seq1 = pF1KB8313.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB8313/gi568815575r_153354394.tfa (gi568815575r:153354394_153570587), 216194 bp

>pF1KB8313 1104
>gi568815575r:153354394_153570587 (ChrX)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-254  (101327-101442)   100% ->
255-322  (105533-105600)   100% ->
323-384  (107917-107978)   100% ->
385-476  (113360-113451)   100% ->
477-635  (113937-114095)   100% ->
636-735  (114224-114323)   100% ->
736-960  (114822-115046)   100% ->
961-1075  (116080-116194)   100% ->
1076-1104  (122679-122707)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGGGGCGCGGCTCGGAGCGCGAAACATGGCGGGGCAGGACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGGGGCGCGGCTCGGAGCGCGAAACATGGCGGGGCAGGACGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGGCCGTGGCGGCGACGACTACTCAGAGGACGAGGGCGACAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGGCCGTGGCGGCGACGACTACTCAGAGGACGAGGGCGACAGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCCAGGGCGGCTGTGGAGGTGTTCGGGAAGCTGAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TGTCCAGGGCGGCTGTGGAGGTGTTCGGGAAGCTGAAGGTG...TAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAAACTGCCCCTTCCTCGAGGGTCTGTATATCACAGAGCCAAAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 CTAAACTGCCCCTTCCTCGAGGGTCTGTATATCACAGAGCCAAAGACAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGGAACTGCTGTGCAGCCCCTCAGAGTACCGCTTGGAGATCCTAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101380 TCAGGAACTGCTGTGCAGCCCCTCAGAGTACCGCTTGGAGATCCTAGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGATGTGTACCCG         GGTCTGGCCCTCACTGCAGGACAGGTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101430 GGATGTGTACCCGGTA...CAGGGTCTGGCCCTCACTGCAGGACAGGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTCACTGAAAGGGGTCCCAACAGAGGTGAAGATCCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105561 AGCTCACTGAAAGGGGTCCCAACAGAGGTGAAGATCCAAGGTA...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGACGAAGCTGGGCCACGAGCTGATGCTGTGTGCGCCAGATGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107918 AATGACGAAGCTGGGCCACGAGCTGATGCTGTGTGCGCCAGATGACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTCCTCAAG         GGCTGTGCCTGCGCCCAGAAGCAGCTACAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107968 AGCTCCTCAAGGTA...CAGGGCTGTGCCTGCGCCCAGAAGCAGCTACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCATGGACCAGTTGCTCGATACCATCCGGAGCCTGACCATTGGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113390 TTCATGGACCAGTTGCTCGATACCATCCGGAGCCTGACCATTGGGTGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTTGCTCGAG         CCTGATGGAGCACTTCGAGGACACCAGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113440 CAGTTGCTCGAGGTA...CAGCCTGATGGAGCACTTCGAGGACACCAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAAGAACGAGGCCTTGCTGGGGGAGCTCTTCTCTAGCCCCCACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113966 AGAAGAACGAGGCCTTGCTGGGGGAGCTCTTCTCTAGCCCCCACCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGCTCCTGAATCCAGAGTGCGACCCGTGGCCCCTGGACATGCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114016 ATGCTCCTGAATCCAGAGTGCGACCCGTGGCCCCTGGACATGCAGCCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCAACAAGCAGAGTGATGACTGGCAGTG         GGCCAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114066 CCTCAACAAGCAGAGTGATGACTGGCAGTGGTA...CAGGGCCAGTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGCCAAGTCCGAGGAGGAGGAGAAGCTGGCGGAGCTTGCCAGGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114235 CTGCCAAGTCCGAGGAGGAGGAGAAGCTGGCGGAGCTTGCCAGGCAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGAGAGTGCTGCCAAGTTGCACGCGCTTAGAACGGAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114285 CAGGAGAGTGCTGCCAAGTTGCACGCGCTTAGAACGGAGGTG...CAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTTTGCACAGCATGAGCAAGGGGCTGCTGCGGGCGCAGCCGACATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114824 CTTTGCACAGCATGAGCAAGGGGCTGCTGCGGGCGCAGCCGACATCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTAGACCAGAAGCTGCGTCTGGTCACTTCCGACTTCCACCAGCTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114874 CCCTAGACCAGAAGCTGCGTCTGGTCACTTCCGACTTCCACCAGCTAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTGGCTTTTCTCCAAGTCTACGACGACGAGCTGGGCGAGTGCTGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114924 TTGGCTTTTCTCCAAGTCTACGACGACGAGCTGGGCGAGTGCTGCCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCCAGGCCCTGACCTCCACCCGTGCGGCCCCATCATCCAGGCCACGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114974 CCCAGGCCCTGACCTCCACCCGTGCGGCCCCATCATCCAGGCCACGCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGAATCTGACTTCCTACAGCCAA         CTGCTGCAAGTGGTCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 115024 AGAATCTGACTTCCTACAGCCAAGTA...CAGCTGCTGCAAGTGGTCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCAGTTGCTGACACCTCTGCGAAGGCCGTGGAGACCGTGAAGAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116098 GCAGTTGCTGACACCTCTGCGAAGGCCGTGGAGACCGTGAAGAAGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGCGAGCAGATCTGCTGGGGTGGCAGCAGCTCCGTCATGAGTCTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116148 AGGCGAGCAGATCTGCTGGGGTGGCAGCAGCTCCGTCATGAGTCTAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1076       CTACCAAGATGAATGAACTAATGGAGAAA
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116198 ...CAGCTACCAAGATGAATGAACTAATGGAGAAA