seq1 = pF1KB8304.tfa, 894 bp
seq2 = pF1KB8304/gi568815586f_55867009.tfa (gi568815586f:55867009_56071622), 204614 bp

>pF1KB8304 894
>gi568815586f:55867009_56071622 (Chr12)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-194  (100849-100926)   100% ->
195-315  (101041-101161)   100% ->
316-486  (101770-101940)   100% ->
487-588  (102467-102568)   100% ->
589-792  (104036-104239)   100% ->
793-894  (104513-104614)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACTTCCAAAAGGTGGAAAAGATCGGAGAGGGCACGTACGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACTTCCAAAAGGTGGAAAAGATCGGAGAGGGCACGTACGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGTACAAAGCCAGAAACAAGTTGACGGGAGAGGTGGTGGCGCTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGTACAAAGCCAGAAACAAGTTGACGGGAGAGGTGGTGGCGCTTAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAATCCGCCTGGACAC         TGAGACTGAGGGTGTGCCCAGTACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 AAATCCGCCTGGACACGTG...AAGTGAGACTGAGGGTGTGCCCAGTACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCATCCGAGAGATCTCTCTGCTTAAGGAGCTTAACCATCCTAATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100874 GCCATCCGAGAGATCTCTCTGCTTAAGGAGCTTAACCATCCTAATATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAA         GCTGCTGGATGTCATTCACACAGAAAATAAACTCTACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 CAAGTA...TAGGCTGCTGGATGTCATTCACACAGAAAATAAACTCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTTTTTGAATTTCTGCACCAAGATCTCAAGAAATTCATGGATGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 TGGTTTTTGAATTTCTGCACCAAGATCTCAAGAAATTCATGGATGCCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCTCACTGGCATTCCTCTTCCCCTCATCAAG         AGCTATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101129 GCTCTCACTGGCATTCCTCTTCCCCTCATCAAGGTA...CAGAGCTATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTCCAGCTGCTCCAGGGCCTAGCTTTCTGCCATTCTCATCGGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101778 GTTCCAGCTGCTCCAGGGCCTAGCTTTCTGCCATTCTCATCGGGTCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCGAGACCTTAAACCTCAGAATCTGCTTATTAACACAGAGGGGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 ACCGAGACCTTAAACCTCAGAATCTGCTTATTAACACAGAGGGGGCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTAGCAGACTTTGGACTAGCCAGAGCTTTTGGAGTCCCTGTTCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101878 AAGCTAGCAGACTTTGGACTAGCCAGAGCTTTTGGAGTCCCTGTTCGTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTACACCCATGAG         GTGGTGACCCTGTGGTACCGAGCTCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101928 TTACACCCATGAGGTG...CAGGTGGTGACCCTGTGGTACCGAGCTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAATCCTCCTGGGCTGCAAATATTATTCCACAGCTGTGGACATCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 AAATCCTCCTGGGCTGCAAATATTATTCCACAGCTGTGGACATCTGGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGGCTGCATCTTTGCTGAGATG         GTGACTCGCCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102545 CTGGGCTGCATCTTTGCTGAGATGGTA...CAGGTGACTCGCCGGGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTCCCTGGAGATTCTGAGATTGACCAGCTCTTCCGGATCTTTCGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 ATTCCCTGGAGATTCTGAGATTGACCAGCTCTTCCGGATCTTTCGGACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGGACCCCAGATGAGGTGGTGTGGCCAGGAGTTACTTCTATGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 TGGGGACCCCAGATGAGGTGGTGTGGCCAGGAGTTACTTCTATGCCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACAAGCCAAGTTTCCCCAAGTGGGCCCGGCAAGATTTTAGTAAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 TACAAGCCAAGTTTCCCCAAGTGGGCCCGGCAAGATTTTAGTAAAGTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCTCCCCTGGATGAAGATGGACGGAGCTTGTTATCG         CAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104203 ACCTCCCCTGGATGAAGATGGACGGAGCTTGTTATCGGTG...TAGCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTGCACTACGACCCTAACAAGCGGATTTCGGCCAAGGCAGCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 TGCTGCACTACGACCCTAACAAGCGGATTTCGGCCAAGGCAGCCCTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    847 CACCCTTTCTTCCAGGATGTGACCAAGCCAGTACCCCATCTTCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104567 CACCCTTTCTTCCAGGATGTGACCAAGCCAGTACCCCATCTTCGACTC