seq1 = pF1KB8265.tfa, 1353 bp
seq2 = pF1KB8265/gi568815586r_49129724.tfa (gi568815586r:49129724_49286834), 157111 bp

>pF1KB8265 1353
>gi568815586r:49129724_49286834 (Chr12)

(complement)

1-226  (100000-100224)   97% ->
227-375  (100377-100525)   97% ->
376-1353  (100845-101822)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGTGAGTGCATCTCCATCCACGTTGGCCAGGCTGGTGTCCAGATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTACTGCCTGGAACACGGCATCCAGCCCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGACTCCTTCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100099 GCCAGATGCCAAGTGACAAGACCATTGGGGGAGGAGATGATTCCTTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGCGCTGGCAAGCACGTGCCCCGGGCTGTGTT
        |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||
 100149 ACCTTCTTCAGTGAGACGGGGGCTGGCAAGCATGTGCCCCGGGCAGTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTG         ATGAAGTTCGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100199 TGTAGACTTGGAACCCACAGTCATTGGTG...CAGATGAAGTTCGCACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAGCTCATCACAGGCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||
 100392 GCACCTACCGCCAGCTCTTCCACCCTGAGCAACTTATCACAGGCAAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100442 GATGCTGCCAATAACTATGCCCGAGGGCACTACACCATTGGCAAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTGACCTTGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTG         GCTGACC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||
 100492 CATTGACCTCGTGTTGGACCGAATTCGCAAGCTGGTA...TAGGCCGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGCACCGGTCTTCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA
        ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 AGTGCACGGGTCTCCAGGGCTTCTTGGTTTTCCACAGCTTTGGTGGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCCCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100902 ACTGGTTCTGGGTTCACCTCGCTGCTCATGGAACGTCTCTCAGTTGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAAGAAATCCAAGCTGGAGTTCTCCATTTACCCGGCACCCCAGGTTT
        ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
 100952 TGGCAAGAAGTCCAAGCTGGAGTTCTCTATTTACCCGGCGCCCCAGGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 CCACAGCTGTAGTTGAGCCCTACAACTCCATCCTCACCACCCACACCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 CTGGAGCACTCTGATTGTGCCTTCATGGTAGACAATGAGGCCATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATCGAGCGCCCAACCTACACTAACCTTA
        |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
 101102 CATCTGTCGTAGAAACCTCGATATTGAGCGTCCAACCTATACTAACCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCGCCTTATTA GCCAGATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATT
        |  | -||| ||-| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101152 ATAGG TTAATAGGTCAAATTGTGTCCTCCATCACTGCTTCCCTGAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    732 TGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TGATGGAGCCCTGAATGTTGACCTGACAGAATTCCAGACCAACCTGGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CCTACCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCTATCCCCGCATCCACTTCCCTCTGGCCACATATGCCCCTGTCATCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 GCTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GCTGAGAAAGCCTACCATGAACAGCTTTCTGTAGCAGAGATCACCAATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 TTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTGCTTTGAGCCAGCCAACCAGATGGTGAAATGTGACCCTCGCCATGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 AATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AATACATGGCTTGCTGCCTGTTGTACCGTGGTGACGTGGTTCCCAAAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 GTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAAACCAAGCGCAGCATCCAGTTTGT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||
 101451 GTCAATGCTGCCATTGCCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCAGTTTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032 GGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GGATTGGTGCCCCACTGGCTTCAAGGTTGGCATCAACTACCAGCCTCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 CTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CTGTGGTGCCTGGTGGAGACCTGGCCAAGGTACAGAGAGCTGTGTGCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132 CTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CTGAGCAACACCACAGCCATTGCTGAGGCCTGGGCTCGCCTGGACCACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182 GTTTGACCTGATGTATGCCAAGCGTGCCTTTGTTCACTGGTACGT GGGT
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||-|||-
 101651 GTTTGACCTGATGTATGCCAAACGTGCCTTTGTTCACTGGTACGTTGGG 

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231 GAGGGGATGGAGGAAGGCGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAAGATATGGCTGC
        ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
 101700 GAGGGGATGGAGGAAGGTGAGTTTTCAGAGGCCCGTGAGGACATGGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281 CCTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 CCTTGAGAAGGATTATGAGGAGGTTGGTGTGGATTCTGTTGAAGGAGAGG

   1350     .    :    .    :
   1331 GTGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC
        |||||||||||||||||||||||
 101800 GTGAGGAAGAAGGAGAGGAATAC