seq1 = pF1KB8288.tfa, 1221 bp
seq2 = pF1KB8288/gi568815586f_96123567.tfa (gi568815586f:96123567_96367177), 243611 bp

>pF1KB8288 1221
>gi568815586f:96123567_96367177 (Chr12)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-1002  (123374-124168)   100% ->
1003-1125  (136165-136287)   100% ->
1126-1221  (143516-143611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGTGCAATCACGCTGTGGCAGTTCCTGTTGCAGTTGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGTGCAATCACGCTGTGGCAGTTCCTGTTGCAGTTGCTGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGAAACATGAGCATTTGATCTGCTGGACCTCGAACGATGGTGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGAAACATGAGCATTTGATCTGCTGGACCTCGAACGATGGTGAATTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTCCTCAAAGCAGAAGAAGTGGCCAAGCTGTGGGGACTCCGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTCCTCAAAGCAGAAGAAGTGGCCAAGCTGTGGGGACTCCGAAAAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAACAAATATGAACTATGATAAGCTGAGCAGAGCCCTGCGATACTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAACAAATATGAACTATGATAAGCTGAGCAGAGCCCTGCGATACTATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACAAG         AACATCATCAAGAAGGTGATCGGGCAGAAGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACAAGGTA...CAGAACATCATCAAGAAGGTGATCGGGCAGAAGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTACAAGTTTGTCTCTTTCCCGGAGATCCTGAAGATGGATCCTCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123408 TGTACAAGTTTGTCTCTTTCCCGGAGATCCTGAAGATGGATCCTCACGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGAGATCAGCCGGGAGAGCCTTCTGCTGCAGGACAGCGACTGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123458 GTGGAGATCAGCCGGGAGAGCCTTCTGCTGCAGGACAGCGACTGCAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCTCCGGAGGGCCGCGAGGCCCACAAACACGGCCTGGCCGCCCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123508 GTCTCCGGAGGGCCGCGAGGCCCACAAACACGGCCTGGCCGCCCTCAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCACGAGCCGCAACGAATACATCCACTCAGGCCTGTACTCGTCCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123558 GCACGAGCCGCAACGAATACATCCACTCAGGCCTGTACTCGTCCTTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTAATTCCCTGCAGAACCCACCAGACGCCTTCAAGGCCATCAAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123608 ATTAATTCCCTGCAGAACCCACCAGACGCCTTCAAGGCCATCAAGACGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAAGCTGGAGGAGCCGCCCGAAGACAGCCCCCCCGTGGAAGAAGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123658 GAAGCTGGAGGAGCCGCCCGAAGACAGCCCCCCCGTGGAAGAAGTCAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGTGATCAGGTTTGTGACCAATAAAACCGACAAGCACGTCACCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123708 CTGTGATCAGGTTTGTGACCAATAAAACCGACAAGCACGTCACCAGGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGGTGTCCCTGCCTTCCACGTCAGAGGCTGCGGCGGCGTCCGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123758 GTGGTGTCCCTGCCTTCCACGTCAGAGGCTGCGGCGGCGTCCGCCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCCTCGTCCGTCTCGGCCAAGATCTCCTCTTTAATGTTGCCAAACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123808 GGCCTCGTCCGTCTCGGCCAAGATCTCCTCTTTAATGTTGCCAAACGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAGTATTTCATCCGCCTCACCCTTCTCATCTCGGTCCCCGTCCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123858 CCAGTATTTCATCCGCCTCACCCTTCTCATCTCGGTCCCCGTCCCTGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCAACTCACCCCTCCCTTCTGAACACAGAAGCCTCTTCCTGGAGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123908 CCCAACTCACCCCTCCCTTCTGAACACAGAAGCCTCTTCCTGGAGGCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGCCATGACTCCGATTCCCTGGAGCCCTTGAACCTGTCATCGGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123958 CTGCCATGACTCCGATTCCCTGGAGCCCTTGAACCTGTCATCGGGCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGACCAAGTCTCCATCTCTTCCCCCAAAGGCCAAAAAACCCAAAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124008 AGACCAAGTCTCCATCTCTTCCCCCAAAGGCCAAAAAACCCAAAGGCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAAATCTCAGCGCCCCCGCTGGTGCTCTCCGGCACCGACATCGGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124058 GAAATCTCAGCGCCCCCGCTGGTGCTCTCCGGCACCGACATCGGCTCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGCCCTCAACAGCCCAGCCCTCCCCTCGGGATCCCTCACCCCAGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124108 CGCCCTCAACAGCCCAGCCCTCCCCTCGGGATCCCTCACCCCAGCCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCACCGCACAG         ACACCAAATGGATTGCTTCTGACTCCGAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124158 TCACCGCACAGGTA...CAGACACCAAATGGATTGCTTCTGACTCCGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCACTGCTCTCCAGCATACATTTCTGGAGCAGCCTTAGTCCAGTTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136195 CCACTGCTCTCCAGCATACATTTCTGGAGCAGCCTTAGTCCAGTTGCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCTGAGTCCTGCCAGGCTGCAAGGGCCAAGCACGCTGTTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 136245 GCTGAGTCCTGCCAGGCTGCAAGGGCCAAGCACGCTGTTCCAGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126   TTCCCCACACTGCTTAATGGCCACATGCCAGTGCCAATCCCCAGTCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143514 AGTTCCCCACACTGCTTAATGGCCACATGCCAGTGCCAATCCCCAGTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1174 GACAGAGCTGCTTCTCCAGTACTGCTTTCTTCAAACTCTCAGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143564 GACAGAGCTGCTTCTCCAGTACTGCTTTCTTCAAACTCTCAGAAATCC