seq1 = pF1KB8285.tfa, 1182 bp
seq2 = pF1KB8285/gi568815586f_56004738.tfa (gi568815586f:56004738_56212885), 208148 bp

>pF1KB8285 1182
>gi568815586f:56004738_56212885 (Chr12)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-217  (101851-101979)   100% ->
218-323  (102253-102358)   100% ->
324-393  (102450-102519)   100% ->
394-486  (102784-102876)   100% ->
487-550  (104493-104556)   100% ->
551-629  (105120-105198)   100% ->
630-708  (105662-105740)   100% ->
709-842  (105822-105955)   100% ->
843-937  (106227-106321)   100% ->
938-1065  (106445-106572)   100% ->
1066-1119  (106739-106792)   100% ->
1120-1182  (108086-108148)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCGAGGACGAGCAACAGGAGCAAACTATCGCTGAGGACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCGAGGACGAGCAACAGGAGCAAACTATCGCTGAGGACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGACCAAGTATAAGATGGGGGGCGACATCGCCAACA         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CGTGACCAAGTATAAGATGGGGGGCGACATCGCCAACAGTG...CAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACTTCGGTCCTTGGTGGAAGCATCTAGCTCAGGTGTGTCGGTACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 TACTTCGGTCCTTGGTGGAAGCATCTAGCTCAGGTGTGTCGGTACTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTGTGAGAAAGGTGATGCCATGATTATGGAAGAAACAGGGAAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 CTGTGTGAGAAAGGTGATGCCATGATTATGGAAGAAACAGGGAAAATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAAAGAAAAGGAAATGAAGAAAG         GTATTGCTTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101954 CAAGAAAGAAAAGGAAATGAAGAAAGGTA...CAGGTATTGCTTTTCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAGCATTTCGGTAAATAACTGTGTATGTCACTTCTCCCCTTTGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102268 CCAGCATTTCGGTAAATAACTGTGTATGTCACTTCTCCCCTTTGAAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCAGGATTATATTCTCAAGGAAGGTGACTTGGTAAAAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102318 GACCAGGATTATATTCTCAAGGAAGGTGACTTGGTAAAAATGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACCTTGGGGTCCATGTGGATGGCTTCATCGCTAATGTAGCTCACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102450 TGACCTTGGGGTCCATGTGGATGGCTTCATCGCTAATGTAGCTCACACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGGTTGATGTAGCTCAG         GGGACCCAAGTAACAGGGAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102500 TTGTGGTTGATGTAGCTCAGGTA...CAGGGGACCCAAGTAACAGGGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGCAGATGTTATTAAGGCAGCTCACCTTTGTGCTGAAGCTGCCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 AAAGCAGATGTTATTAAGGCAGCTCACCTTTGTGCTGAAGCTGCCCTACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGTCAAACCTGGAAATCAG         AACACACAAGTGACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102855 CCTGGTCAAACCTGGAAATCAGGTA...TAGAACACACAAGTGACAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTGGAACAAAGTTGCCCACTCATTTAACTGCACGCCAATAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104512 CCTGGAACAAAGTTGCCCACTCATTTAACTGCACGCCAATAGAAGGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     GTATGCTGTCACACCAGTTGAAGCAGCATGTCATCGATGGAGAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104562 .CAGGTATGCTGTCACACCAGTTGAAGCAGCATGTCATCGATGGAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACCATTATCCAGAATCCCACAGACCAGCAGAA         GAAGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105166 AACCATTATCCAGAATCCCACAGACCAGCAGAAGTA...TAGGAAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAAAAAGCTGAATTTGAGGTACATGAAGTATATGCTGTGGATGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105670 ATGAAAAAGCTGAATTTGAGGTACATGAAGTATATGCTGTGGATGTTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCAGCTCAGGAGAGGGCAAG         GCCAAGGATGCAGGACAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105720 GTCAGCTCAGGAGAGGGCAAGGTG...CAGGCCAAGGATGCAGGACAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AACCACTATTTACAAACGAGACCCCTCTAAACAGTATGGACTGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 AACCACTATTTACAAACGAGACCCCTCTAAACAGTATGGACTGAAAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAACTTCACGTGCCTTCTTCAGTGAGGTGGAAAGGCGTTTTGATGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 AAACTTCACGTGCCTTCTTCAGTGAGGTGGAAAGGCGTTTTGATGCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCGTTTACTTTAAG         AGCATTTGAAGATGAGAAGAAGGCTCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105942 CCGTTTACTTTAAGGTA...CAGAGCATTTGAAGATGAGAAGAAGGCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GATGGGTGTGGTGGAGTGCGCCAAACATGAACTGCTGCAACCATTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106254 GATGGGTGTGGTGGAGTGCGCCAAACATGAACTGCTGCAACCATTTAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCTCTATGAGAAGGAGG         GTGAATTTGTTGCCCAGTTTAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106304 TTCTCTATGAGAAGGAGGGTG...TAGGTGAATTTGTTGCCCAGTTTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TTTACAGTTCTGCTCATGCCCAATGGCCCCATGCGGATAACCAGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106468 TTTACAGTTCTGCTCATGCCCAATGGCCCCATGCGGATAACCAGTGGTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTTCGAGCCTGACCTCTACAAGTCTGAGATGGAGGTCCAGGATGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106518 CTTCGAGCCTGACCTCTACAAGTCTGAGATGGAGGTCCAGGATGCAGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TAAAG         GCCCTCCTCCAGAGTTCTGCAAGTCGAAAAACCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106568 TAAAGGTT...CAGGCCCTCCTCCAGAGTTCTGCAAGTCGAAAAACCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAAAAGAAAAAAAAGAAG         GCCTCCAAGACTGCAGAGAATGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106775 AAAAAGAAAAAAAAGAAGGTG...TAGGCCTCCAAGACTGCAGAGAATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CACCAGTGGGGAAACATTAGAAGAAAATGAAGCTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108109 CACCAGTGGGGAAACATTAGAAGAAAATGAAGCTGGGGAC