seq1 = pF1KB8299.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KB8299/gi568815587f_108855.tfa (gi568815587f:108855_314347), 205493 bp

>pF1KB8299 1611
>gi568815587f:108855_314347 (Chr11)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-132  (100417-100464)   100% ->
133-726  (100553-101146)   100% ->
727-818  (101717-101808)   100% ->
819-969  (102345-102495)   100% ->
970-1065  (103562-103657)   100% ->
1066-1228  (103743-103905)   100% ->
1229-1373  (103983-104127)   100% ->
1374-1493  (104445-104564)   100% ->
1494-1611  (105376-105493)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCCGGGCGGTTGCAGAAGCCGTGGAGACGGGTGAGGAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCCGGGCGGTTGCAGAAGCCGTGGAGACGGGTGAGGAGGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTATGGAAGCTCTGCGGTCATACAACCAGGAG         CACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GATTATGGAAGCTCTGCGGTCATACAACCAGGAGGTA...CAGCACTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGCTTCACGTTTGATGATGCCCAACAGGAGGACCGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100424 AGAGCTTCACGTTTGATGATGCCCAACAGGAGGACCGGAAGGTG...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGACTGGCGGAGCTGCTGGTCTCCGTCCTGGAACAGGGCTTGCCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100553 AGACTGGCGGAGCTGCTGGTCTCCGTCCTGGAACAGGGCTTGCCACCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACCGTGTCATCTGGCTGCAGAGTGTCCGAATCCTGTCCCGGGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100603 CCACCGTGTCATCTGGCTGCAGAGTGTCCGAATCCTGTCCCGGGACCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTGCCTGGACCCGTTCACCAGCCGCCAGAGCCTGCAGGCACTAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100653 ACTGCCTGGACCCGTTCACCAGCCGCCAGAGCCTGCAGGCACTAGCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGCTGACATCTCTGTCTCTGAGGGGTCCGTCCCAGAGTCCGCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 TATGCTGACATCTCTGTCTCTGAGGGGTCCGTCCCAGAGTCCGCAGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGATGTTGTACTGGAGTCCCTCAAGTGCCTGTGCAACCTCGTGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100753 GGATGTTGTACTGGAGTCCCTCAAGTGCCTGTGCAACCTCGTGCTCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCCTGTGGCACAGATGCTGGCAGCAGAGGCCCGCCTAGTGGTGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 GCCCTGTGGCACAGATGCTGGCAGCAGAGGCCCGCCTAGTGGTGAAGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGAGCGTGTGGGGCTGTACCGTGAGAGGAGCTTCCCCCACGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 ACAGAGCGTGTGGGGCTGTACCGTGAGAGGAGCTTCCCCCACGATGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTCTTTGACTTGCGGCTCCTCTTCCTGCTAACGGCACTCCGCACCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100903 GTTCTTTGACTTGCGGCTCCTCTTCCTGCTAACGGCACTCCGCACCGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCGCCAGCAGCTGTTTCAGGAGCTGAAAGGAGTGCGCCTGCTAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100953 TGCGCCAGCAGCTGTTTCAGGAGCTGAAAGGAGTGCGCCTGCTAACTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACACTGGAGCTGACGCTGGGGGTGACTCCTGAAGGGAACCCCCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 ACACTGGAGCTGACGCTGGGGGTGACTCCTGAAGGGAACCCCCCACCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTCCTTCCTTCCCAAGAGACTGAGCGGGCCATGGAGATCCTCAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101053 GCTCCTTCCTTCCCAAGAGACTGAGCGGGCCATGGAGATCCTCAAAGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTTCAACATCACCCTGGACTCCATCAAGGGGGAGGTGGACGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101103 TCTTCAACATCACCCTGGACTCCATCAAGGGGGAGGTGGACGAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727    GAAGACGCTGCCCTTTACCGACACCTGGGGACCCTTCTCCGGCACTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 CAGGAAGACGCTGCCCTTTACCGACACCTGGGGACCCTTCTCCGGCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTGATGATCGCTACTGCTGGAGACCGCACAGAGGAGTTCCACGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101764 TGTGATGATCGCTACTGCTGGAGACCGCACAGAGGAGTTCCACGGGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819     CCACGCAGTGAACCTCCTGGGGAACTTGCCCCTCAAGTGTCTGGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 .CAGCCACGCAGTGAACCTCCTGGGGAACTTGCCCCTCAAGTGTCTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTTCTCCTCACCCTGGAGCCACATGGAGACTCCACGGAGTTCATGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 GTTCTCCTCACCCTGGAGCCACATGGAGACTCCACGGAGTTCATGGGAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GAATATGGATGTGATTCGTGCCCTCCTCATCTTCCTAGAGAAGCGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 GAATATGGATGTGATTCGTGCCCTCCTCATCTTCCTAGAGAAGCGTTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACAAG         ACACACAGGCTGAAGGAGAGTGTAGCTCCCGTGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 ACAAGGTA...CAGACACACAGGCTGAAGGAGAGTGTAGCTCCCGTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCGTGCTGACTGAATGTGCCCGGATGCACCGCCCAGCCAGGAAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103598 AGCGTGCTGACTGAATGTGCCCGGATGCACCGCCCAGCCAGGAAGTTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAGGCCCAG         GGATGGCCACCTCCCCAGGTGCTGCCCCCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 GAAGGCCCAGGTA...TAGGGATGGCCACCTCCCCAGGTGCTGCCCCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCGGGATGTGAGGACACGGCCTGAGGTTGGGGAGATGCTGCGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 TGCGGGATGTGAGGACACGGCCTGAGGTTGGGGAGATGCTGCGGAACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTTGTCCGCCTCATGACACACCTGGACACAGATGTGAAGAGGGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 CTTGTCCGCCTCATGACACACCTGGACACAGATGTGAAGAGGGTGGCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGAGTTCTTGTTTGTCCTGTGCTCTGAGAGTG         TGCCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103874 CGAGTTCTTGTTTGTCCTGTGCTCTGAGAGTGGTG...CAGTGCCCCGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCATCAAGTACACAGGCTATGGGAATGCTGCTGGCCTTCTGGCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103992 TCATCAAGTACACAGGCTATGGGAATGCTGCTGGCCTTCTGGCTGCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGCCTCATGGCAGGAGGCCGGCCCGAGGGCCAGTACTCAGAGGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104042 GGCCTCATGGCAGGAGGCCGGCCCGAGGGCCAGTACTCAGAGGATGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CACAGACACAGATGAGTACAAGGAAGCCAAAGCCAG         CATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104092 CACAGACACAGATGAGTACAAGGAAGCCAAAGCCAGGTG...CAGCATAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACCCTGTGACCGGGAGGGTGGAGGAGAAGCCGCCTAACCCTATGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104450 ACCCTGTGACCGGGAGGGTGGAGGAGAAGCCGCCTAACCCTATGGAGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATGACAGAGGAGCAGAAGGAGCACGAGGCCATGAAGCTGGTGACCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104500 ATGACAGAGGAGCAGAAGGAGCACGAGGCCATGAAGCTGGTGACCATGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGACAAGCTCTCCAG         GAACAGAGTCATCCAGCCAATGGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104550 TGACAAGCTCTCCAGGTG...CAGGAACAGAGTCATCCAGCCAATGGGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGAGTCCCCGGGGTCATCTTACGTCCCTGCAGGATGCCATGTGCGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105402 TGAGTCCCCGGGGTCATCTTACGTCCCTGCAGGATGCCATGTGCGAGACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATGGAGCAGCAGCTCTCCTCGGACCCTGACTCGGACCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105452 ATGGAGCAGCAGCTCTCCTCGGACCCTGACTCGGACCCTGAC