seq1 = pF1KB8335.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB8335/gi568815595r_50241413.tfa (gi568815595r:50241413_50445579), 204167 bp

>pF1KB8335 1320
>gi568815595r:50241413_50445579 (Chr3)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-201  (100348-100456)   99% ->
202-318  (101730-101846)   100% ->
319-372  (101964-102017)   100% ->
373-510  (102136-102273)   100% ->
511-599  (102374-102462)   100% ->
600-700  (102562-102662)   99% ->
701-873  (103011-103183)   100% ->
874-999  (103440-103565)   100% ->
1000-1121  (103649-103770)   100% ->
1122-1247  (103881-104006)   100% ->
1248-1320  (104095-104167)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGACCTGGAACTGCTGCTGCCCGGGGAAGCTGAAGTGCTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGACCTGGAACTGCTGCTGCCCGGGGAAGCTGAAGTGCTGGTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTCTGCGCAGCTTCCCGCTACGCGAGATGGGCTCCGAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 GGGTCTGCGCAGCTTCCCGCTACGCGAGATGGGCTCCGAAGGGTG...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GTGGAACCAGCGGCATGAGAACCTGGAGAAGCTGAACATGCAAGCCATC
        >||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 GGTGGAACCAGCAGCATGAGAACCTGGAGAAGCTGAACATGCAAGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGATGCCACAGTCAGCCAGGGCGAGCCCATTCAGGAGCTGCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 CTCGATGCCACAGTCAGCCAGGGCGAGCCCATTCAGGAGCTGCTGGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATGGGAAG         GTCCCAACACTGGTGGAGGAGCTGATCGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 CCATGGGAAGGTA...AAGGTCCCAACACTGGTGGAGGAGCTGATCGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGATGTGGAAGCAGAAGGTGTTCCCTGTGTTCTGCAGGGTGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101761 TGGAGATGTGGAAGCAGAAGGTGTTCCCTGTGTTCTGCAGGGTGGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCAAGCCCCAGAACACCTTCCCCATCTACATGGTG         GTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101811 TTCAAGCCCCAGAACACCTTCCCCATCTACATGGTGGTG...CAGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCACGAGGCCTCCATCATCAACCTCTTGGAGACAGTGTTCTTCCACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101969 CCACGAGGCCTCCATCATCAACCTCTTGGAGACAGTGTTCTTCCACAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GAGGTGTGTGAGTCAGCAGAAGACACTGTCTTGGACTTGGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102019 TG...CAGGAGGTGTGTGAGTCAGCAGAAGACACTGTCTTGGACTTGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTATTGCCACCGCAAACTGACCCTGCTGGTGGCCCAGAGTGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 GACTATTGCCACCGCAAACTGACCCTGCTGGTGGCCCAGAGTGGCTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCCCCCCTGAGGGGGAGGGATCCCAGGACAGCAACCCCATGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102228 TGGCCCCCCTGAGGGGGAGGGATCCCAGGACAGCAACCCCATGCAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GAGCTGCAGAAGCAGGCAGAGCTGATGGAATTTGAGATTGCACTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102278 ..CAGGAGCTGCAGAAGCAGGCAGAGCTGATGGAATTTGAGATTGCACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGGCCCTCTCAGTACTACGCTACATCACAGACTGTGTGGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102419 AAGGCCCTCTCAGTACTACGCTACATCACAGACTGTGTGGACAGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600    CCTCTCTCTCAGCACCTTGAGCCGTATGCTTAGCGCACACAACCTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 102559 TAGCCTCTCTCTCAGCACCTTGAGCCGTATGCTTAGCACACACAACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTGCCTCCTGGTGGAACTGCTGGAGCATAGTCCCTGGAGCCGGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 CCTGCCTCCTGGTGGAACTGCTGGAGCATAGTCCCTGGAGCCGGCGGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAG         GCAAGCTGCAGCAGTTCGAGGGCAGCCGTTGGCATAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 GGAGGTA...CAGGCAAGCTGCAGCAGTTCGAGGGCAGCCGTTGGCATAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGGCCCCCTCAGAGCAGCAAAAGCTGAGCAAGTTGGACGGGCAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 TGTGGCCCCCTCAGAGCAGCAAAAGCTGAGCAAGTTGGACGGGCAAGTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGATCGCCCTGTACAACCTGCTGCTAAGCCCTGAGGCTCAGGCGCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103098 GGATCGCCCTGTACAACCTGCTGCTAAGCCCTGAGGCTCAGGCGCGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGCCTCACAAGTTTTGCCAAGGGACGGCTACTCAAG         CTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103148 TGCCTCACAAGTTTTGCCAAGGGACGGCTACTCAAGGTC...CAGCTTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGCCTTCCTCACAGACACACTGCTGGACCAGCTGCCCAACCTGGCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 GGCCTTCCTCACAGACACACTGCTGGACCAGCTGCCCAACCTGGCCCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCAGAGTTTCCTGGCCCATCTGACCCTAACTGAAACCCAGCCTCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103495 TGCAGAGTTTCCTGGCCCATCTGACCCTAACTGAAACCCAGCCTCCTAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGACCTGGTGTTGGAACAG         ATCCCAGAAATCTGGGAGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103545 AAGGACCTGGTGTTGGAACAGGTA...TAGATCCCAGAAATCTGGGAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGGAGCGAGAAAACAGAGGCAAGTGGCAGGCAATTGCCAAGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 GCTGGAGCGAGAAAACAGAGGCAAGTGGCAGGCAATTGCCAAGCACCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCAGCATGTGTTCAGCCCCTCAGAGCAGGACCTGCGGCTGCAGGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103719 TCCAGCATGTGTTCAGCCCCTCAGAGCAGGACCTGCGGCTGCAGGCGCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AG         GTGGGCTGAGACCTACAGGCTGGATGTGCTAGAGGCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103769 AGGTA...CAGGTGGGCTGAGACCTACAGGCTGGATGTGCTAGAGGCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCTCCAGAGCGGCCCCGCTGTGCTTACTGCAGTGCAGAGGCTTCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103920 GGCTCCAGAGCGGCCCCGCTGTGCTTACTGCAGTGCAGAGGCTTCTAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCTGCTCACGATGCCAGAATGAGTGGTATTGCTGCAG         GGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103970 GCTGCTCACGATGCCAGAATGAGTGGTATTGCTGCAGGTG...CAGGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGCCAAGTCAAGCACTGGGAAAAGCATGGAAAGACTTGTGTCCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 104099 TGCCAAGTCAAGCACTGGGAAAAGCATGGAAAGACTTGTGTCCTGGCAGC

   1400     .    :    .
   1302 CCAGGGTGACAGAGCCAAA
        |||||||||||||||||||
 104149 CCAGGGTGACAGAGCCAAA