seq1 = pF1KB8293.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KB8293/gi568815594f_112132092.tfa (gi568815594f:112132092_112368406), 236315 bp

>pF1KB8293 906
>gi568815594f:112132092_112368406 (Chr4)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-132  (121117-121165)   97% ->
133-159  (122656-122682)   100% ->
160-185  (125681-125706)   100% ->
186-282  (128675-128771)   98% ->
283-381  (130897-130995)   100% ->
382-440  (132918-132976)   100% ->
441-514  (133643-133716)   100% ->
515-643  (134497-134625)   100% ->
644-906  (136053-136315)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACTGCTGCTGGACGCAGTGCTTCGGACTGCTTCGCAAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACTGCTGCTGGACGCAGTGCTTCGGACTGCTTCGCAAGGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCGGCTGCAGCGAGTAGGCGGCGGCGGAGG         ATCCAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 GGGGCGGCTGCAGCGAGTAGGCGGCGGCGGAGGGTA...CAGATCCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTTAGAACATGCTCAAGAGGTGAGCACTTGACAATAGAG         
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>
 121125 ATTTTAGAACATGCTCAAGAGGTGAGCACTTAACAATAGAGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTTGAGAATCTAGTAGAAAGTGATGAA         GGGGAGAGCCCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122656 TTTGAGAATCTAGTAGAAAGTGATGAAGTA...CAGGGGGAGAGCCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AAGCAGTCATAG         GCCTCTTACTGAGGAAGAAATTGTTGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 125695 AAGCAGTCATAGGTA...TAGGCCTCTTACTGAGGAAGAAATTGTTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TAAGAGAAAGGCATTATGATTCCATTGCCGAAAAACAAAAAGATCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128704 TAAGAGAAAGGCATTATGATTCCATTGCCGAAAAACAAAAAGATCTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAGAAAATTCAAAAAGAG         TTAGCCTTACAAGAAGAGAAGTT
         |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128754 AAGAAAATTCAAAAAGAGGTA...CAGTTAGCCTTACAAGAAGAGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 AAGACTAGAAGAAGAAGCTTTATACGCTGCACAGCGTGAAGCAGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130920 AAGACTAGAAGAAGAAGCTTTATACGCTGCACAGCGTGAAGCAGCCAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAGCAAAGCAGCGAAAGCTCTTGGAG         CAAGAAAGGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 130970 CAGCAAAGCAGCGAAAGCTCTTGGAGGTG...AAGCAAGAAAGGCAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 ATTGTGCAGCAATATCATCCTTCCAACAATGGAGAATATCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 132933 ATTGTGCAGCAATATCATCCTTCCAACAATGGAGAATATCAAAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441    TTCAGGACCAGAAGATGACTTCGAATCTTGTTTGAGAAATATGAAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133640 CAGTTCAGGACCAGAAGATGACTTCGAATCTTGTTTGAGAAATATGAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CACAGTATGAAGTTTTTCGAAGTAGTA         GACTCTCATCAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 133690 CACAGTATGAAGTTTTTCGAAGTAGTAGTA...TAGGACTCTCATCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 GCTACAGTTTTGACACCAAATACAGAAAGCAGTTGTGATTTAATGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134511 GCTACAGTTTTGACACCAAATACAGAAAGCAGTTGTGATTTAATGACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 AACTAAATCAACTAGTGGAAATGACGACAGCACATCCTTAGATCTAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134561 AACTAAATCAACTAGTGGAAATGACGACAGCACATCCTTAGATCTAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GGGAAGATGAAGAAG         GAATGAATAGAATGCTTCCAATGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134611 GGGAAGATGAAGAAGGTA...TAGGAATGAATAGAATGCTTCCAATGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GAACGTTCCAAAACAGAGGAAGACATTCTACGGGCAGCACTTAAGTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136079 GAACGTTCCAAAACAGAGGAAGACATTCTACGGGCAGCACTTAAGTATAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CAACAAGAAGACTGGAAGTAATCCTACATCAGCCTCTGATGATTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136129 CAACAAGAAGACTGGAAGTAATCCTACATCAGCCTCTGATGATTCCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GGCTGGAGTGGGAAAATGATTTTGTTAGTGCCGAAATGGATGATAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136179 GGCTGGAGTGGGAAAATGATTTTGTTAGTGCCGAAATGGATGATAATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AATTCCGAGTATTCTGGATTTGTAAATCCTGTATTAGAACTGTCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136229 AATTCCGAGTATTCTGGATTTGTAAATCCTGTATTAGAACTGTCTGATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    870 TGGCATAAGGCATTCTGACACAGATCAACAGACTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136279 TGGCATAAGGCATTCTGACACAGATCAACAGACTCGA