seq1 = pF1KB8285.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB8285/gi568815595r_156709551.tfa (gi568815595r:156709551_156910732), 201182 bp

>pF1KB8285 1182
>gi568815595r:156709551_156910732 (Chr3)

(complement)

1-1182  (100001-101182)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCGAGGACGAGCAACAGGAGCAAACTATCGCTGAGGACCTGGT
        ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCAAGGATGAGCAGCAGGAGCAAACTATCGCTGAGGACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGACCAAGTATAAGATGGGGGGCGACATCGCCAACA GGGTACTTCGG
        |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||-|||||||||||
 100051 CGTGACCAAGTATAAGATGGAGGGTGACATCGCCAACAGGGGTACTTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 TCCTTGGTGGAAGCATCTAGCTCAGGTGTGTCGGTACTGAGCCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTGGTGGAAGCATCTAGCTCAGGTGTGTCGGTACTGAGCCTGTGTGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GAAAGGTGATGCCATGATTATGGAAGAAACAGGGAAAATCTTCAAGAAAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAAGGTGATGCCGTGATTATGGAAGAAACAGGGAAAATCTTCAAGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AAAAGGAAATGAAGAAAGGTATTGCTTTTCCCACCAGCATTTCGGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100201 AAAAGGAAATGAAGAAAGGTATTGCTTTTCCCACCAGCATTTCAGTAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AACTGTGTATGTCACTTCTCCCCTTTGAAGAGCGACCAGGATTATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100251 AACTGTGTATGTCACTTCTCCCCTTTGAAGAGCAACCAGGATTATATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CAAGGAAGGTGACTTGGTAAAAATTGACCTTGGGGTCCATGTGGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100301 CAAGGAAGGTGACTTGGTAAAAATTGAACTTGGGGTCCATGTGGATGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TCATCGCTAATGTAGCTCACACTTTTGTGGTTGATGTAGCTCAGGGGACC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||-|
 100351 TCATCGCTAATGTAGCTCATACTTTTGTGGTTGATGTAGCTCAGGGGA C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 CAAGTAACAGGGAGGAAAGCAGATGTTATTAAGGCAGCTCACCTTTGTGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 CAAGTAACAGGGAGGAAGGCAGATGTTATTAAGGCAGCTCACCTTTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 TGAAGCTGCCCTACGCCTGGTCAAACCTGGAAATCAGAACACACAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 TGAAGCTGCCCTACGCCTGGTCAAACCTGGAAATCAGAACACACAAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 CAGAAGCCTGGAACAAAGTTGCCCACTCATTTAACTGCACGCCAATAGAA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100500 CACAAGCCTGGAACAAAGTTGCCCACTCATTTAACTGCACGCCAGTAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 GGTATGCTGTCACACCAGTTGAAGCAGCATGTCATCGATGGAGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100550 GGTATGCTGTCACACCAGTTGAAGCAGCATGTCATTGATGGAGAAAAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CATTATCCAGAATCCCACAGACCAGCAGAAGAAGGACCATGAAAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 CATTATCCAGAATCCCACAGACCAGCAGAAGAAGGACCATGAAAAAGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 AATTTGAGGTACATGAAGTATATGCTGTGGATGTTCTCGTCAGCTCAGGA
        |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
 100650 AATTTGACATACATAAAGTGTATGCTGTGGATGTTCTTGTCAGCTCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GAGGGCAAGGCCAAGGATGCAGGACAGAGAACCACTATTTACAAACGAGA
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100700 GAGGGCAAGCCCAAGGATGCAGGACAGAGAACCACTATTTACAAACAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 CCCCTCTAAACAGTATGGACTGAAAATGAAAACTTCACGTGCCTTCTTCA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 CCCTTCTAAACAGTATGGACTGAAAATGAAAACTTCACGTGCCTTCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 GTGAGGTGGAAAGGCGTTTTGATGCCATGCCGTTTACTTTAAGAGCATTT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 GTGAGGTGGAAACGCGTTTTGATGCCATGCCGTTTACTTTAAGAGCATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 GAAGATGAGAAGAAGGCTCGGATGGGTGTGGTGGAGTGCGCCAAACATGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 GAAGATGAGAAGAAGGCTCAGATGGGTGTGGTGGAGTGCGCCAAACATGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 ACTGCTGCAACCATTTAATGTTCTCTATGAGAAGGAGGGTGAATTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 ACTGCTGCAACCATTTAATGTTCTCTATGAGAAGGAGGGTGAATTTGTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 CCCAGTTTAAATTTACAGTTCTGCTCATGCCCAATGGCCCCATGCGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100950 CCCAGTTTAAATTTACAGTTCTGCTCATGCCCAGTGGCCCCATGCGGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 ACCAGTGGTCCCTTCGAGCCTGACCTCTACAAGTCTGAGATGGAGGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 101000 ACCAGTGGTCCCTTCGAGCCTGACCTCTGCAAGTCTGAGATGGAGGTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 GGATGCAGAGCTAAAGGCCCTCCTCCAGAGTTCTGCAAGTCGAAAAACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 101050 GGATGCAGAGCTAAAGGCCCTCCTCCAGAGTTCTACAAGTCGAAAAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 AGAAAAAGAAAAAAAAGAAGGCCTCCAAGACTGCAGAGAATGCCACCAGT
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
 101100 AGAAAAAGAAAACAAAGAAGGCCTCCAAGACTGCAGAGAATGTCGCCAGT

   1150     .    :    .    :    .    :
   1150 GGGGAAACATTAGAAGAAAATGAAGCTGGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101150 GGGGAAACATTAGAAGAAAATGAAGCTGGGGAC