seq1 = pF1KB8314.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB8314/gi568815575f_153404632.tfa (gi568815575f:153404632_153608442), 203811 bp

>pF1KB8314 1104
>gi568815575f:153404632_153608442 (ChrX)

1-238  (100001-100238)   99% ->
239-351  (100607-100719)   100% ->
352-565  (101232-101445)   100% ->
566-676  (101898-102008)   100% ->
677-770  (102199-102292)   100% ->
771-909  (102416-102554)   100% ->
910-1104  (103617-103811)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCCCCTGTGGCGCCTCGTGTCTCTGCTGGCCCTGAGCCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCCCCTGTGGCGCCTCGTGTCTCTGCTGGCCCTGAGCCAGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCTTTGAGCAGAGAGGCTTCTGGGACTTCACCCTGGACGATGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCTTTGAGCAGAGAGGCTTCTGGGACTTCACCCTGGACGATGGGCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGATGAACGATGAGGAAGCTTCGGGCGCTGACACCTCAGGCGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100101 TCATGATGAACGATGAGGAAGCTTCGGGCGCTGACACCTCGGGCGTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCCGGACTCTGTCACACCCACCTACAGCGCCATGTGTCCTTTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCCGGACTCTGTCACACCCACCTACAGCGCCATGTGTCCTTTCGGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACTGCCACCTGCGGGTGGTTCAGTGCTCCGACCTGG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 CCACTGCCACCTGCGGGTGGTTCAGTGCTCCGACCTGGGTT...TAGGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGTCTGTGCCCAAAGAGATCTCCCCTGACACCACGCTGCTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 TGAAGTCTGTGCCCAAAGAGATCTCCCCTGACACCACGCTGCTGGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGAACAACGACATCTCCGAGCTCCGCAAGGATGACTTCAAGGGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 CAGAACAACGACATCTCCGAGCTCCGCAAGGATGACTTCAAGGGTCTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCACCTCTAC         GCCCTCGTCCTGGTGAACAACAAGATCTCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 GCACCTCTACGTA...CAGGCCCTCGTCCTGGTGAACAACAAGATCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGATCCATGAGAAGGCCTTCAGCCCACTGCGGAAGCTGCAGAAGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101263 AGATCCATGAGAAGGCCTTCAGCCCACTGCGGAAGCTGCAGAAGCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTCCAAGAACCACCTGGTGGAGATCCCGCCCAACCTACCCAGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 ATCTCCAAGAACCACCTGGTGGAGATCCCGCCCAACCTACCCAGCTCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTGGAGCTCCGCATCCACGACAACCGCATCCGCAAGGTGCCCAAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 GGTGGAGCTCCGCATCCACGACAACCGCATCCGCAAGGTGCCCAAGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGTTCAGCGGGCTCCGGAACATGAACTGCATCG         AGATGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101413 TGTTCAGCGGGCTCCGGAACATGAACTGCATCGGTG...TAGAGATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGAACCCACTGGAGAACAGTGGCTTTGAACCTGGAGCCTTCGATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101906 GGGAACCCACTGGAGAACAGTGGCTTTGAACCTGGAGCCTTCGATGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGCTCAACTACCTGCGCATCTCAGAGGCCAAGCTGACTGGCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101956 GAAGCTCAACTACCTGCGCATCTCAGAGGCCAAGCTGACTGGCATCCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAG         ACCTCCCTGAGACCCTGAATGAACTCCACCTAGACCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 AAGGTA...CAGACCTCCCTGAGACCCTGAATGAACTCCACCTAGACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACAAAATCCAGGCCATCGAACTGGAGGACCTGCTTCGCTACTCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 AACAAAATCCAGGCCATCGAACTGGAGGACCTGCTTCGCTACTCCAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTACAG         GCTGGGCCTAGGCCACAACCAGATCAGGATGATCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 GTACAGGTG...CAGGCTGGGCCTAGGCCACAACCAGATCAGGATGATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAACGGGAGCCTGAGCTTCCTGCCCACCCTCCGGGAGCTCCACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 AGAACGGGAGCCTGAGCTTCCTGCCCACCCTCCGGGAGCTCCACTTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACAACAAGTTGGCCAGGGTGCCCTCAGGGCTCCCAGACCTCAAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 AACAACAAGTTGGCCAGGGTGCCCTCAGGGCTCCCAGACCTCAAGCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCAG         GTGGTCTATCTGCACTCCAACAACATCACCAAAGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 CCAGGTG...CAGGTGGTCTATCTGCACTCCAACAACATCACCAAAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTGTCAACGACTTCTGTCCCATGGGCTTCGGGGTGAAGCGGGCCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103654 GTGTCAACGACTTCTGTCCCATGGGCTTCGGGGTGAAGCGGGCCTACTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AACGGCATCAGCCTCTTCAACAACCCCGTGCCCTACTGGGAGGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103704 AACGGCATCAGCCTCTTCAACAACCCCGTGCCCTACTGGGAGGTGCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCCACTTTCCGCTGCGTCACTGACCGCCTGGCCATCCAGTTTGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103754 GGCCACTTTCCGCTGCGTCACTGACCGCCTGGCCATCCAGTTTGGCAACT

   1150     .
   1097 ACAAAAAG
        ||||||||
 103804 ACAAAAAG