seq1 = pF1KB8336.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KB8336/gi568815579f_58234803.tfa (gi568815579f:58234803_58439323), 204521 bp

>pF1KB8336 1473
>gi568815579f:58234803_58439323 (Chr19)

1-403  (100001-100403)   99% ->
404-1473  (103452-104521)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATCCCCAAGCACTCCCTGAGCCCAGTGCCGTGGGAAGAGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATCCCCAAGCACTCCCTGAGCCCAGTGCCGTGGGAAGAGGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTTCAAGTGAAGGTGGAGGAGGAAGAGGAAGCCAGCCTCTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTTCAAGTGAAGGTGGAGGAGGAAGAGGAAGCCAGCCTCTCCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGAGAATCCAGCCATGACCACATTGCTCACTCTGAGGCTGCACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGAGAATCCAGCCATGACCACATTGCTCACTCTGAGGCTGCACGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTCCGGCACTTCCGCTATGAGGAGGCATCTGGTCCACACGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTCCGGCACTTCCGCTATGAGGAGGCATCTGGTCCACACGAGGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCCACCTCCGAGCGTTGTGCTGTCAGTGGCTGCAGCCCGAGGCGCACT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCCACCTCCGAGCGCTGTGCTGTCAGTGGCTGCAGCCCGAGGCGCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAGGAGCAGATACTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAGGAGCAGATACTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGGGTGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCCCCCAGAGATCCAAGCCTGGGTGGGAGCCCAGAGTCCCAAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCCCCCAGAGATCCAAGCCTGGGTGGGAGCCCAGAGTCCCAAGAGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGGAAGCCGCTGTGCTGGTGGAGGATCTGACTCAGGTGCTGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGGAAGCCGCTGTGCTGGTGGAGGATCTGACTCAGGTGCTGGACAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAG         GATGGGATCCAGGAGCCGAGCCCACAGAGGCAAGCTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGGTA...CAGGATGGGATCCAGGAGCCGAGCCCACAGAGGCAAGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCAGAGTGACCTGGGAGAGTCAGAGCCATCAAATGTCACTGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103490 AAGCAGAGTGACCTGGGAGAGTCAGAGCCATCAAATGTCACTGAGACCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATGGGAGGTGTTTCCCTTGGACCCGCCTTTGTCAAGGCATGTGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103540 CATGGGAGGTGTTTCCCTTGGACCCGCCTTTGTCAAGGCATGTGAACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGGCAGCTCAGAGAGGTCTGGACTATCAGGGGAGATCTGGACAAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103590 AGGGCAGCTCAGAGAGGTCTGGACTATCAGGGGAGATCTGGACAAAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTCACCCAACAGATCCACTTCAAGAAAACTTCAGGGCCTTACAAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103640 GTCACCCAACAGATCCACTTCAAGAAAACTTCAGGGCCTTACAAGGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCCACAGACCAGCGTGGCCGTGAATCTGGTGCCTCGAGGAACAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103690 CCCCACAGACCAGCGTGGCCGTGAATCTGGTGCCTCGAGGAACAGTTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGCGTGGCCAAACCTCACCTCCCAAGAGAAGCCTCCTTCAGAAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103740 GTGCGTGGCCAAACCTCACCTCCCAAGAGAAGCCTCCTTCAGAAGACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTGATCTGGTGGATGCTTATGGGACAGAGCCTCCATACACCTACTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103790 TTTGATCTGGTGGATGCTTATGGGACAGAGCCTCCATACACCTACTCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGAGGTCCTCCAAGTGTCGCGAGTGTAGGAAGATGTTCCAGAGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103840 GAAGAGGTCCTCCAAGTGTCGCGAGTGTAGGAAGATGTTCCAGAGTGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGCGCTCGAGGCACACCAGAAGACCCATTCTCGGAAGACCCCATATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103890 CGGCGCTCGAGGCACACCAGAAGACCCATTCTCGGAAGACCCCATATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCAGCGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGCCGGAGCACTCACCTCGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103940 TGCAGCGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGCCGGAGCACTCACCTCGCCCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCAGGTTGTCCACACAGGGGCGAAGCCCCATGAGTGTAAGGAATGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103990 CCAGGTTGTCCACACAGGGGCGAAGCCCCATGAGTGTAAGGAATGTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGCCTTCAGCCGAGTCACCCACCTGACTCAGCACCAAAGGATTCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104040 AGGCCTTCAGCCGAGTCACCCACCTGACTCAGCACCAAAGGATTCATACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGAGAGAAACCCTACAAATGTGGGGAATGTGGTAAAACCTTCAGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104090 GGAGAGAAACCCTACAAATGTGGGGAATGTGGTAAAACCTTCAGCCGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CACTCACCTCACCCAGCACCAGCGGGTGCACACGGGGGAGCGGCCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104140 CACTCACCTCACCCAGCACCAGCGGGTGCACACGGGGGAGCGGCCCTACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGTGTGACGCGTGTGGGAAAGCCTTCAGCCAGAGTACGCACCTGACTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 104190 AGTGTGACGCGTGTGGGAAAGCCTTCAGCCAGAGCACGCACCTGACTCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CACCAGCGCATCCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGTGACGCGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104240 CACCAGCGCATCCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGTGACGCGTGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCGAGCCTTCAGCGACTGCTCAGCCCTGATCCGACATCTGAGAATCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104290 CCGAGCCTTCAGCGACTGCTCAGCCCTGATCCGACATCTGAGAATCCACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTGGAGAGAAGCCATATCAGTGTAAGGTTTGTCCGAAGGCCTTTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104340 CTGGAGAGAAGCCATATCAGTGTAAGGTTTGTCCGAAGGCCTTTGCACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGCTCCTCCCTCATTGAGCACCAGAGGATCCACACGGGAGAGAAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104390 AGCTCCTCCCTCATTGAGCACCAGAGGATCCACACGGGAGAGAAGCCTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TAAGTGCAGCGACTGTGGGAAGGCCTTCAGTCGTAGCTCAGCCCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104440 TAAGTGCAGCGACTGTGGGAAGGCCTTCAGTCGTAGCTCAGCCCTGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :
   1442 TTCACTTGCGGATCCACATCACGGTGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104490 TTCACTTGCGGATCCACATCACGGTGCTGCAA