seq1 = pF1KB8246.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB8246/gi568815578r_35179566.tfa (gi568815578r:35179566_35384487), 204922 bp

>pF1KB8246 735
>gi568815578r:35179566_35384487 (Chr20)

(complement)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-193  (100227-100312)   100% ->
194-369  (103659-103834)   100% ->
370-546  (104370-104546)   100% ->
547-735  (104741-104927)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTCCGAGCTTCGTTCGAGAACAACTGTGAGATCGGCTGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTCCGAGCTTCGTTCGAGAACAACTGTGAGATCGGCTGCTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGCTCACCAACACCTACTGTCTGGTAGCGATCGGAGGCTCAGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGCTCACCAACACCTACTGTCTGGTAGCGATCGGAGGCTCAGAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACAG         TGTGTTCGAGGGCGAGCTCTCCGATACCATCCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACAGGTG...CAGTGTGTTCGAGGGCGAGCTCTCCGATACCATCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTGCACGCGTCTATCGCCGGCTGCCGCATCATCGGGCGCATGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 GTGGTGCACGCGTCTATCGCCGGCTGCCGCATCATCGGGCGCATGTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GG         GGAACAGGCACGGTCTCCTGGTACCCAACAATACCACCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100311 GGGTA...CAGGGAACAGGCACGGTCTCCTGGTACCCAACAATACCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGAGCTGCAACACATTCGCAACAGCCTCCCAGACACAGTGCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103698 ACCAGGAGCTGCAACACATTCGCAACAGCCTCCCAGACACAGTGCAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGCGGGTGGAGGAGCGGCTCTCAGCCTTGGGCAATGTCACCACCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103748 AGGCGGGTGGAGGAGCGGCTCTCAGCCTTGGGCAATGTCACCACCTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACTACGTGGCCTTGGTCCACCCAGACTTGGACAGG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103798 TGACTACGTGGCCTTGGTCCACCCAGACTTGGACAGGGTG...CAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAAGAAATTCTGGCAGATGTGCTCAAGGTGGAAGTCTTCAGACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104374 CAGAAGAAATTCTGGCAGATGTGCTCAAGGTGGAAGTCTTCAGACAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGCCGACCAGGTGCTAGTAGGAAGCTACTGTGTCTTCAGCAATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104424 GTGGCCGACCAGGTGCTAGTAGGAAGCTACTGTGTCTTCAGCAATCAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGGCTGGTGCATCCCAAGACTTCAATTGAAGACCAGGATGAGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104474 AGGGCTGGTGCATCCCAAGACTTCAATTGAAGACCAGGATGAGCTGTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTCTTCTTCAAGTCCCCCTTGTG         GCGGGGACTGTGAACCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104524 CTCTTCTTCAAGTCCCCCTTGTGGTA...CAGGCGGGGACTGTGAACCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCAGTGAGGTGATTGCTGCTGGGATGGTGGTGAATGACTGGTGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104759 GGCAGTGAGGTGATTGCTGCTGGGATGGTGGTGAATGACTGGTGTGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGTGGCCTGGACACAACCAGCACAGAGCTGTCAGTGGTGGAGAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104809 CTGTGGCCTGGACACAACCAGCACAGAGCTGTCAGTGGTGGAGAGTGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAAGCTGAATGAAGCCCAGCCTAGCACCATTGCCACCAGCATGCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104859 TCAAGCTGAATGAAGCCCAGCCTAGCACCATTGCCACCAGCATGCGGGAT

    750     .    :    .    :
    715 TCCCTCATTGACAGCCTCACC
        |||||||||||||| -|-|||
 104909 TCCCTCATTGACAGG T ACC