seq1 = pF1KB8284.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB8284/gi568815595f_4879719.tfa (gi568815595f:4879719_5083689), 203971 bp

>pF1KB8284 1236
>gi568815595f:4879719_5083689 (Chr3)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-150  (100244-100313)   98% ->
151-258  (100583-100690)   100% ->
259-382  (101674-101797)   100% ->
383-1236  (103118-103971)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGGATCCCCAGCGCGCAACCACCCCCCGCCTGCCTGCCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGGATCCCCAGCGCGCAACCACCCCCCGCCTGCCTGCCCAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCGGGACTGGAGCACGGAGACCTACCAGG         GATGTACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 ACCGGGACTGGAGCACGGAGACCTACCAGGGTA...CAGGATGTACCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCACATGTACCAAGTGTACAAGTCAAGACGGGGGATAAAGCGGAGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100255 CCCACATGTACCAAGTGTACAAGTCAAGACGGGGAATAAAGCGGAGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGCAAG         GAGACCTACAAATTGCCGCACCGGCTCATCGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100305 GACAGCAAGGTA...CAGGAGACCTACAAATTGCCGCACCGGCTCATCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAAAAGAGACGTGACCGGATTAACGAGTGCATCGCCCAGCTGAAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100615 GAAAAAGAGACGTGACCGGATTAACGAGTGCATCGCCCAGCTGAAGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCTACCCGAACATCTCAAACTTACA         ACTTTGGGTCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100665 TCCTACCCGAACATCTCAAACTTACAGTA...CAGACTTTGGGTCACTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAAAGCAGTGGTTCTTGAACTTACCTTGAAGCATGTGAAAGCACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101689 GAAAAAGCAGTGGTTCTTGAACTTACCTTGAAGCATGTGAAAGCACTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAACCTAATTGATCAGCAGCAGCAGAAAATCATTGCCCTGCAGAGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101739 AAACCTAATTGATCAGCAGCAGCAGAAAATCATTGCCCTGCAGAGTGGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TACAAGCTG         GTGAGCTGTCAGGGAGAAATGTCGAAACAGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101789 TACAAGCTGGTG...CAGGTGAGCTGTCAGGGAGAAATGTCGAAACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAGAGATGTTCTGCTCAGGTTTCCAGACATGTGCCCGGGAGGTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 CAAGAGATGTTCTGCTCAGGTTTCCAGACATGTGCCCGGGAGGTGCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTATCTGGCCAAGCACGAGAACACTCGGGACCTGAAGTCTTCGCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 GTATCTGGCCAAGCACGAGAACACTCGGGACCTGAAGTCTTCGCAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCACCCACCTCCACCGGGTGGTCTCGGAGCTGCTGCAGGGTGGTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 TCACCCACCTCCACCGGGTGGTCTCGGAGCTGCTGCAGGGTGGTACCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGAAGCCATCAGACCCAGCTCCCAAAGTGATGGACTTCAAGGAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 AGGAAGCCATCAGACCCAGCTCCCAAAGTGATGGACTTCAAGGAAAAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCTCTCCGGCCAAAGGTTCGGAAGGTCCTGGGAAAAACTGCGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 CAGCTCTCCGGCCAAAGGTTCGGAAGGTCCTGGGAAAAACTGCGTGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATCCAGCGGACTTTCGCTCACTCGAGTGGGGAGCAGAGCGGCAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 TCATCCAGCGGACTTTCGCTCACTCGAGTGGGGAGCAGAGCGGCAGCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACGGACACAGACAGTGGCTATGGAGGAGAATCGGAGAAGGGCGACTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103450 ACGGACACAGACAGTGGCTATGGAGGAGAATCGGAGAAGGGCGACTTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGTGAGCAGCCGTGCTTCAAAAGTGACCACGGACGCAGGTTCACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103500 CAGTGAGCAGCCGTGCTTCAAAAGTGACCACGGACGCAGGTTCACGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGAAAGGATCGGCGCAATTAAGCAAGAGTCCGAAGAACCCCCCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 GAGAAAGGATCGGCGCAATTAAGCAAGAGTCCGAAGAACCCCCCACAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAACCGGATGCAGCTTTCGGATGATGAAGGCCATTTCACTAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 AAGAACCGGATGCAGCTTTCGGATGATGAAGGCCATTTCACTAGCAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTGATCAGCTCCCCGTTCCTGGGCCCACACCCACACCAGCCTCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103650 CCTGATCAGCTCCCCGTTCCTGGGCCCACACCCACACCAGCCTCCTTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCCTGCCCTTCTACCTGATCCCACCTTCAGCGACTGCCTACCTGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103700 GCCTGCCCTTCTACCTGATCCCACCTTCAGCGACTGCCTACCTGCCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTGGAGAAGTGCTGGTATCCCACCTCAGTGCCAGTGCTATACCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 CTGGAGAAGTGCTGGTATCCCACCTCAGTGCCAGTGCTATACCCAGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAACGCCTCTGCCGCAGCCCTCTCTAGCTTCATGAACCCAGACAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103800 CAACGCCTCTGCCGCAGCCCTCTCTAGCTTCATGAACCCAGACAAGATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CGGCTCCCTTGCTCATGCCCCAGAGACTCCCTTCTCCCTTGCCAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103850 CGGCTCCCTTGCTCATGCCCCAGAGACTCCCTTCTCCCTTGCCAGCTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCGTCCGTCGACTCTTCTGTCTTGCTCCAAGCTCTGAAGCCAATCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103900 CCGTCCGTCGACTCTTCTGTCTTGCTCCAAGCTCTGAAGCCAATCCCCCC

   1250     .    :    .    :
   1215 TTTAAACTTAGAAACCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||
 103950 TTTAAACTTAGAAACCAAAGAC