seq1 = pF1KB8297.tfa, 573 bp
seq2 = pF1KB8297/gi568815597r_39582539.tfa (gi568815597r:39582539_39784603), 202065 bp

>pF1KB8297 573
>gi568815597r:39582539_39784603 (Chr1)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-378  (100452-100667)   99% ->
379-573  (101871-102065)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGACCAACAGCAAGCTGGCCCCCGAGGTGCTGGAGGACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGACCAACAGCAAGCTGGCCCCCGAGGTGCTGGAGGACCTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGAACACTGAGTTCAGCGAGCAGGAGCTGAAGCAGTGGTACAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGAACACTGAGTTCAGCGAGCAGGAGCTGAAGCAGTGGTACAAGGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGAAGGACTGCCCCAGCGGCATCCTCAACCTGGAGGAGTTTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGAAGGACTGCCCCAGCGGCATCCTCAACCTGGAGGAGTTTCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTACATCAAG         TTCTTCCCCTACGGCGACGCCTCCAAGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCTACATCAAGGTG...CAGTTCTTCCCCTACGGCGACGCCTCCAAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCGCAGCACGCTTTCCGCACCTTCGACAAGAACGGCGACGGCACCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100481 CGCGCAGCACGCTTTCCGCACCTTCGACAAGAACGGCGACGGCACCATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCGGGAGTTCATCTGCGCCCTGTCGGTCACCTCCCGCGGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100531 ACTTCCGGGAGTTCATCTGCGCCCTGTCGGTCACCTCCCGCGGCAGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAGAAGCTCAACTGGGCCTTTGAGATGTACGACCTGGACGGCGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 GAGCAGAAGCTCAACTGGGCCTTTGAGATGTACGACCTGGACGGCGACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGAATCACGCGCCTGGAGATGCTGGAGATCATCGAG         GCAA
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100631 GCGCATCACGCGCCTGGAGATGCTGGAGATCATCGAGGTG...CAGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTACAAGATGGTGGGCACCGTGATCATGATGCGCATGAACCAGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 TCTACAAGATGGTGGGCACCGTGATCATGATGCGCATGAACCAGGACGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCACGCCCCAGCAGCGTGTGGACAAGATCTTCAAGAAGATGGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 CTCACGCCCCAGCAGCGTGTGGACAAGATCTTCAAGAAGATGGACCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAGGACGACCAGATTACATTGGAGGAGTTCAAGGAGGCAGCCAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101975 TAAGGACGACCAGATTACATTGGAGGAGTTCAAGGAGGCAGCCAAGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCATCCATTGTGTTGCTGCTGCAGTGTGACATGCAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 ACCCATCCATTGTGTTGCTGCTGCAGTGTGACATGCAGAAG