seq1 = pF1KB8251.tfa, 681 bp
seq2 = pF1KB8251/gi568815586f_69259973.tfa (gi568815586f:69259973_69490313), 230341 bp

>pF1KB8251 681
>gi568815586f:69259973_69490313 (Chr12)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-171  (102816-102935)   100% ->
172-238  (105661-105727)   100% ->
239-333  (105818-105912)   100% ->
334-426  (110734-110826)   100% ->
427-514  (110916-111003)   100% ->
515-681  (130175-130341)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCAAGAGAATGGCCGAATTTGGGCCTGACTCCGGCGGGAGAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCAAGAGAATGGCCGAATTTGGGCCTGACTCCGGCGGGAGAGTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GGTGTTACTATCGTTAAACCAATAGTTTACGGTAATGTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTC...TAGGGTGTTACTATCGTTAAACCAATAGTTTACGGTAATGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCGGTATTTTGGAAAGAAAAGAGAAGAAGATGGGCACACTCATCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 CTCGGTATTTTGGAAAGAAAAGAGAAGAAGATGGGCACACTCATCAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGTATATGTGAAACCATATAGAAATGAG         GATATGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102906 ACAGTATATGTGAAACCATATAGAAATGAGGTA...TAGGATATGTCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATATGTGAAGAAAATCCAGTTTAAATTACATGAAAGCTATGGCAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105672 ATATGTGAAGAAAATCCAGTTTAAATTACATGAAAGCTATGGCAATCCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAGAG         TTGTTACTAAACCTCCATATGAAATTACTGAAACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105722 TAAGAGGTA...TAGTTGTTACTAAACCTCCATATGAAATTACTGAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGATGGGGTGAATTCGAAATAATCATCAAAATATTTTTCATTGACCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105853 GGATGGGGTGAATTCGAAATAATCATCAAAATATTTTTCATTGACCCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAAGACCT         GTAACCCTGTATCATTTGCTAAAGCTGTTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105903 TGAAAGACCTGTG...CAGGTAACCCTGTATCATTTGCTAAAGCTGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATCAGACACCAATGCAATGCTGGGGAAAAAGACAGTGGTTTCAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110765 AATCAGACACCAATGCAATGCTGGGGAAAAAGACAGTGGTTTCAGAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATGATGAAATG         ATATTTCAAGACCCAACAGCAATGATGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110815 TATGATGAAATGGTA...TAGATATTTCAAGACCCAACAGCAATGATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACAATTATTGACAACATCTCGTCAGCTAACATTAGGAGCCTATAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110945 ACAATTATTGACAACATCTCGTCAGCTAACATTAGGAGCCTATAAGCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAACAGAAT         TTGCAGAGCTTGAAGTGAAAACCAGAGAAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110995 AAACAGAATGTA...TAGTTGCAGAGCTTGAAGTGAAAACCAGAGAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTAGAAGCTGCTAAGAAAAAAACAAGCTTTGAGATTGCAGAGCTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130207 TTAGAAGCTGCTAAGAAAAAAACAAGCTTTGAGATTGCAGAGCTTAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAGATTAAAAGCAAGTCGTGAAACTATAAATTGTTTAAAAAATGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130257 GAGATTAAAAGCAAGTCGTGAAACTATAAATTGTTTAAAAAATGAAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .
    647 GAAAACTTGAAGAAGATGACCAAGCAAAAGACATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130307 GAAAACTTGAAGAAGATGACCAAGCAAAAGACATA