seq1 = pF1KB8252.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KB8252/gi568815586f_6436493.tfa (gi568815586f:6436493_6638167), 201675 bp

>pF1KB8252 1005
>gi568815586f:6436493_6638167 (Chr12)

1-29  (98341-98369)   100% ->
30-129  (100002-100101)   100% ->
130-236  (100192-100298)   100% ->
237-327  (100428-100518)   100% ->
328-443  (100609-100724)   100% ->
444-525  (100817-100898)   100% ->
526-938  (101092-101504)   100% ->
939-1005  (101609-101675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGGTGAAGGTCGGAGTCAACGG         ATTTGGTCGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  98341 ATGGGGAAGGTGAAGGTCGGAGTCAACGGGTG...TAGATTTGGTCGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGCGCCTGGTCACCAGGGCTGCTTTTAACTCTGGTAAAGTGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TGGGCGCCTGGTCACCAGGGCTGCTTTTAACTCTGGTAAAGTGGATATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCCATCAATGACCCCTTCATTGACCTCAACTACATG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100064 TTGCCATCAATGACCCCTTCATTGACCTCAACTACATGGTG...CAGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TACATGTTCCAATATGATTCCACCCATGGCAAATTCCATGGCACCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 TACATGTTCCAATATGATTCCACCCATGGCAAATTCCATGGCACCGTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGAGAACGGGAAGCTTGTCATCAATGGAAATCCCATCACCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 GGCTGAGAACGGGAAGCTTGTCATCAATGGAAATCCCATCACCATCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGA         GCGAGATCCCTCCAAAATCAAGTGGGGCGATGCTGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 AGGAGTG...TAGGCGAGATCCCTCCAAAATCAAGTGGGGCGATGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGAGTACGTCGTGGAGTCCACTGGCGTCTTCACCACCATGGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100465 GCTGAGTACGTCGTGGAGTCCACTGGCGTCTTCACCACCATGGAGAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGG         GCTCATTTGCAGGGGGGAGCCAAAAGGGTCATCATCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100515 TGGGGTG...TAGGCTCATTTGCAGGGGGGAGCCAAAAGGGTCATCATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCCCCCTCTGCTGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTGAACCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 CTGCCCCCTCTGCTGATGCCCCCATGTTCGTCATGGGTGTGAACCATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGTATGACAACAGCCTCAAGATCATCAG         CAATGCCTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100696 AAGTATGACAACAGCCTCAAGATCATCAGGTG...CAGCAATGCCTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CACCACCAACTGCTTAGCACCCCTGGCCAAGGTCATCCATGACAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100829 CACCACCAACTGCTTAGCACCCCTGGCCAAGGTCATCCATGACAACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTATCGTGGAAGGACTCATG         ACCACAGTCCATGCCATCACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100879 GTATCGTGGAAGGACTCATGGTA...CAGACCACAGTCCATGCCATCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCACCCAGAAGACTGTGGATGGCCCCTCCGGGAAACTGTGGCGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101113 GCCACCCAGAAGACTGTGGATGGCCCCTCCGGGAAACTGTGGCGTGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCGCGGGGCTCTCCAGAACATCATCCCTGCCTCTACTGGCGCTGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101163 CCGCGGGGCTCTCCAGAACATCATCCCTGCCTCTACTGGCGCTGCCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTGGGCAAGGTCATCCCTGAGCTGAACGGGAAGCTCACTGGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101213 CTGTGGGCAAGGTCATCCCTGAGCTGAACGGGAAGCTCACTGGCATGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCCGTGTCCCCACTGCCAACGTGTCAGTGGTGGACCTGACCTGCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101263 TTCCGTGTCCCCACTGCCAACGTGTCAGTGGTGGACCTGACCTGCCGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAAAAACCTGCCAAATATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 AGAAAAACCTGCCAAATATGATGACATCAAGAAGGTGGTGAAGCAGGCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGGAGGGCCCCCTCAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGCACCAGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 CGGAGGGCCCCCTCAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGCACCAGGTGGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCTCTGACTTCAACAGCGACACCCACTCCTCCACCTTTGACGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 TCCTCTGACTTCAACAGCGACACCCACTCCTCCACCTTTGACGCTGGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGCATTGCCCTCAACGACCACTTTGTCAAGCTCATTTCCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101463 TGGCATTGCCCTCAACGACCACTTTGTCAAGCTCATTTCCTGGTA...TA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939  GTATGACAACGAATTTGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 GGTATGACAACGAATTTGGCTACAGCAACAGGGTGGTGGACCTCATGGCC

   1050     .    :    .
    988 CACATGGCCTCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||
 101658 CACATGGCCTCCAAGGAG