seq1 = pF1KB8310.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KB8310/gi568815578r_56270161.tfa (gi568815578r:56270161_56488197), 218037 bp

>pF1KB8310 1209
>gi568815578r:56270161_56488197 (Chr20)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-319  (101665-101941)   99% ->
320-374  (103874-103928)   100% ->
375-566  (105022-105213)   100% ->
567-705  (106627-106765)   100% ->
706-854  (114642-114790)   100% ->
855-1029  (117539-117713)   100% ->
1030-1209  (117858-118037)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGATCTAAAGAAAACTGCATTTCAGGACCTGTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGACCGATCTAAAGAAAACTGCATTTCAGGACCTGTTAAGGTA...TA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GCTACAGCTCCAGTTGGAGGTCCAAAACGTGTTCTCGTGACTCAGCAAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 GGCTACAGCTCCAGTTGGAGGTCCAAAACGTGTTCTCGTGACTCAGCAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCTTGTCAGAATCCATTACCTGTAAATAGTGGCCAGGCTCAGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 TTCCTTGTCAGAATCCATTACCTGTAAATAGTGGCCAGGCTCAGCGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGTGTCCTTCAAATTCTTCCCAGCGCGTTCCTTTGCAAGCACAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 101764 TTGTGTCCTTCAAATTCTTCCCAGCGCATTCCTTTGCAAGCACAAAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCTCCAGTCACAAGCCGGTTCAGAATCAGAAGCAGAAGCAATTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 TGTCTCCAGTCACAAGCCGGTTCAGAATCAGAAGCAGAAGCAATTGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACCAGTGTACCTCATCCTGTCTCCAGGCCACTGAATAACACCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101864 CAACCAGTGTACCTCATCCTGTCTCCAGGCCACTGAATAACACCCAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCAAGCAGCCCCTGCCATCGGCACCTG         AAAATAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101914 AGCAAGCAGCCCCTGCCATCGGCACCTGGTA...TAGAAAATAATCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGGAACTGGCATCAAAACAGAAAAATGAAGAATCAAAAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103887 GGAGGAACTGGCATCAAAACAGAAAAATGAAGAATCAAAAAAGTA...TA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  GAGGCAGTGGGCTTTGGAAGACTTTGAAATTGGTCGCCCTCTGGGTAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105021 GGAGGCAGTGGGCTTTGGAAGACTTTGAAATTGGTCGCCCTCTGGGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAAGTTTGGTAATGTTTATTTGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 GGAAAGTTTGGTAATGTTTATTTGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGGCTCTTAAAGTGTTATTTAAAGCTCAGCTGGAGAAAGCCGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105121 TCTGGCTCTTAAAGTGTTATTTAAAGCTCAGCTGGAGAAAGCCGGAGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCATCAGCTCAGAAGAGAAGTAGAAATACAGTCCCACCTTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105171 AGCATCAGCTCAGAAGAGAAGTAGAAATACAGTCCCACCTTCGGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567   GCATCCTAATATTCTTAGACTGTATGGTTATTTCCATGATGCTACCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106625 AGGCATCCTAATATTCTTAGACTGTATGGTTATTTCCATGATGCTACCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGTCTACCTAATTCTGGAATATGCACCACTTGGAACAGTTTATAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106675 AGTCTACCTAATTCTGGAATATGCACCACTTGGAACAGTTTATAGAGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCAGAAACTTTCAAAGTTTGATGAGCAGAGAACTGCTACT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106725 TTCAGAAACTTTCAAAGTTTGATGAGCAGAGAACTGCTACTGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATATAACAGAATTGGCAAATGCCCTGTCTTACTGTCATTCGAAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114642 TATATAACAGAATTGGCAAATGCCCTGTCTTACTGTCATTCGAAGAGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATTCATAGAGACATTAAGCCAGAGAACTTACTTCTTGGATCAGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114692 TATTCATAGAGACATTAAGCCAGAGAACTTACTTCTTGGATCAGCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCTTAAAATTGCAGATTTTGGGTGGTCAGTACATGCTCCATCTTCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114742 AGCTTAAAATTGCAGATTTTGGGTGGTCAGTACATGCTCCATCTTCCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855         GAGGACCACTCTCTGTGGCACCCTGGACTACCTGCCCCCTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114792 TA...CAGGAGGACCACTCTCTGTGGCACCCTGGACTACCTGCCCCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATGATTGAAGGTCGGATGCATGATGAGAAGGTGGATCTCTGGAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117581 AATGATTGAAGGTCGGATGCATGATGAGAAGGTGGATCTCTGGAGCCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGTTCTTTGCTATGAATTTTTAGTTGGGAAGCCTCCTTTTGAGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117631 GAGTTCTTTGCTATGAATTTTTAGTTGGGAAGCCTCCTTTTGAGGCAAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACATACCAAGAGACCTACAAAAGAATATCACGG         GTTGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117681 ACATACCAAGAGACCTACAAAAGAATATCACGGGTA...CAGGTTGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACATTCCCTGACTTTGTAACAGAGGGAGCCAGGGACCTCATTTCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117866 CACATTCCCTGACTTTGTAACAGAGGGAGCCAGGGACCTCATTTCAAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGTTGAAGCATAATCCCAGCCAGAGGCCAATGCTCAGAGAAGTACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117916 TGTTGAAGCATAATCCCAGCCAGAGGCCAATGCTCAGAGAAGTACTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CACCCCTGGATCACAGCAAATTCATCAAAACCATCAAATTGCCAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117966 CACCCCTGGATCACAGCAAATTCATCAAAACCATCAAATTGCCAAAACAA

   1250     .    :    .    :
   1188 AGAATCAGCTAGCAAACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||
 118016 AGAATCAGCTAGCAAACAGTCT