seq1 = pF1KB8346.tfa, 381 bp
seq2 = pF1KB8346/gi568815593f_139263785.tfa (gi568815593f:139263785_139468795), 205011 bp

>pF1KB8346 381
>gi568815593f:139263785_139468795 (Chr5)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-318  (100780-100959)   99% ->
319-381  (104949-105011)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGATCCAAGTCGCAGCAGTACTAGCCCAAGCATCATCAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAGATCCAAGTCGCAGCAGTACTAGCCCAAGCATCATCAATGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGATTATTAACGGTCATTCTCATGAAGATGACAATCCATTTGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGATTATTAACGGTCATTCTCATGAAGATGACAATCCATTTGCAGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACATGTGGATGGAAAATGAAGAAGAATTCAACAGACAA         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 ACATGTGGATGGAAAATGAAGAAGAATTCAACAGACAAGTT...TAGATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAGGAGTTATGGGAAGAAGAATTTATTGAACGCTGTTTCCAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100783 GAAGAGGAGTTATGGGAAGAAGAATTTATTGAACGCTGTTTCCAAGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGAAGAGGAAGAAGAGCATGAATGGTTTATTCCAGCTCGAGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100833 GCTGGAAGAGGAAGAAGAGCATGAATGGTTTATTCCAGCTCGAGATCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACAAACTATGGACCAAATCCAAGACCAGTTTAATGACCTTGTTATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100883 CACAAACTATGGACCAAATCCAAGACCAGTTTAATGACCTTGTTATCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGCTCTTCTCTGGAAGATCTTGTG         GTCAAGAGCAATCT
        || ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100933 GATGGCTCTTCTCTGGAAGATCTTGTGGTA...CAGGTCAAGAGCAATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    333 GAATCCAAATGCAAAGGAGTTTGTTCCTGGGGTGAAGTACGGAAATATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104963 GAATCCAAATGCAAAGGAGTTTGTTCCTGGGGTGAAGTACGGAAATATT