seq1 = pF1KB8303.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KB8303/gi568815597r_1211862.tfa (gi568815597r:1211862_1421094), 209233 bp

>pF1KB8303 1800
>gi568815597r:1211862_1421094 (Chr1)

(complement)

1-28  (96487-96514)   100% ->
29-126  (100002-100099)   100% ->
127-200  (100566-100639)   100% ->
201-429  (101571-101799)   99% ->
430-528  (105477-105575)   100% ->
529-563  (105657-105691)   100% ->
564-702  (106133-106271)   100% ->
703-767  (106730-106794)   100% ->
768-957  (107174-107363)   99% ->
958-1041  (107503-107586)   100% ->
1042-1131  (107971-108060)   100% ->
1132-1294  (108146-108308)   100% ->
1295-1402  (108395-108502)   100% ->
1403-1464  (108594-108655)   100% ->
1465-1607  (108727-108869)   100% ->
1608-1737  (108948-109077)   99% ->
1738-1800  (109171-109233)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGAGATCAGAGTCACGCCCTTGG         GGGCCGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  96487 ATGCCTGAGATCAGAGTCACGCCCTTGGGTG...TAGGGGCCGGCCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGTGGGCCGAAGCTGCATCCTGGTCTCCATTGCGGGCAAGAATGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 CGTGGGCCGAAGCTGCATCCTGGTCTCCATTGCGGGCAAGAATGTCATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACTGTGGAATGCACATGGGCTTCAATGACGAC         CGACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100065 TGGACTGTGGAATGCACATGGGCTTCAATGACGACGTG...TAGCGACGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCCCTGACTTCTCCTACATCACCCAGAACGGCCGCCTAACAGACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 TTCCCTGACTTCTCCTACATCACCCAGAACGGCCGCCTAACAGACTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGACTGTGTGATCATTAG         CCACTTCCACCTGGACCACTGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100622 GGACTGTGTGATCATTAGGTG...TAGCCACTTCCACCTGGACCACTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGGCACTCCCCTACTTCAGCGAGATGGTGGGCTACGACGGCCCCATCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 101594 GGGCACTCCCCTACTTCAGCGAGATGGTGGGCTACGACGGGCCCATCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATGACTCACTCCACCCAGGCCATCTGCCCCATCTTGCTGGAGGACTACCG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 ATGACTCACCCCACCCAGGCCATCTGCCCCATCTTGCTGGAGGACTACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGATCGCCGTAGACAAGAAGGGCGAGGCCAACTTCTTCACCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 CAAGATCGCCGTAGACAAGAAGGGCGAGGCCAACTTCTTCACCTCCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATCAAAGACTGCATGAAGAAGGTGGTGGCTGTCCACCTCCACCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 TGATCAAAGACTGCATGAAGAAGGTGGTGGCTGTCCACCTCCACCAGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCAG         GTAGATGATGAGCTGGAGATCAAGGCCTACTATGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 GTCCAGGTC...CAGGTAGATGATGAGCTGGAGATCAAGGCCTACTATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGCCACGTGCTGGGGGCAGCCATGTTCCAGATTAAAGTGGGCTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105512 AGGCCACGTGCTGGGGGCAGCCATGTTCCAGATTAAAGTGGGCTCAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTGGTCTACACG         GGTGATTATAACATGACCCCAGACCGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105562 CTGTGGTCTACACGGTC...CAGGGTGATTATAACATGACCCCAGACCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACTTAGG         AGCTGCCTGGATTGACAAGTGCCGCCCCAACCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 CACTTAGGGTA...CAGAGCTGCCTGGATTGACAAGTGCCGCCCCAACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTCATCACAGAGTCCACGTACGCCACGACCATCCGTGACTCCAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 GCTCATCACAGAGTCCACGTACGCCACGACCATCCGTGACTCCAAGCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCGGGAGCGAGACTTCCTGAAGAAAGTCCACGAGACCGTGGAGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106216 GCCGGGAGCGAGACTTCCTGAAGAAAGTCCACGAGACCGTGGAGCGTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGAAG         GTGCTGATACCTGTGTTCGCGCTGGGCCGCGCCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106266 GGGAAGGTA...CAGGTGCTGATACCTGTGTTCGCGCTGGGCCGCGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGCTCTGCATCCTCCTGGAGACCTTCTG         GGAGCGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106765 GGAGCTCTGCATCCTCCTGGAGACCTTCTGGTA...CAGGGAGCGCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCTGAAGGTGCCCATCTACTTCTCCACGGGGCTGACCGAGAAGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 ACCTGAAGGTGCCCATCTACTTCTCCACGGGGCTGACCGAGAAGGCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CACTACTACAAGCTGTTCATCCCCTGGACCAACCAGAAGATCCGCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107235 CACTACTACAAGCTGTTCATCCCCTGGACCAACCAGAAGATCCGCAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTTGTGCAGAGGAACATGTTTGAGTTCAAGCACATCAAGGCCTTCGACC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107285 TTTCGTGCAGAGGAACATGTTTGAGTTCAAGCACATCAAGGCCTTCGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGGCTTTTGCTGACAACCCAGGACCGATG         GTTGTGTTTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107335 GGGCTTTTGCTGACAACCCAGGACCGATGGTG...TAGGTTGTGTTTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACGCCAGGAATGCTGCACGCTGGGCAGTCCCTGCAGATCTTCCGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107515 ACGCCAGGAATGCTGCACGCTGGGCAGTCCCTGCAGATCTTCCGGAAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGCCGGAAACGAAAAGAACATG         GTCATCATGCCCGGCTACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107565 GGCCGGAAACGAAAAGAACATGGTG...CAGGTCATCATGCCCGGCTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCGTGCAGGGCACCGTCGGCCACAAGATCCTCAGCGGGCAGCGGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107990 GCGTGCAGGGCACCGTCGGCCACAAGATCCTCAGCGGGCAGCGGAAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGATGGAGGGGCGGCAGGTG         CTGGAGGTCAAGATGCAGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108040 GAGATGGAGGGGCGGCAGGTGGTG...TAGCTGGAGGTCAAGATGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGAGTACATGTCATTCAGCGCACACGCGGACGCCAAGGGCATCATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108166 GGAGTACATGTCATTCAGCGCACACGCGGACGCCAAGGGCATCATGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGGTGGGCCAGGCAGAGCCGGAGAGCGTGCTGCTGGTGCATGGCGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108216 TGGTGGGCCAGGCAGAGCCGGAGAGCGTGCTGCTGGTGCATGGCGAGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAGAAGATGGAGTTCCTGAAGCAGAAGATCGAGCAGGAGCTCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108266 AAGAAGATGGAGTTCCTGAAGCAGAAGATCGAGCAGGAGCTCCGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1295   GGGTCAACTGCTACATGCCGGCCAATGGCGAGACGGTGACGCTGCCCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108393 AGGGGTCAACTGCTACATGCCGGCCAATGGCGAGACGGTGACGCTGCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CAAGCCCCAGCATCCCCGTAGGCATCTCGCTGGGGCTGCTGAAGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108443 CAAGCCCCAGCATCCCCGTAGGCATCTCGCTGGGGCTGCTGAAGCGGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ATGGCGCAGG         GGCTGCTCCCTGAGGCCAAGAAGCCTCGGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108493 ATGGCGCAGGGTA...CAGGGCTGCTCCCTGAGGCCAAGAAGCCTCGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCTGCACGGCACCCTGATCATGAAGGACAGC         AACTTCCGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108625 CCTGCACGGCACCCTGATCATGAAGGACAGCGTG...CAGAACTTCCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGGTGTCCTCAGAGCAAGCCCTCAAAGAGCTGGGTCTGGCTGAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108737 TGGTGTCCTCAGAGCAAGCCCTCAAAGAGCTGGGTCTGGCTGAGCACCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTGCGCTTCACCTGCCGCGTGCACCTGCATGACACACGCAAGGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108787 CTGCGCTTCACCTGCCGCGTGCACCTGCATGACACACGCAAGGAGCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GACGGCATTGCGCGTCTACAGCCACCTCAAGAG         CGTCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108837 GACGGCATTGCGCGTCTACAGCCACCTCAAGAGGTG...CAGCGTCCTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AGGACCACTGTGTGCAGCACCTCCCGGACGGCTCTGTGACTGTGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 108956 AGGACCACTGTGTGCAGCACCTCCCAGACGGCTCTGTGACTGTGGAGTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GTCCTCCTCCAGGCCGCCGCCCCTTCTGAGGACCCAGGCACCAAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109006 GTCCTCCTCCAGGCCGCCGCCCCTTCTGAGGACCCAGGCACCAAGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GCTGGTCTCCTGGACCTACCAG         GACGAGGAGCTGGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109056 GCTGGTCTCCTGGACCTACCAGGTA...TAGGACGAGGAGCTGGGGAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TCCTCACATCTCTGCTGAAGAAGGGCCTCCCCCAGGCCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109190 TCCTCACATCTCTGCTGAAGAAGGGCCTCCCCCAGGCCCCCAGC