seq1 = pF1KB8277.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB8277/gi568815589f_33524262.tfa (gi568815589f:33524262_33725286), 201025 bp

>pF1KB8277 1071
>gi568815589f:33524262_33725286 (Chr9)

43-1071  (100001-101029)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43 GCTTCCTTCAAAATGTCTACTGTTCACGAAATCCTGTGCAAGCTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GCTTCCTTCAAAATGTCTACTGTTCACGAAATCCTGTGCAAGCTCAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93 GGAGGGTGATCACTCTACACCCCCAAGTGCATATGGGTCTGTCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGGTGATCACTCTACACCCCCAAGTGCATATGGGTCTGTCAAAGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143 ATACTAACTTTGATGCTGAGCGGGATGCTTTGAACATTGAAACAGCCATC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACTAACTTTGATGCTGAGCGGGATGCTTTGAACATTGAAACAGCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193 AAGACCAAAGGTGTGGATGAGGTCACCATTGTCAACATTTTGACCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100151 AAGACCAAAGGTGTGGATGAGGTCACCATTGTCAACATTGTGACCAACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243 C AGCAATGCACAGAGACAGGATATTGCCTTCGCCTACCAGAGAAGGACC
        |-|-||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
 100201 CGA CAATGCACAGAGACAGGATATTGTCTTCTCCTACCAGAGAAGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAAAGGAACTTGCATCAGCACTGAAGTCAGCCTTATCTGGCCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 AAAAAGGAACTTGCATCAGCACTGAAGTCAGCCTTATCTGGCCACCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACGGTGATTTTGGGCCTATTGAAGACACCTGCTCAGTATGACGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 GACGGTGATTTTGGGCCTATTGAAGACACCTGCTCAGTATGACGCTTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTAAAAGCTTCCATGAAGGGGCTGGGAACCGACGAGGACTCTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100350 AGCTAAAAGCTTCCATGAAGGGGCTAGGAACCGACGAGGACTCTCTCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGATCATCTGCTCCAGAACCAACCAGGAGCTGCAGGAAATTAACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 GAGATCATCTGCTCCAGAACCAACCAGGAGCTGCAGGAAATTAACAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACAAGGAAATGTACAAGACTGATCTGGAGAAGGACATTATTTCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CTACAAGGAAATGTACAAGACTGATCTGGAGAAGGACATTATTTCGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATCTGGTGACTTCCGCAAGCTGATGGTTGCCCTGGCAAAGGGTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 CATCTGGTGACTTCCGCAAGCTGATGGTTGCCCTGGCAAAGGGTAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCAGAGGATGGCTCTGTCATTGATTATGAACTGATTGACCAAGATGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 
 100550 GCAGAGGATGGCTCTGTCATTGATTATGAACTGATTGACCAAGATGCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGATCTCTATGACGCTGGAGTGAAGAGGAAAGGAACTGATGTTCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GGATCTCTATGACGCTGGAGTGAAGAGGAAAGGAACTGATGTTCCCAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGATCAGCATCATGACCGAGCGGAGCGTGCCCCACCTCCAGAAAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 GGATCAGCATCATGACCGAGCGGAGCGTGCCCCACCTCCAGAAAGTATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATAGGTACAAGAGTTACAGCCCTTATGACATGTTGGAAAGCATCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 GATAGGTACAAGAGTTACAGCCCTTATGACATGTTGGAAAGCATCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGAGGTTAAAGGAGACCTGGAAAATGCTTTCCTGAACCTGGTTCAGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
 100750 AGAGGTTAAAGGAGACCTGGAAAATGCTTTCCTGAACCTGGTCCAGCGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTCAGAACAAGCCCCTGTATTTTGCTGATCGGCTGTATGACTCCATGAAG
        |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
 100800 TTCAGAACAAGCCCTTGTATTTTGCTGATCAGCTGTACGACTCCATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGCAAGGGGACGCGAGATAAGGTCCTGATCAGAATCATGGTCTCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 GGCAAGGGGACGCGAGATAAGGTCCTGATCAGAATCATGGTCTCCCGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGAAGTGGACATGTTGAAAATTAGGTCTGAATTCAAGAGAAAGTACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100900 TGAAGTGGACATGTTGAAAATTAGGTCTGAATTCAAGAGAAAGTACGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGTCCCTGTACTATTATATCCAGCAAGACACTAAGGGCGACTACCAGAAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100950 AGTCCCTGTACTATTACATCCAGCAAGACACTAAGGGCGACTACCAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :
   1042 GCGCTGCTGTACCTGTGTGGTGGAGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||
 101000 GCGCTGCTGTACCTGTGTGGTGGAGACGAC