seq1 = pF1KB8344.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KB8344/gi568815589r_122720088.tfa (gi568815589r:122720088_122926787), 206700 bp

>pF1KB8344 903
>gi568815589r:122720088_122926787 (Chr9)

(complement)

1-172  (100001-100172)   99% ->
173-354  (103591-103772)   100% ->
355-903  (106152-106700)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACCCTTGATGATAAGTTGCTGGGGGAGAAACTGCAGTACTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACCCTTGATGATAAGTTGCTGGGGGAGAAACTGCAGTACTACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCAGCAGTGAGGATGAGGACAGTGACCACGAGGACAAGGACCGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGCAGCAGTGAGGATGAGGACAGTGACCACGAGGACAAGGACCGAGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GATGTGCCCCAGCCAGCAGTTCTGTGCCTGCAGAGGCTGAGCTGGCGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100101 GATGTGCCCCAGCCAGCAGTTCTGTGCCTGCAGAGGCTGAGCTGGCAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGGCATCTCAGTTAACACAG         GCCCAAAAGGTGTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GAAGGCATCTCAGTTAACACAGGTA...CAGGCCCAAAAGGTGTGATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACTGGCGCCGCTTCAAGCAGTTGGAGACAGAGCAGAGGGAGGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103610 TGACTGGCGCCGCTTCAAGCAGTTGGAGACAGAGCAGAGGGAGGAGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCGGGAGATGGAAAGGCTGATCAAGAAGCTGTCAATGACTTGCAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 GCCGGGAGATGGAAAGGCTGATCAAGAAGCTGTCAATGACTTGCAGGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATCTGGATGAAGAGGAGGAGCAACAGAAACAGAAAGACCTCCAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103710 CATCTGGATGAAGAGGAGGAGCAACAGAAACAGAAAGACCTCCAGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATCAGTGGGAAG         ATGACTCTGAAGGAGTTTGCCATAATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103760 GATCAGTGGGAAGGTA...CAGATGACTCTGAAGGAGTTTGCCATAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGGACCAAGATGATGAAGAGTTTCTGCAGCAGTACCGGAAGCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 ATGAGGACCAAGATGATGAAGAGTTTCTGCAGCAGTACCGGAAGCAGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGAAGAGATGCGGCAGCAGCTTCACAAGGGGCCCCAATTCAAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106230 ATGGAAGAGATGCGGCAGCAGCTTCACAAGGGGCCCCAATTCAAGCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTTGAGATCTCCAGTGGAGAAGGGTTTTTAGACATGATTGATAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106280 TTTTGAGATCTCCAGTGGAGAAGGGTTTTTAGACATGATTGATAAAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAAAAGCATTGTCATCATGGTTCATATTTATGAGGATGGCATTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106330 AGAAAAGCATTGTCATCATGGTTCATATTTATGAGGATGGCATTCCAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCGAAGCCATGAATGGTTGCATGATCTGCCTTGCCGCAGAGTACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106380 ACCGAAGCCATGAATGGTTGCATGATCTGCCTTGCCGCAGAGTACCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTCAAGTTCTGCAAGGTGGAGAGCTCAGTTATTGGCGCCAGCAGTCAGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 106430 TGTCAAGTTCTGCAAGGTGAAGAGCTCAGTTATTGGCGCCAGCAGTCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCACCAGGAATGCCCTTCCTGCCCTGCTGATCTATAAGGGGGGTGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106480 TCACCAGGAATGCCCTTCCTGCCCTGCTGATCTATAAGGGGGGTGAATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATCGGCAATTTTGTTCGTGTTACTGACCAGCTGGGGGATGATTTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106530 ATCGGCAATTTTGTTCGTGTTACTGACCAGCTGGGGGATGATTTCTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGTGGACCTTGAAGCTTTTCTCCAGGAATTTGGATTACTCCCAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106580 TGTGGACCTTGAAGCTTTTCTCCAGGAATTTGGATTACTCCCAGAAAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAGTCTTGGTGCTGACATCTGTGCGTAACTCTGCCACGTGTCACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106630 AAGTCTTGGTGCTGACATCTGTGCGTAACTCTGCCACGTGTCACAGTGAG

    900     .    :    .    :
    883 GATAGCGACCTGGAAATAGAT
        |||||||||||||||||||||
 106680 GATAGCGACCTGGAAATAGAT