seq1 = pF1KB8291.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB8291/gi568815587f_125251306.tfa (gi568815587f:125251306_125531389), 280084 bp

>pF1KB8291 1416
>gi568815587f:125251306_125531389 (Chr11)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-227  (116541-116680)   100% ->
228-399  (134246-134417)   100% ->
400-588  (146569-146757)   100% ->
589-718  (158891-159020)   100% ->
719-816  (159474-159571)   100% ->
817-936  (160441-160560)   100% ->
937-1013  (177707-177783)   100% ->
1014-1192  (178658-178836)   100% ->
1193-1416  (179861-180084)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCAACATGCCTCCCCAGCCCCCGCTCTGACGATGATGGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCAACATGCCTCCCCAGCCCCCGCTCTGACGATGATGGCCACGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGTCCCGCCCCCACCCTACCAGGACAGCCCACAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GAATGTCCCGCCCCCACCCTACCAGGACAGCCCACAGGTG...CAGATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCAACCGCCCAGCCACCCTCCAAGGCCCAGGCTGTCCACATCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116545 CGGCAACCGCCCAGCCACCCTCCAAGGCCCAGGCTGTCCACATCTCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTCAGCTGCTGCCAGCACACCTGTGCCCAGTGCCCCCATCGACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116595 CCCTCAGCTGCTGCCAGCACACCTGTGCCCAGTGCCCCCATCGACCCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCAGCTGGAGGCTGACAAGCGAGCTGTATACAG         GCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116645 GGCCCAGCTGGAGGCTGACAAGCGAGCTGTATACAGGTA...CAGGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTTTTCCCGCTCCTGACGCTGCTGTTTGAGAAATGTGAACAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134251 CTCTTTTCCCGCTCCTGACGCTGCTGTTTGAGAAATGTGAACAGGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGGCTCTGAGTGCATCACCTCCGCCAGCTTTGATGTGGACATCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134301 CAGGGCTCTGAGTGCATCACCTCCGCCAGCTTTGATGTGGACATCGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTGTCCACCAGCAGGAACAGGAGCACAAACCCTTCTTCAGCGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134351 CTTTGTCCACCAGCAGGAACAGGAGCACAAACCCTTCTTCAGCGATGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAACTGGACAATCTG         ATGGTGAAGGCAATCCAGGTCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 134401 CAGAACTGGACAATCTGGTA...CAGATGGTGAAGGCAATCCAGGTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAATCCACCTGCTGGAGCTGGAGAAAGTCAATGAACTCTGCAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146593 AGAATCCACCTGCTGGAGCTGGAGAAAGTCAATGAACTCTGCAAGGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGTAACCGTTACATCACCTGCCTCAAAACCAAGATGCACAGCGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146643 TTGTAACCGTTACATCACCTGCCTCAAAACCAAGATGCACAGCGACAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCTCAGGAATGATCTAGGGGGGCCCTACTCCCCCAACCAGCCCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146693 TGCTCAGGAATGATCTAGGGGGGCCCTACTCCCCCAACCAGCCCTCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACCTTCACTCACAG         GACCTCCTGCAGAATTCCCCCAATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 146743 AACCTTCACTCACAGGTA...CAGGACCTCCTGCAGAATTCCCCCAATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGTCCGGAGTCTCCAATAACCCCCAGGGGATTGTGGTCCCAGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158917 CATGTCCGGAGTCTCCAATAACCCCCAGGGGATTGTGGTCCCAGCCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGCTCCAGCAGGGCAACATCGCCATGACAACCGTCAACTCACAAGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158967 CGCTCCAGCAGGGCAACATCGCCATGACAACCGTCAACTCACAAGTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCAG         GTGGAGCCTTATACCAACCGGTTACCATGGTAACCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159017 TCAGGTC...CAGGTGGAGCCTTATACCAACCGGTTACCATGGTAACCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGGGTCAGGTGGTCACCCAAGCAATCCCCCAGGGAGCCATCCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159511 CCAGGGTCAGGTGGTCACCCAAGCAATCCCCCAGGGAGCCATCCAGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAACACACAG         GTTAACCTTGACCTCACCTCCCTCCTGGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 159561 AGAACACACAGGTG...AAGGTTAACCTTGACCTCACCTCCCTCCTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATGAGGATAAGAAGTCCAAGAACAAACGAGGAGTCTTGCCCAAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160471 AATGAGGATAAGAAGTCCAAGAACAAACGAGGAGTCTTGCCCAAGCATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCAATATAATGCGTTCTTGGCTCTTCCAGCATCTCATG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 160521 CACCAATATAATGCGTTCTTGGCTCTTCCAGCATCTCATGGTG...CAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCCCTACCCCACGGAGGATGAGAAGAGGCAGATCGCAGCCCAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177708 ACCCCTACCCCACGGAGGATGAGAAGAGGCAGATCGCAGCCCAGACCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCACCCTCCTGCAAGTAAACAACTG         GTTCATCAATGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 177758 CTCACCCTCCTGCAAGTAAACAACTGGTG...CAGGTTCATCAATGCCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGCGCATCCTGCAGCCCATGCTTGATGCCAGCAACCCAGATCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178673 GAGGCGCATCCTGCAGCCCATGCTTGATGCCAGCAACCCAGATCCTGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAAAGCCAAGAAGATCAAGTCTCAGCACCGGCCCACCCAAAGATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178723 CCAAAGCCAAGAAGATCAAGTCTCAGCACCGGCCCACCCAAAGATTCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCCAACTCCATCGCTGCGGGGGTGCTGCAGCAGCAGGGCGGTGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178773 CCCAACTCCATCGCTGCGGGGGTGCTGCAGCAGCAGGGCGGTGCCCCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GACAAACCCCGATG         GTTCCATCAACTTGGACAACCTGCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 178823 GACAAACCCCGATGGTA...CAGGTTCCATCAACTTGGACAACCTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCTGTCCTCAGACAGTGCCACCATGGCCATGCAGCAGGCTATGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179888 CCCTGTCCTCAGACAGTGCCACCATGGCCATGCAGCAGGCTATGATGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCACACGATGACTCATTGGATGGGACAGAAGAAGAGGATGAGGATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179938 GCACACGATGACTCATTGGATGGGACAGAAGAAGAGGATGAGGATGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGAGGAGGTCGACGAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179988 GGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGCTGGAGGAGGAGGTCGACGAGCTGCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1370 CGACAAATGTCAGCGACCTGGGCTTGGAACACAGTGACTCCCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180038 CGACAAATGTCAGCGACCTGGGCTTGGAACACAGTGACTCCCTGGAG