seq1 = pF1KB8301.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KB8301/gi568815576f_39411295.tfa (gi568815576f:39411295_39615370), 204076 bp

>pF1KB8301 1434
>gi568815576f:39411295_39615370 (Chr22)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-322  (100555-100732)   100% ->
323-585  (100938-101200)   100% ->
586-1293  (102223-102930)   99% ->
1294-1434  (103936-104076)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGCGCTGGTGAGCGCAAAGGCAAGAAGGATGACAATGGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGCGCTGGTGAGCGCAAAGGCAAGAAGGATGACAATGGCATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGCCATTGACTTTGTGCTCTCCAATGCCCGGCTGGTGCTGGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGCCATTGACTTTGTGCTCTCCAATGCCCGGCTGGTGCTGGGGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGAGCGGCCATGCTGGGCATCGCCACGCTGGCAGTTAAGCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 GTGGAGCGGCCATGCTGGGCATCGCCACGCTGGCAGTTAAGCGGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    ATGTACGATCGGGCGATCAGTGCCCCTACCAGCCCCACCCGCCTGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100552 CAGATGTACGATCGGGCGATCAGTGCCCCTACCAGCCCCACCCGCCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATTCGGGGAAAAGGAGCTGGGAAGAACCCAACTGGATGGGCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100602 CCATTCGGGGAAAAGGAGCTGGGAAGAACCCAACTGGATGGGCTCCCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACTGCTGAACAGGGACATGAAGACGGGCCTGAGCCGGTCCTTGCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100652 GACTGCTGAACAGGGACATGAAGACGGGCCTGAGCCGGTCCTTGCAGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTCCCACAGACTCCTCCACCTTCGACACAG         ATACATTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100702 CTTCCCACAGACTCCTCCACCTTCGACACAGGTG...CAGATACATTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCGCCCCGGCCCAAGCCAGTGGCCAGGAAGGGCCAGGTAGACTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100948 CCCGCCCCGGCCCAAGCCAGTGGCCAGGAAGGGCCAGGTAGACTTGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTCACGACTCCGCATGTCCCTGCAGGAGAAACTTCTTACTTACTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 AGTCACGACTCCGCATGTCCCTGCAGGAGAAACTTCTTACTTACTACCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACCGGGCAGCCATCCCTGCTGGAGAGCAGGCTCGGGCCAAGCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 AACCGGGCAGCCATCCCTGCTGGAGAGCAGGCTCGGGCCAAGCAAGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGGACATATGTGCCGAGCTCCGGAGCTTCCTGCGGGCCAAGTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 TGTGGACATATGTGCCGAGCTCCGGAGCTTCCTGCGGGCCAAGTTGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACATGCCGCTTCGGGACATGTACTTGAGTGGCAGCCTCTACGATGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 ACATGCCGCTTCGGGACATGTACTTGAGTGGCAGCCTCTACGATGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAG         GTGGTGACAGCTGACCACATCCAACTCATTGTGCCCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CAGGTA...CAGGTGGTGACAGCTGACCACATCCAACTCATTGTGCCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTGCTGGAGCAGAACCTGTGGTCATGTATTCCTGGTGAAGACACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102261 TGTGCTGGAGCAGAACCTGTGGTCATGTATTCCTGGTGAAGACACCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAATGTCCCTGGCTTCTTCCTGGTGCGTCGTGAGAATCCAGAGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102311 TGAATGTCCCTGGCTTCTTCCTGGTGCGTCGTGAGAATCCAGAGTACTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTCGTGGGAGCAGTTACTGGGACCGCTGTGTAGTAGGGGGCTACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102361 CCTCGTGGGAGCAGTTACTGGGACCGCTGTGTAGTAGGGGGCTACCTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCCAAAGACAGTCGCAAATACATTTGAGAAGGTAGTGGCTGGCTCCATCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 TCCAAAGACAGTCGCAGATACATTTGAGAAGGTAGTGGCTGGCTCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATTGGCCAGCCATAGGGTCCCTCTTGGACTATGTGATCCGCCCGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 ATTGGCCAGCCATAGGGTCCCTCTTGGACTATGTGATCCGCCCGGCCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CCCCCAGAAGCCCTCACACTGGAGGTGCAGTATGAGCGTGACAAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 CCCCCAGAAGCCCTCACACTGGAGGTGCAGTATGAGCGTGACAAACATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTTCATTGACTTCCTGCCATCAGTGACCCTCGGTGACACAGTCTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 CTTCATTGACTTCCTGCCATCAGTGACCCTCGGTGACACAGTCTTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCAAACCACACCGGCTAGCCCAGTATGACAACCTGTGGCGGCTGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102611 CCAAACCACACCGGCTAGCCCAGTATGACAACCTGTGGCGGCTGAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGTCCCGCGGAGACGGCACGCCTGCGGGCTCTGGACCAGGCTGACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102661 CGTCCCGCGGAGACGGCACGCCTGCGGGCTCTGGACCAGGCTGACTCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTGCCGATCTCTGTGCCTCAAGATCCTCAAGGCCATATGCAAGTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 CTGCCGATCTCTGTGCCTCAAGATCCTCAAGGCCATATGCAAGTCCACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CGGCTCTGGGCCACCTCACTGCCAGCCAGCTAACCAATGTCATCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102761 CGGCTCTGGGCCACCTCACTGCCAGCCAGCTAACCAATGTCATCCTCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TTGGCCCAGGAGGAGGCTGACTGGTCTCCGGATATGCTGGCCGACCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102811 TTGGCCCAGGAGGAGGCTGACTGGTCTCCGGATATGCTGGCCGACCGTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCTGCAGGCCTTGAGGGGACTTATCAGCTACTTAGAGGCTGGAGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102861 CCTGCAGGCCTTGAGGGGACTTATCAGCTACTTAGAGGCTGGAGTCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCAGTGCCCTAAACCCCAAG         GACAAGGCCTTGAAGGAACGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102911 CCAGTGCCCTAAACCCCAAGGTG...CAGGACAAGGCCTTGAAGGAACGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGCCTTAGATATCAGGTGAGGATGATGGAGGTAGACAGTCGACTGAATGT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103957 AGCCTTAGACATCAGGTGAGGATGATGGAGGTAGACAGTCGACTGAATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CAGCTGGAAAATCCAGTCACTAGTTGGGGTTTGGTGGCCATGTTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104007 CAGCTGGAAAATCCAGTCACTAGTTGGGGTTTGGTGGCCATGTTTTCTAC

   1450     .    :    .    :
   1415 CCAGACAGGCCCTGCTTTTC
        ||||||||||||||||||||
 104057 CCAGACAGGCCCTGCTTTTC