seq1 = pF1KB8278.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KB8278/gi568815588f_22226450.tfa (gi568815588f:22226450_22429539), 203090 bp

>pF1KB8278 978
>gi568815588f:22226450_22429539 (Chr10)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-209  (100441-100537)   100% ->
210-265  (101146-101201)   100% ->
266-316  (101293-101343)   100% ->
317-425  (101501-101609)   100% ->
426-471  (101685-101730)   100% ->
472-570  (102151-102249)   100% ->
571-651  (102599-102679)   100% ->
652-978  (102764-103090)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCGAACAACGAGAATCAAGATCACTGAGCTAAATCCCCACCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCGAACAACGAGAATCAAGATCACTGAGCTAAATCCCCACCTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTGTGCTTTGTGGAGGGTACTTCATTGATGCCACAACCATAATAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTGTGCTTTGTGGAGGGTACTTCATTGATGCCACAACCATAATAGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTACATTCCT         TCTGTAAAACGTGTATTGTTCGTTACCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTACATTCCTGTA...TAGTCTGTAAAACGTGTATTGTTCGTTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGACCAGCAAGTATTGTCCTATTTGTGATGTCCAAGTTCACAAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100470 GAGACCAGCAAGTATTGTCCTATTTGTGATGTCCAAGTTCACAAGACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCACTACTGAATATAAG         GTCAGATAAAACTCTCCAAGATA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100520 ACCACTACTGAATATAAGGTA...CAGGTCAGATAAAACTCTCCAAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTATACAAATTAGTTCCAGGGCTTTTCAAAA         ATGAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101169 TTGTATACAAATTAGTTCCAGGGCTTTTCAAAAGTG...CAGATGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAGAAGAAGGGATTTTTATGCAGCTCATCCTTCTGCTGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101301 AAGAGAAGAAGGGATTTTTATGCAGCTCATCCTTCTGCTGATGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317   CTGCCAATGGCTCTAATGAAGATAGAGGAGAGGTTGCAGATGAAGATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 AGCTGCCAATGGCTCTAATGAAGATAGAGGAGAGGTTGCAGATGAAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAGAATTATAACTGATGATGAGATAATAAGCTTATCCATTGAATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 AGAGAATTATAACTGATGATGAGATAATAAGCTTATCCATTGAATTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACCAGAACAG         ATTGGATCGGAAAGTAAACAAAGACAAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 GACCAGAACAGGTA...TAGATTGGATCGGAAAGTAAACAAAGACAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GAAATCTAAGGAGGAG         GTGAATGATAAAAGATACTTACGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101715 GAAATCTAAGGAGGAGGTA...TAGGTGAATGATAAAAGATACTTACGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCCCAGCAGCAATGACTGTGATGCACTTAAGAAAGTTTCTCAGAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102176 GCCCAGCAGCAATGACTGTGATGCACTTAAGAAAGTTTCTCAGAAGTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGGACATACCTAATACTTTCCAG         ATTGATGTCATGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102226 ATGGACATACCTAATACTTTCCAGGTA...TAGATTGATGTCATGTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGAGGAACCTTTAAAGGATTATTATACACTAATGGATATTGCCTACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 GGAGGAACCTTTAAAGGATTATTATACACTAATGGATATTGCCTACATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATACCTGGAGAAGG         AATGGTCCACTTCCATTGAAATACAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102666 ATACCTGGAGAAGGGTA...TAGAATGGTCCACTTCCATTGAAATACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTTCGACCTACTTGTAAAAGAATGAAGATCAGTCACCAGAGAGATGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 GTTCGACCTACTTGTAAAAGAATGAAGATCAGTCACCAGAGAGATGGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GACAAATGCTGGAGAACTGGAAAGTGACTCTGGGAGTGACAAGGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 GACAAATGCTGGAGAACTGGAAAGTGACTCTGGGAGTGACAAGGCCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCCCAGCAGGAGGTATTCCCTCCACCTCTTCTTGTTTGCCTAGCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 GCCCAGCAGGAGGTATTCCCTCCACCTCTTCTTGTTTGCCTAGCCCCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACTCCAGTGCAGTCTCCTCATCCACAGTTTCCTCACATTTCCAGTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 ACTCCAGTGCAGTCTCCTCATCCACAGTTTCCTCACATTTCCAGTACTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAATGGAACCAGCAACAGCCCCAGCGGTAACCACCAATCTTCTTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102991 GAATGGAACCAGCAACAGCCCCAGCGGTAACCACCAATCTTCTTTTGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATAGACCTCGAAAATCATCAGTAAATGGGTCATCAGCAACTTCTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103041 ATAGACCTCGAAAATCATCAGTAAATGGGTCATCAGCAACTTCTTCTGGT