seq1 = pF1KB8343.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KB8343/gi568815597f_160639302.tfa (gi568815597f:160639302_160853174), 213873 bp

>pF1KB8343 684
>gi568815597f:160639302_160853174 (Chr1)

1-53  (100001-100054)   98% ->
54-328  (110518-110792)   100% ->
329-448  (111003-111122)   100% ->
449-552  (112044-112147)   100% ->
553-615  (112885-112947)   100% ->
616-684  (113805-113873)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGTTCCCCAACATGCCTCACCCTCATCTATATCCTTTGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGTTCCCCAACATGCCTCACCCTCATCTATATCCTTTGGCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAC          AGAGCACCTGTCAAAGCCTAAAGTCACCATGGGTCTG
        |||->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGGT...CACAGAGCACCTGTCAAAGCCTAAAGTCACCATGGGTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 CAGAGCAATAAGAATGGCACCTGTGTGACCAATCTGACATGCTGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 CAGAGCAATAAGAATGGCACCTGTGTGACCAATCTGACATGCTGCATGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 ACATGGGGAAGAGGATGTGATTTATACCTGGAAGGCCCTGGGGCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110605 ACATGGGGAAGAGGATGTGATTTATACCTGGAAGGCCCTGGGGCAAGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 CCAATGAGTCCCATAATGGGTCCATCCTCCCCATCTCCTGGAGATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110655 CCAATGAGTCCCATAATGGGTCCATCCTCCCCATCTCCTGGAGATGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAAAGTGATATGACCTTCATCTGCGTTGCCAGGAACCCTGTCAGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110705 GAAAGTGATATGACCTTCATCTGCGTTGCCAGGAACCCTGTCAGCAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 CTTCTCAAGCCCCATCCTTGCCAGGAAGCTCTGTGAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110755 CTTCTCAAGCCCCATCCTTGCCAGGAAGCTCTGTGAAGGTG...AAGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 CTGCTGATGACCCAGATTCCTCCATGGTCCTCCTGTGTCTCCTGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111006 CTGCTGATGACCCAGATTCCTCCATGGTCCTCCTGTGTCTCCTGTTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 CCCCTCCTGCTCAGTCTCTTTGTACTGGGGCTATTTCTTTGGTTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 CCCCTCCTGCTCAGTCTCTTTGTACTGGGGCTATTTCTTTGGTTTCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 GAGAGAGAGACAAGAAG         AGTACATTGAAGAGAAGAAGAGAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111106 GAGAGAGAGACAAGAAGGTA...TAGAGTACATTGAAGAGAAGAAGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 TGGACATTTGTCGGGAAACTCCTAACATATGCCCCCATTCTGGAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112068 TGGACATTTGTCGGGAAACTCCTAACATATGCCCCCATTCTGGAGAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 ACAGAGTACGACACAATCCCTCACACTAAT         AGAACAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112118 ACAGAGTACGACACAATCCCTCACACTAATGTG...AAGAGAACAATCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 AAAGGAAGATCCAGCAAATACGGTTTACTCCACTGTGGAAATACCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112896 AAAGGAAGATCCAGCAAATACGGTTTACTCCACTGTGGAAATACCGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 AG         ATGGAAAATCCCCACTCACTGCTCACGATGCCAGACACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112946 AGGTA...CAGATGGAAAATCCCCACTCACTGCTCACGATGCCAGACACA

    700     .    :    .    :    .    :
    655 CCAAGGCTATTTGCCTATGAGAATGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 113844 CCAAGGCTATTTGCCTATGAGAATGTTATC