seq1 = pF1KB8331.tfa, 630 bp
seq2 = pF1KB8331/gi568815575r_154552271.tfa (gi568815575r:154552271_154753515), 201245 bp

>pF1KB8331 630
>gi568815575r:154552271_154753515 (ChrX)

(complement)

1-269  (100001-100269)   100% ->
270-630  (100885-101245)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGGCCGAAGGCCGGGGCACAGGGGGTTCGACGGGCGATGCTGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGAGGCCCTGGCATTCCTGATGGCCCAGGGGGCAATGCTGGCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGAGAGGCGGGTGCCACGGGCGGCAGAGGTCCCCGGGGCGCAGGGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAAGGGCCTCGGGGCCGAGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAAGGGCCTCGGGGCCGAGAGGAGGCGCCCCGCGGGGTCCGCATGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCGCTTCTGCGCAGGATGGAAGGTGCCCCTGCGGGGCCAGGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCGCTTCTGCGCAGGATGGAAGGTGCCCCTGCGGGGCCAGGAGGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAGCCGCCTGCTTGAGTT         GCACATCACGATGCCTTTCTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100251 ACAGCCGCCTGCTTGAGTTGTA...CAGGCACATCACGATGCCTTTCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGCCCATGGAAGCGGAGCTGGTCCGCAGGATCCTGTCCCGGGATGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100907 TCGCCCATGGAAGCGGAGCTGGTCCGCAGGATCCTGTCCCGGGATGCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCGCTCCCCCGACCAGGGGCGGTTCTGAAGGACTTCACCGTGTCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100957 ACCGCTCCCCCGACCAGGGGCGGTTCTGAAGGACTTCACCGTGTCCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCTACTGTTTATGTCAGTTCGGGACCAGGACAGGGAAGGCGCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101007 ACCTACTGTTTATGTCAGTTCGGGACCAGGACAGGGAAGGCGCTGGGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGAGGGTGGTGGGTTGGGGGCTGGGATCCGCCTCCCCGGAGGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101057 ATGAGGGTGGTGGGTTGGGGGCTGGGATCCGCCTCCCCGGAGGGGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCTAGAGATCTCAGAACACCCAAACACAAGGCCTCAGAACAGAGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 101107 AGCTAGAGATCTCAGAACACCCAAACACAAGGTCTCAGAACAGAGACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTACACCAGGCCCGCCGCCACCCGAGGGAGCCCAGGGAGATGGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101157 GTACACCAGGCCCGCCGCCACCCGAGGGAGCCCAGGGAGATGGGTGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .
    592 GGTGTCGCCTTTAATGTGATGTTCTCTGCCCCTCACATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101207 GGTGTCGCCTTTAATGTGATGTTCTCTGCCCCTCACATT