seq1 = pF1KB8332.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KB8332/gi568815596f_171590156.tfa (gi568815596f:171590156_171847886), 257731 bp

>pF1KB8332 1836
>gi568815596f:171590156_171847886 (Chr2)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-226  (102622-102739)   100% ->
227-317  (117132-117222)   100% ->
318-433  (125173-125288)   100% ->
434-529  (135463-135558)   100% ->
530-692  (135764-135926)   99% ->
693-792  (136039-136138)   99% ->
793-918  (136636-136761)   100% ->
919-1065  (137666-137812)   100% ->
1066-1179  (138150-138263)   100% ->
1180-1313  (138562-138695)   100% ->
1314-1458  (139554-139698)   100% ->
1459-1599  (153894-154034)   100% ->
1600-1725  (155647-155772)   100% ->
1726-1836  (157621-157731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGACAAAAGTGAATTAAAGGCTGAGTTGGAACGTAAGAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGACAAAAGTGAATTAAAGGCTGAGTTGGAACGTAAGAAGCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGGCCCAAATCAGAGAGGAAAAGAAGAGAAAAGAAGAAGAAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGGCCCAAATCAGAGAGGAAAAGAAGAGAAAAGAAGAAGAAAGGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAAGAA         ACAGACCAGAAGAAGGAAGCTGTTGCTCCTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAAGAAGTA...TAGACAGACCAGAAGAAGGAAGCTGTTGCTCCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGAAGAATCAGATCTTGAAAAAAAAAGGAGAGAAGCTGAAGCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 CAAGAAGAATCAGATCTTGAAAAAAAAAGGAGAGAAGCTGAAGCATTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAAGCATGGGGCTAACTCCAGAATCCCCCATTG         TCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102705 TCAAAGCATGGGGCTAACTCCAGAATCCCCCATTGGTA...TAGTCCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCCTATGTCTCCATCCTCCAAATCTGTGAGCACTCCAAGTGAAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117138 CTCCTATGTCTCCATCCTCCAAATCTGTGAGCACTCCAAGTGAAGCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCCAAGACTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAG         ACGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117188 AGCCAAGACTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAGGTA...TAGACGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCTATTAAACTTGGAATGGCTAAAATCACGCAAGTCGACTTTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125179 ACCTATTAAACTTGGAATGGCTAAAATCACGCAAGTCGACTTTCCTCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAAATTGTCACGTATACAAAGGAAACTCAGACTCCAGTTATGGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125229 GAGAAATTGTCACGTATACAAAGGAAACTCAGACTCCAGTTATGGCTCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAAAGAAG         ATGAAGAGGAAGATGATGATGTAGTGGCTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125279 CCCAAAGAAGGTG...CAGATGAAGAGGAAGATGATGATGTAGTGGCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAACCACCTATTGAACCTGAAGAAGAGAAAACTTTAAAGAAAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135494 TAAACCACCTATTGAACCTGAAGAAGAGAAAACTTTAAAGAAAGATGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAATGATAGTAAAG         CTCCCCCTCATGAGCTGACTGAAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 135544 AAAATGATAGTAAAGGTA...CAGCTCCCCCTCATGAGCTGACTGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAAGCAACAAATCTTGCACTCTGAGGAATTTTTAAGTTTCTTTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135790 GAAAAGCAACAAATCTTGCACTCTGAGGAATTTTTAAGTTTCTTTGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCTACAAGAATTGTAGAAAGAGCTCTTTCTGAGCAGATTAACATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135840 TTCTACAAGAATTGTAGAAAGAGCTCTTTCTGAGCAGATTAACATCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGACTACAGTGGGAGAGATTTGGAAGACAAAGAAGG         AGAG
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135890 TTGACTATAGTGGGAGAGATTTGGAAGACAAAGAAGGGTA...TAGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTCAAGCAGGTGCTAAACTGTCATTAAATCGACAATTTTTTGACGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 136043 ATTCAAGCAGGTGCTAAACTGTCATTAAATCGACAATTTTTTGACGAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTGGTCAAAGCATCGGGTGGTTAGTTGTTTGGATTGGTCATCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 136093 TTGGTCAAAGCATCGGGTGGTTAGTTGTTTGGATTGGTCATCTCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      TATCCGGAGTTACTCGTGGCTTCCTATAACAACAATGAAGATGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136143 ..CAGTATCCGGAGTTACTCGTGGCTTCCTATAACAACAATGAAGATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTCATGAGCCTGATGGTGTGGCCCTTGTATGGAATATGAAATACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136681 CCTCATGAGCCTGATGGTGTGGCCCTTGTATGGAATATGAAATACAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AACTACCCCAGAGTATGTGTTTCACTGCCAG         TCAGCTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 136731 AACTACCCCAGAGTATGTGTTTCACTGCCAGGTA...CAGTCAGCTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTCTGCCACATTTGCAAAATTTCATCCAAATCTTGTTGTTGGTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137676 TGTCTGCCACATTTGCAAAATTTCATCCAAATCTTGTTGTTGGTGGTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATTCAGGCCAAATTGTGCTTTGGGATAACCGTAGCAATAAAAGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137726 TATTCAGGCCAAATTGTGCTTTGGGATAACCGTAGCAATAAAAGAACTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTGCAAAGAACTCCACTGTCAGCAGCTGCACACACA         CACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 137776 AGTGCAAAGAACTCCACTGTCAGCAGCTGCACACACAGTA...TAGCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGTATATTGTGTAAATGTTGTTGGAACACAAAATGCTCACAATCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138154 CTGTATATTGTGTAAATGTTGTTGGAACACAAAATGCTCACAATCTGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCATCTCTACTGATGGAAAAATTTGTTCATGGAGTCTGGACATGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138204 AGCATCTCTACTGATGGAAAAATTTGTTCATGGAGTCTGGACATGCTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCATCCACAG         GATAGCATGGAGTTGGTTCATAAACAGTCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 138254 CCATCCACAGGTG...TAGGATAGCATGGAGTTGGTTCATAAACAGTCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGCAGTAGCTGTGACATCTATGTCCTTCCCTGTTGGAGATGTCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138593 AAGCAGTAGCTGTGACATCTATGTCCTTCCCTGTTGGAGATGTCAACAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTTGTTGTTGGGAGTGAAGAAGGTTCTGTGTACACAGCATGCCGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138643 TTTGTTGTTGGGAGTGAAGAAGGTTCTGTGTACACAGCATGCCGCCATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAG         CAAAGCTGGAATCAGTGAGATGTTTGAGGGGCATCAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138693 CAGGTA...TAGCAAAGCTGGAATCAGTGAGATGTTTGAGGGGCATCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GACCAATCACTGGCATCCATTGTCATGCAGCTGTTGGAGCAGTAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139592 GACCAATCACTGGCATCCATTGTCATGCAGCTGTTGGAGCAGTAGACTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCACATCTTTTTGTCACTTCATCGTTTGACTGGACAGTAAAGCTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139642 TCACATCTTTTTGTCACTTCATCGTTTGACTGGACAGTAAAGCTTTGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AACTAAG         AATAACAAGCCTTTGTATTCATTTGAAGATAATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139692 AACTAAGGTA...CAGAATAACAAGCCTTTGTATTCATTTGAAGATAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CAGACTATGTTTATGATGTTATGTGGTCACCTACCCACCCAGCCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153928 CAGACTATGTTTATGATGTTATGTGGTCACCTACCCACCCAGCCCTGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCTGTGTGGATGGCATGGGGAGATTGGATTTGTGGAATCTCAATAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153978 GCCTGTGTGGATGGCATGGGGAGATTGGATTTGTGGAATCTCAATAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CACAGAG         GTACCAACTGCCAGCATTTCTGTGGAGGGTAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154028 CACAGAGGTG...TAGGTACCAACTGCCAGCATTTCTGTGGAGGGTAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTGCTCTTAATCGTGTGAGATGGACCCATTCTGGCAGAGAGATTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155681 CTGCTCTTAATCGTGTGAGATGGACCCATTCTGGCAGAGAGATTGCTGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGTGATTCTGAAGGACAGATTGTTATATACGATGTGGGAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 155731 GGTGATTCTGAAGGACAGATTGTTATATACGATGTGGGAGAGGTA...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1726  CAGATTGCTGTTCCCCGCAATGATGAATGGGCACGGTTTGGCCGAACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157620 GCAGATTGCTGTTCCCCGCAATGATGAATGGGCACGGTTTGGCCGAACAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTGCAGAAATTAATGCAAACCGAGCTGATGCAGAGGAGGAAGCAGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157670 TTGCAGAAATTAATGCAAACCGAGCTGATGCAGAGGAGGAAGCAGCTACC

   1950     .    :
   1825 CGAATACCTGCT
        ||||||||||||
 157720 CGAATACCTGCT