seq1 = pF1KB8290.tfa, 1683 bp
seq2 = pF1KB8290/gi568815589r_13988200.tfa (gi568815589r:13988200_14407523), 419324 bp

>pF1KB8290 1683
>gi568815589r:13988200_14407523 (Chr9)

(complement)

1-30  (94013-94042)   100% ->
31-562  (100004-100535)   100% ->
563-616  (227744-227797)   100% ->
617-685  (251631-251699)   100% ->
686-806  (257259-257379)   100% ->
807-925  (260717-260835)   100% ->
926-1060  (281758-281892)   100% ->
1061-1245  (286900-287084)   100% ->
1246-1384  (291178-291316)   100% ->
1385-1467  (294443-294525)   100% ->
1468-1556  (305014-305102)   100% ->
1557-1683  (319198-319324)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTATTCTCCCATCTGTCTCACTCAG         GATGAATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  94013 ATGATGTATTCTCCCATCTGTCTCACTCAGGTA...CAGGATGAATTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCATTCATCGAGGCACTTCTTCCACATGTCCGTGCAATTGCCTATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 CCCATTCATCGAGGCACTTCTTCCACATGTCCGTGCAATTGCCTATACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGTTCAACCTGCAGGCTCGAAAACGCAAGTACTTTAAAAAGCATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GGTTCAACCTGCAGGCTCGAAAACGCAAGTACTTTAAAAAGCATGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGAATGTCAAAGGATGAAGAAAGAGCAGTCAAAGATGAGCTTCTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CGAATGTCAAAGGATGAAGAAAGAGCAGTCAAAGATGAGCTTCTCAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGCCTGAAATCAAACAGAAGTGGGCATCCAGGCTCCTTGCCAAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 AAAGCCTGAAATCAAACAGAAGTGGGCATCCAGGCTCCTTGCCAAACTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAAGATATTCGCCAGGAGTATCGAGAGGACTTTGTGCTCACCGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 GCAAAGATATTCGCCAGGAGTATCGAGAGGACTTTGTGCTCACCGTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAAGAAGCACCCGTGCTGTGTCTTATCCAATCCCGACCAGAAGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100265 GGCAAGAAGCACCCGTGCTGTGTCTTATCCAATCCCGACCAGAAGGGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATTAGGAGAATCGACTGCCTGCGACAGGCAGACAAAGTCTGGCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100315 GATTAGGAGAATCGACTGCCTGCGACAGGCAGACAAAGTCTGGCGTCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCTAGTCATGGTGATCCTGTTCAAAGGCATCCCCTTGGAAAGTACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100365 ATCTAGTCATGGTGATCCTGTTCAAAGGCATCCCCTTGGAAAGTACCGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGAGAGCGGCTCATGAAATCCCCACATTGCACAAACCCAGCACTTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100415 GGAGAGCGGCTCATGAAATCCCCACATTGCACAAACCCAGCACTTTGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGCCACATCATATCACAGTATCAGTTAAGGAGCTTGATTTGTTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100465 CCAGCCACATCATATCACAGTATCAGTTAAGGAGCTTGATTTGTTTTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATACTACGTGCAGGAGCAAG         ATTCTGGACAATCAGGAAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100515 CATACTACGTGCAGGAGCAAGGTA...CAGATTCTGGACAATCAGGAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCAAGCCACAATGATCCTGCCAAGAATCCTCCAG         GTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 227764 CCAAGCCACAATGATCCTGCCAAGAATCCTCCAGGTA...CAGGTTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAGGATAGTTTTGTAAAATCTGGAGTCTTCAATGTATCAGAACTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251638 TGAGGATAGTTTTGTAAAATCTGGAGTCTTCAATGTATCAGAACTTGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAGTATCCAGAA         CGCCCATAACCCAGGGAACTGGAGTCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 251688 GAGTATCCAGAAGTA...CAGCGCCCATAACCCAGGGAACTGGAGTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCCAATTGGAGAAATCCCAAGCCAACCATACTATCATGACATGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257288 TTCCCAATTGGAGAAATCCCAAGCCAACCATACTATCATGACATGAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGGGTCAATCTTCAGAGGTCTCTGTCTTCTCCACCAAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 257338 GGGGGTCAATCTTCAGAGGTCTCTGTCTTCTCCACCAAGCAGGTA...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807  CAAAAGACCCAAAACTATATCCATAGATGAAAATATGGAACCAAGTCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260716 GCAAAAGACCCAAAACTATATCCATAGATGAAAATATGGAACCAAGTCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACAGGAGACTTTTACCCCTCTCCAAGTTCACCAGCTGCTGGAAGTCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260766 ACAGGAGACTTTTACCCCTCTCCAAGTTCACCAGCTGCTGGAAGTCGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATGGCACGAAAGAGATCAAG         ATATGTCTTCTCCGACTACTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 260816 ATGGCACGAAAGAGATCAAGGTG...CAGATATGTCTTCTCCGACTACTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAGAAGCCTGAAAAGCCATTGTTCAGCTCTGCATCTCCACAGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281779 TGAAGAAGCCTGAAAAGCCATTGTTCAGCTCTGCATCTCCACAGGATTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCCCCAAGACTGAGCACTTTCCCCCAGCACCACCATCCCGGAATACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281829 TCCCCAAGACTGAGCACTTTCCCCCAGCACCACCATCCCGGAATACCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGTTGCACACAGTG         TCATCTCAACTCGAACTCCACCTCCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 281879 AGTTGCACACAGTGGTG...CAGTCATCTCAACTCGAACTCCACCTCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTTCACCGTTGCCATTTCCAACACAAGCTATCCTTCCTCCAGCCCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286927 CTTCACCGTTGCCATTTCCAACACAAGCTATCCTTCCTCCAGCCCCATCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCTACTTTTCTCATCCAACAATCAGATATCCTCCCCACCTGAATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286977 AGCTACTTTTCTCATCCAACAATCAGATATCCTCCCCACCTGAATCCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGATACTCTGAAGAACTATGTACCTTCTTATGACCCATCCAGTCCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287027 GGATACTCTGAAGAACTATGTACCTTCTTATGACCCATCCAGTCCACAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCAGCCAG         CCTAACGGCAGTGGTCAAGTAGTAGGGAAAGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 287077 CCAGCCAGGTA...TAGCCTAACGGCAGTGGTCAAGTAGTAGGGAAAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCTGGCCATTTCACTCCTGTCTTGGCACCCTCTCCCCATCCCAGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291211 CCTGGCCATTTCACTCCTGTCTTGGCACCCTCTCCCCATCCCAGTGCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCGACCTGTGACCCTGAGCATGACAGATACTAAACCCATCACTACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291261 GCGACCTGTGACCCTGAGCATGACAGATACTAAACCCATCACTACATCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTGAAG         CCTACACAGCCTCAGGCACATCTCAAGCCAATCGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291311 CTGAAGGTG...CAGCCTACACAGCCTCAGGCACATCTCAAGCCAATCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TATGTGGGACTAAGCCCAAGAGACCCATCCTTCCTACATCAGCAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 294478 TATGTGGGACTAAGCCCAAGAGACCCATCCTTCCTACATCAGCAACAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468        CTGAGGATTTGTGACTGGACCATGAATCAAAACGGCAGGCATT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294528 G...CAGCTGAGGATTTGTGACTGGACCATGAATCAAAACGGCAGGCATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TATACCCCAGTACCAGTGAGGATACATTGGGAATTACTTGGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 305057 TATACCCCAGTACCAGTGAGGATACATTGGGAATTACTTGGCAAAGGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557      TCCTGGTACCTGGGCTAGCTTGGTTCCTTTCCAAGTGTCAAATAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305107 ..CAGTCCTGGTACCTGGGCTAGCTTGGTTCCTTTCCAAGTGTCAAATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GACACCCATCTTACCGGCCAATGTCCAAAATTACGGTTTGAACATAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319243 GACACCCATCTTACCGGCCAATGTCCAAAATTACGGTTTGAACATAATTG

   1750     .    :    .    :    .    :
   1652 GAGAACCTTTCCTTCAAGCAGAAACAAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 319293 GAGAACCTTTCCTTCAAGCAGAAACAAGCAAC