seq1 = pF1KB8321.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KB8321/gi568815593f_154763279.tfa (gi568815593f:154763279_154975436), 212158 bp

>pF1KB8321 876
>gi568815593f:154763279_154975436 (Chr5)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-311  (101914-102107)   100% ->
312-473  (107383-107544)   100% ->
474-618  (108452-108596)   99% ->
619-729  (109263-109373)   100% ->
730-876  (112012-112158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCAGCACTTGTGGAGAATAGCCAGGTTATCTGTGAAGTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCAGCACTTGTGGAGAATAGCCAGGTTATCTGTGAAGTGTGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTAATCTAGAAGAAGAGATGAGGAAGATCCGAGAAATCGTGCTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTAATCTAGAAGAAGAGATGAGGAAGATCCGAGAAATCGTGCTCAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGTTATATTGCCATG         GACACAGAATTTCCAGGTGTTGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGTTATATTGCCATGGTA...CAGGACACAGAATTTCCAGGTGTTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCGACCAATTGGTGAATTTCGTAGTTCCATAGATTACCAATATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101938 GTGCGACCAATTGGTGAATTTCGTAGTTCCATAGATTACCAATATCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGCGGTGCAATGTTGACCTTTTAAAAATTATCCAGCTGGGCCTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101988 TCTGCGGTGCAATGTTGACCTTTTAAAAATTATCCAGCTGGGCCTTACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACAAATGAGAAGGGAGAGTATCCTTCTGGAATCAATACTTGGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102038 TCACAAATGAGAAGGGAGAGTATCCTTCTGGAATCAATACTTGGCAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATTTCAAATTTAACCTTAC         AGAGGACATGTACTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102088 AATTTCAAATTTAACCTTACGTA...TAGAGAGGACATGTACTCCCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCCATAGATCTCCTTGCTAACTCAGGACTACAGTTTCAGAAGCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107404 TTCCATAGATCTCCTTGCTAACTCAGGACTACAGTTTCAGAAGCATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAAGGGATTGACACACTGCACTTTGCAGAGCTGCTTATGACATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 AGGAAGGGATTGACACACTGCACTTTGCAGAGCTGCTTATGACATCAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGGTTCTCTGTGACAATGTCAAATGGCTTTCATTTCATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107504 GTGGTTCTCTGTGACAATGTCAAATGGCTTTCATTTCATAGGTC...TAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCTATGATTTTGGCTATACGGTAAAGTTGCTTACAGATTCTCGTTTGC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 108452 TGGCTATGATTTTGGCTATATGGTAAAGTTGCTTACAGATTCTCGTTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGAAGAGGAACATGAATTCTTTCATATTCTGAACCTTTTCTTCCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108502 CAGAAGAGGAACATGAATTCTTTCATATTCTGAACCTTTTCTTCCCATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTTATGATGTGAAATACCTGATGAAGAGCTGCAAAAATCTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108552 ATTTATGATGTGAAATACCTGATGAAGAGCTGCAAAAATCTTAAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     GGAGGTCTTCAGGAAGTTGCTGATCAGTTGGATTTGCAGAGGATTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108602 .CAGGGAGGTCTTCAGGAAGTTGCTGATCAGTTGGATTTGCAGAGGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAGGCAGCACCAGGCAGGCTCAGACTCACTGCTGACAGGAATGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109309 GAAGGCAGCACCAGGCAGGCTCAGACTCACTGCTGACAGGAATGGCTTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTAGGATGAAAGAG         TTGTTTTTTGAGGACAGCATTGATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109359 TTTAGGATGAAAGAGGTA...CAGTTGTTTTTTGAGGACAGCATTGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCCAAGTACTGTGGGCGGCTCTATGGCTTAGGCACAGGAGTGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 TGCCAAGTACTGTGGGCGGCTCTATGGCTTAGGCACAGGAGTGGCCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCAGAATGAGGATGTGGACTCTGCCCAGGAGAAGATGAGCATCCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112088 AGCAGAATGAGGATGTGGACTCTGCCCAGGAGAAGATGAGCATCCTGGCG

    900     .    :    .    :
    856 ATTATCAACAACATGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||
 112138 ATTATCAACAACATGCAGCAG