCTCAACCATCTCCTTCCACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 153231 CCACGCCCCAGTCGAAAGGTA...CAGCTGCTCAACCATCTCCTTCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGCCCAAAACTGAAGACCAGCGTCCTCAGTTAG         ATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 153932 GTGCCCAAAACTGAAGACCAGCGTCCTCAGTTAGGTA...TAGATCCTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAGATTCTTGGACCAACAAGTAGCCGCCTTGCAAATCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 154589 TCAGATTCTTGGACCAACAAGTAGCCGCCTTGCAAATCCAGGTG...TAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCAGTGGCCAGATCCAGCTTTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTCCTGTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161701 GCAGTGGCCAGATCCAGCTTTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTCCTGTCGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCTCCAACTCCAGCTGCATCACCTGGGAAGGCACCAACGGGGAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161751 AGCTCCAACTCCAGCTGCATCACCTGGGAAGGCACCAACGGGGAGTTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GATGACGGATCCCGACGAGGTGGCCCGGCGCTGGGGAGAGCGGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161801 GATGACGGATCCCGACGAGGTGGCCCGGCGCTGGGGAGAGCGGAAGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACCCAACATGAACTACGATAAGCTCAGCCGCGCCCTCCGTTACTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161851 AACCCAACATGAACTACGATAAGCTCAGCCGCGCCCTCCGTTACTACTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACAAGAACATCATGACCAAGGTCCATGGGAAGCGCTACGCCTACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161901 GACAAGAACATCATGACCAAGGTCCATGGGAAGCGCTACGCCTACAAGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGACTTCCACGGGATCGCCCAGGCCCTCCAGCCCCACCCCCCGGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161951 CGACTTCCACGGGATCGCCCAGGCCCTCCAGCCCCACCCCCCGGAGTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCTGTACAAGTACCCCTCAGACCTCCCGTACATGGGCTCCTATCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162001 CTCTGTACAAGTACCCCTCAGACCTCCCGTACATGGGCTCCTATCACGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CACCCACAGAAGATGAACTTTGTGGCGCCCCACCCTCCAGCCCTCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162051 CACCCACAGAAGATGAACTTTGTGGCGCCCCACCCTCCAGCCCTCCCCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GACATCTTCCAGTTTTTTTGCTGCCCCAAACCCATACTGGAATTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162101 GACATCTTCCAGTTTTTTTGCTGCCCCAAACCCATACTGGAATTCACCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGGGGGTATATACCCCAACACTAGGCTCCCCACCAGCCATATGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162151 CTGGGGGTATATACCCCAACACTAGGCTCCCCACCAGCCATATGCCTTCT

   1500     .    :    .
   1420 CATCTGGGCACTTACTAC
        ||||||||||||||||||
 162201 CATCTGGGCACTTACTAC