seq1 = pF1KB8345.tfa, 1884 bp
seq2 = pF1KB8345/gi568815579f_2750586.tfa (gi568815579f:2750586_2953949), 203364 bp

>pF1KB8345 1884
>gi568815579f:2750586_2953949 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-314  (100883-101066)   100% ->
315-1884  (101795-103364)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCAGTGGTCTTTGAGGATGTGGCTGTGGACTTCACCCTGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGACTCAGTGGTCTTTGAGGATGTGGCTGTGGACTTCACCCTGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCTTTGCTGGATTCTGCTCAGAGGGACCTCTACAGAGATGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGGCTTTGCTGGATTCTGCTCAGAGGGACCTCTACAGAGATGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGACCTTTCAGAACCTGGCCTCAGTAG         ATGATGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TGGAGACCTTTCAGAACCTGGCCTCAGTAGGTA...CAGATGATGAAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAATTTAAGGCCAGTGGGTCAGTTTCTCAGCAGGATATTTATGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 CAATTTAAGGCCAGTGGGTCAGTTTCTCAGCAGGATATTTATGGAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATACCCAAGGAATCTAAAATAGCCACGTTCACCAGAAATGTTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 AATACCCAAGGAATCTAAAATAGCCACGTTCACCAGAAATGTTTCCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCTGTTTTAGGAAAAATTTGGGACAGTCTTAGCATCGAAGATCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100994 CCTCTGTTTTAGGAAAAATTTGGGACAGTCTTAGCATCGAAGATCAAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAAACCAGGGGAGAAATCTCAG         TAGAAATCATGGGTTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101044 ACAAACCAGGGGAGAAATCTCAGGTG...TAGTAGAAATCATGGGTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGACTCTGTGAAAGTAATGATCAATGTGGAGAAGCCCTCAGCCAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101813 GAGACTCTGTGAAAGTAATGATCAATGTGGAGAAGCCCTCAGCCAGATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACATCTTAATCTGTACAAGAAAATTCCACCTGGAGTAAAACAGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101863 CACATCTTAATCTGTACAAGAAAATTCCACCTGGAGTAAAACAGTATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAACACGTACGGAAAAGTCTTCATGCATCGCCGCACATCCCTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101913 TACAACACGTACGGAAAAGTCTTCATGCATCGCCGCACATCCCTCAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCCATCACAGTTCACACTGGACACAAACCATATCAGTGCCAGGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101963 TCCCATCACAGTTCACACTGGACACAAACCATATCAGTGCCAGGAATGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCAGGCCTACAGTTGTCGTTCACACCTAAGAATGCATGTGAGAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 GGCAGGCCTACAGTTGTCGTTCACACCTAAGAATGCATGTGAGAACCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGGAGAGAGACCCTATGTGTGTAAATTATGTGGGAAAACCTTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102063 AATGGAGAGAGACCCTATGTGTGTAAATTATGTGGGAAAACCTTTCCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TACTTCCTCCCTCAATCGGCATGTAAGGATTCACACTGCTGAGAAAACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 102113 TACTTCCTCCCTCAATCGGCATGTAAGGATTCACACTGCTGAGAAAACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACGAATGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTTATTGACTTCTCAAGTCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102163 ACGAATGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTTATTGACTTCTCAAGTCTTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGTCATCTCAGAAGTCACACCGGAGAGAAGCCATATAAGTGTAAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102213 AGTCATCTCAGAAGTCACACCGGAGAGAAGCCATATAAGTGTAAGGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGGGAAAGCTTTCAGTTATTCCTCAACGTTTCGAAGACACACAATAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 TGGGAAAGCTTTCAGTTATTCCTCAACGTTTCGAAGACACACAATAACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACACTGGCGAGAAGCCATATAAATGTAAGGAATGTGCGGAAGCCTTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 ACACTGGCGAGAAGCCATATAAATGTAAGGAATGTGCGGAAGCCTTTAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TATTCCTCAACTTTTCGAAGACATATGATTTCACACACTGGAGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 TATTCCTCAACTTTTCGAAGACATATGATTTCACACACTGGAGAGAAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACATAAATGTAAAGAATGTGGGGAGGCCTTCAGTTATTCTTCGGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102413 ACATAAATGTAAAGAATGTGGGGAGGCCTTCAGTTATTCTTCGGCTTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GAAGACACATGATAACACACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGCAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 GAAGACACATGATAACACACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGCAAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGTGGGAAAACCTTCATTTATCTCCAGTCCTTTCGAAGACATGAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 TGTGGGAAAACCTTCATTTATCTCCAGTCCTTTCGAAGACATGAAAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGCAAACAGTGTGGGAAGACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 TCACACTGGAGAGAAACCCTACGAATGCAAACAGTGTGGGAAGACCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTTATCCCCAGTCCTTTCGAAGACATGAAAGGACTCATGGTGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102613 TTTATCCCCAGTCCTTTCGAAGACATGAAAGGACTCATGGTGGAGAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCCTATGAATGCAACCAGTGCGGGAAAGCATTCAGTCACCCCTCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 CCCTATGAATGCAACCAGTGCGGGAAAGCATTCAGTCACCCCTCCTCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCGAGGACACATGAGGGTGCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 TCGAGGACACATGAGGGTGCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AATGTGGGAAAACTTTCAATTGGCCCATATCTTTACGAAAACATATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 AATGTGGGAAAACTTTCAATTGGCCCATATCTTTACGAAAACATATGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ACACATACTAGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 ACACATACTAGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CAGCTTGTCTGCTTGCTTTCGAGAACATGTGAGAATGCACCCTGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 CAGCTTGTCTGCTTGCTTTCGAGAACATGTGAGAATGCACCCTGAAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AATCCTATGAATGCAAGCTATGTGGGAAAGCTTTCTATTGCCACATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102913 AATCCTATGAATGCAAGCTATGTGGGAAAGCTTTCTATTGCCACATATCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TTACAAAAACATATGAGAAGGCATACCGCAGAGAAACTCTATAAATGCAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 102963 TTACAAAAACATATGAGAAGACATACCGCAGAGAAACTCTATAAATGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GCAGTGTGGGAAAGCTTTCAGTTGGCCTGAACTTTTGCAACAACATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103013 GCAGTGTGGGAAAGCTTTCAGTTGGCCTGAACTTTTGCAACAACATGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GAACGCACACTGTAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103063 GAACGCACACTGTAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTCAAATGGCCATCATCTTTACCAATACATATGAGACTGCACACTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103113 TTCAAATGGCCATCATCTTTACCAATACATATGAGACTGCACACTGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GAAACCTTATCAATGTAAGCATTGTGGGAAAGCATTCAATTGTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103163 GAAACCTTATCAATGTAAGCATTGTGGGAAAGCATTCAATTGTTCCTCAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CCTTAAGGCGACATGTGAGAATACACACTACAGAAAAACAGTATAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103213 CCTTAAGGCGACATGTGAGAATACACACTACAGAAAAACAGTATAAGTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 AATGTAGGACATCCTCCTGCAAATGAATTCATGTGCAGTGCTTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103263 AATGTAGGACATCCTCCTGCAAATGAATTCATGTGCAGTGCTTCAGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 GTCACACCAGGAGAGAGATCTGATCAAAGTTGTAAATATGGTGTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103313 GTCACACCAGGAGAGAGATCTGATCAAAGTTGTAAATATGGTGTTGCCTT

   1900 
   1883 TA
        ||
 103363 TA