seq1 = pF1KB8281.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB8281/gi568815594f_11271975.tfa (gi568815594f:11271975_11472887), 200913 bp

>pF1KB8281 915
>gi568815594f:11271975_11472887 (Chr4)

1-915  (100001-100914)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTATCAGGAGTGAAAAAGAAGAGCTTGCTAGGAGTCAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100001 ATGGATTTATCAGGAGTGAAAAAGAAGAGCTTGCTGGGAGTCAAAGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATAAAAAGTCCAGCACTAGGGCTCCTTCACCTACCAAACGCAAAGACC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100051 TAATAAAAAGTCCAGCACTAGGGCCCCTTCACCTACCAAACGCAAAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCAGATGAGAAGTCCAAGGATCGCTCAAAAGATAAAGGGGCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCAGATGAGAAGTCCAAGGATCGCTCAAAAGATAAAGGGGCCACCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTCGAGTGAGAAGGATCGCGGCCGGGACAAAACCCGAAAGAGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
 100151 GAGTCGAGTGAGAAGGATCGCGGCCGGGACAAAACGCGAAAGAGGCACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCTTCCAGTGGTAGCAGCAGTACCAGGTCTCGGTCCAGCTCGACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCTTCCAGTGGTAGCAGCAGTACCAGGTCTCGGTCCAGCTCGACTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTCAGGCTCCAGCACCAGCACTGGCTCAAGCAGTGGCTCCAGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTCAGGCTCCAGCACCAGCACTGGCTCAAGCAGTGGCTCCAGCTCTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCAGCATCCAGCCGCTCAGGAAGCTCCAGCACCTCCCGCAGCTCCAGCTC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCAGCCTCCAGCCGCTCAGGAAGCTCCAGCACCTCCCGCAGCTCCAGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAGCAGCTCTTCTGGCTCTCCAAGTCCTTCTCGGCGCAGACACGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAGCAGCTCTTCTGGCTCTCCAAGTCCTTCTCGGCGCAGACACGACAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGAGGCGCTCCCGCTCCAAATCCAAACCACCTAAAAGAGATGAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGAGGCGCTCCCGCTCCAAATCCAAACCACCTAAAAGAGATGAAAAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGGAAAAGGCGGAGCCCATCTCCTAAGCCCACCAAAGTGCACATTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGGAAAAGGCGGAGCCCATCTCCTAAGCCCACCAAAGTGCACATTGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTCACCCGGAATGTGACAAAGGATCACATCATGGAGATATTTTCCACCT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTCACCAGGAATGTGACAAAGGATCACATCATGGAGATATTTTCCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGGGAAAATTAAAATGATTGACATGCCCGTGGAAAGGATGCATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATGGGAAAATTAAAATGATTGACATGCCCGTGGAAAGGATGCATCCCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTCCAAAGGCTATGCGTACGTAGAGTTTGAGAATCCAGATGAAGCCGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
 100601 CTGTCCAAAGGCTATGCGTGCGTAGAGTTTGAGAATCCAGATGAAGCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGGCGCTGAAGCACATGGATGGAGGACAAATTGATGGCCAGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGGCGCTGAAGCACATGGATGGAGGACAAATTGATGGCCAGGAGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGCCACCGCCGTGCTGGCCCCCTGGCCTAGGCCACCCCCCAGGAGATTC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100701 CTGCCACCGTCGTGCTGGCCCCCTGGCCTAGGCCAACCCCCAGGAGATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCCTCCCAGGAGAATGTTGCCACCACCGCCTATGTGGCGCAGGTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100751 AGCCCTCCCAGGAGAATGTTGCCACCACCGCCTATGTGGCTCAGGTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCCACGGATGAGGAGAAGGTCCCGCTCCCCGAGGCGCAGGTCCCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCCACGGATGAGGAGAAGGTCCCGCTCCCCGAGGCGCAGGTCCCCCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCGGAGATCACGGTCCCCGGGCCGCCGCCGCCACAGGAGCCGCTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCGGAGATCACGGTCCCCGGGCCGCCGCCGCCACAGGAGCCGCTCCAGC

    900     .    :    .
    901 TCCAACTCCTCCCGA
        |||||||||||||-|
 100901 TCCAACTCCTCCC A