seq1 = pF1KB8326.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KB8326/gi568815581f_49110725.tfa (gi568815581f:49110725_49322712), 211988 bp

>pF1KB8326 1098
>gi568815581f:49110725_49322712 (Chr17)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-285  (105807-105974)   99% ->
286-462  (107015-107191)   100% ->
463-548  (108816-108901)   100% ->
549-644  (109134-109229)   97% ->
645-802  (109445-109602)   100% ->
803-937  (111367-111501)   100% ->
938-1098  (111828-111988)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTACAGCAGCTGCAGGAGTTTGAGATCCCCACTGGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTACAGCAGCTGCAGGAGTTTGAGATCCCCACTGGCCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCTGAGGGGCAACCACAGTGCCCTGCTGCGGGTCGCTGACTACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTCTGAGGGGCAACCACAGTGCCCTGCTGCGGGTCGCTGACTACTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACAACTATGTGCAG         GCCACAGACAAGCAGAAGGCGCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| ||||||||||
 100101 AGGACAACTATGTGCAGGTA...CAGGCCACAGACAAGCGGAAGGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAGACCATGGCCTTCACTACCCAGGCACTGGCCAGCGTGGCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105831 GAGGAGACCATGGCCTTCACTACCCAGGCACTGGCCAGCGTGGCCTACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGGCAACCTGGCCGGGCACACTCTGCGCATGTTGGACCTGCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105881 GGTGGGCAACCTGGCCGGGCACACTCTGCGCATGTTGGACCTGCAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCCTGCGGCAGGTGGAAGCCCGTGTAAGCACGCTGGGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105931 CCGCCCTGCGGCAGGTGGAAGCCCGTGTAAGCACGCTGGGCCAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    ATGGTGAACATGCATATGGAGAAGGTGGCCCGAAGGGAGATCGGCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107012 CAGATGGTGAACATGCATATGGAGAAGGTGGCCCGAAGGGAGATCGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTAGCCACTGTCCAGCGGCTGCCCCCCGGCCAGAAGGTCATCGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107062 CTTAGCCACTGTCCAGCGGCTGCCCCCCGGCCAGAAGGTCATCGCCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAACCTACCCCCTCTCACGCCCTACTGCAGGAGACCCCTCAACTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107112 AGAACCTACCCCCTCTCACGCCCTACTGCAGGAGACCCCTCAACTTTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCTGGACGACATTGGCCATGGGATCAAG         GACCTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107162 TGCCTGGACGACATTGGCCATGGGATCAAGGTA...CAGGACCTCAGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGCTGTCAAGAACAGGCACCCTGTCTCGAAAGAGCATCAAGGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108827 GCAGCTGTCAAGAACAGGCACCCTGTCTCGAAAGAGCATCAAGGCCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACACCCGCCTCCGCCACCTTGGG         GAGACCGCCCCGGATT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| |||||||||
 108877 CCACACCCGCCTCCGCCACCTTGGGGTG...CAGGAGACCACCCCGGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCGAGCCAGTGCACCTGCCGGTGGTGCCCGACGGCAGACTCTCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109150 CCCGAGCCAGTGCACCTGCCGGTGGTGCCCGACGGCAGACTCTCCGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCTCTGCGTCTTCCCTGGCCTCGGCCGG         CAGCGCCGAAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109200 CTCCTCTGCGTTTTCCCTGGCCTCGGCCGGGTG...CAGCAGCGCCGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGTCGGTGGGGCCCCCACGCCCAAGGGGCAGGCAGCACCTCCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109456 GTGTCGGTGGGGCCCCCACGCCCAAGGGGCAGGCAGCACCTCCAGCCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCTCCCCAGCTCCTTGGACCCACCTCCTCCACCAGCAGCCGTCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109506 CCTCTCCCCAGCTCCTTGGACCCACCTCCTCCACCAGCAGCCGTCGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTCCAGCGGCCTCCCACGCTGGAGGAGTTGTCCCCACCCCCACCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109556 GTTCCAGCGGCCTCCCACGCTGGAGGAGTTGTCCCCACCCCCACCGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       ACGAAGAGCTGCCCCTGCCACTGGACCTGCCTCCTCCTCCACCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109606 ...AAGACGAAGAGCTGCCCCTGCCACTGGACCTGCCTCCTCCTCCACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGGATGGAGATGAATTGGGGCTGCCTCCACCCCCACCAGGATTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111411 CTGGATGGAGATGAATTGGGGCTGCCTCCACCCCCACCAGGATTTGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGAGCCCAGCTGGGTGCCTGCCTCATACTTGGAGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111461 TGATGAGCCCAGCTGGGTGCCTGCCTCATACTTGGAGAAAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGTGACACTGTACCCATACACCAGCCAGAAGGACAATGAGCTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111828 TGGTGACACTGTACCCATACACCAGCCAGAAGGACAATGAGCTCTCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCTGAGGGCACTGTCATCTGTGTCACTCGCCGCTACTCCGATGGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111878 TCTGAGGGCACTGTCATCTGTGTCACTCGCCGCTACTCCGATGGCTGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGAGGGCGTCAGCTCGGAGGGGACTGGATTCTTCCCTGGGAACTATGTGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111928 CGAGGGCGTCAGCTCAGAGGGGACTGGATTCTTCCCTGGGAACTATGTGG

   1150     .    :
   1088 AGCCCAGCTGC
        |||||||||||
 111978 AGCCCAGCTGC