seq1 = pF1KB8258.tfa, 717 bp
seq2 = pF1KB8258/gi568815581f_4696195.tfa (gi568815581f:4696195_4898419), 202225 bp

>pF1KB8258 717
>gi568815581f:4696195_4898419 (Chr17)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-170  (100534-100601)   100% ->
171-302  (101244-101375)   100% ->
303-432  (101488-101617)   100% ->
433-577  (101815-101959)   99% ->
578-717  (102086-102225)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTACCTTACTAGCTGCTCGGGGAGCCGGGCCAGCACCGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTACCTTACTAGCTGCTCGGGGAGCCGGGCCAGCACCGGCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCCGGAGGCGTTCACTCCAGACTGGGAAAGCCGAGAAGTTTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCCGGAGGCGTTCACTCCAGACTGGGAAAGCCGAGAAGTTTCCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GG         ACCACTATCATGGCCGTGCAGTTTGACGGGGGCGTGGTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGTG...CAGACCACTATCATGGCCGTGCAGTTTGACGGGGGCGTGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGGGCGGACTCCAGAACAACCACTGG         GTCCTACATCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100573 CTGGGGGCGGACTCCAGAACAACCACTGGGTG...CAGGTCCTACATCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATCGAGTGACTGACAAGCTGACACCTATTCACGACCGCATTTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101256 CAATCGAGTGACTGACAAGCTGACACCTATTCACGACCGCATTTTCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCGCTCAGGCTCAGCTGCTGATACCCAGGCAGTAGCTGATGCTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 GTCGCTCAGGCTCAGCTGCTGATACCCAGGCAGTAGCTGATGCTGTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCAGCTCGGTTTCCACAG         CATTGAACTGAATGAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101356 TACCAGCTCGGTTTCCACAGGTG...TAGCATTGAACTGAATGAGCCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGTCCACACAGCAGCCAGCCTCTTTAAGGAGATGTGTTACCGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 ACTGGTCCACACAGCAGCCAGCCTCTTTAAGGAGATGTGTTACCGATACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGAAGACCTGATGGCGGGAATCATCATCGCAGGCTGGGACCCTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 GGGAAGACCTGATGGCGGGAATCATCATCGCAGGCTGGGACCCTCAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGGGCAG         GTGTACTCAGTGCCTATGGGGGGTATGATGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 GGAGGGCAGGTC...CAGGTGTACTCAGTGCCTATGGGGGGTATGATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGGCAGTCCTTTGCCATTGGAGGCTCCGGGAGCTCCTACATCTATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 AAGGCAGTCCTTTGCCATTGGAGGCTCCGGGAGCTCCTACATCTATGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTTGATGCTACCTATCGGGAAGGCATGACCAAGGAAGAGTGTCTGCAA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 ATGTTGATGCTACCTACCGGGAAGGCATGACCAAGGAAGAGTGTCTGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCACTGCCAATG         CTCTCGCTTTGGCCATGGAGCGGGATGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101947 TTCACTGCCAATGGTG...CAGCTCTCGCTTTGGCCATGGAGCGGGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCAGTGGAGGAGTGATCCGCCTGGCAGCCATTGCAGAGTCAGGGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102114 CTCCAGTGGAGGAGTGATCCGCCTGGCAGCCATTGCAGAGTCAGGGGTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCGGCAAGTACTTTTGGGAGACCAGATACCCAAATTCGCCGTTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102164 AGCGGCAAGTACTTTTGGGAGACCAGATACCCAAATTCGCCGTTGCCACT

    750     .    :
    706 TTACCACCCGCC
        ||||||||||||
 102214 TTACCACCCGCC