seq1 = pF1KB8245.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KB8245/gi568815595r_57472215.tfa (gi568815595r:57472215_57697140), 224926 bp

>pF1KB8245 540
>gi568815595r:57472215_57697140 (Chr3)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-148  (112677-112757)   100% ->
149-258  (113134-113243)   100% ->
259-330  (119754-119825)   100% ->
331-456  (121468-121593)   100% ->
457-540  (124843-124926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTCACTATCTCCTCCCTCTTCTCCCGACTATTTGGCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCTCACTATCTCCTCCCTCTTCTCCCGACTATTTGGCAAGAAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGCGCATTTTGATGG         TTGGATTGGATGCTGCTGGCAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGCGCATTTTGATGGGTG...TAGTTGGATTGGATGCTGCTGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAACCATTCTGTATAAACTGAAGTTAGGGGAGATAGTCACCACCATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112701 CAACCATTCTGTATAAACTGAAGTTAGGGGAGATAGTCACCACCATTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATTG         GTTTTAATGTGGAAACAGTAGAATATAAGAACAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112751 ACCATTGGTA...TAGGTTTTAATGTGGAAACAGTAGAATATAAGAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGTTTCACAGTATGGGATGTTGGTGGTCAAGATAGAATTAGGCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113168 TTGTTTCACAGTATGGGATGTTGGTGGTCAAGATAGAATTAGGCCTCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAAGCATTACTTCCAGAATACCCAG         GGTCTTATTTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113218 GGAAGCATTACTTCCAGAATACCCAGGTA...CAGGGTCTTATTTTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAGATAGCAACGATCGTGAAAGAATTCAGGAAGTAGCAGATGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119769 GTAGATAGCAACGATCGTGAAAGAATTCAGGAAGTAGCAGATGAGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAATG         CTTCTGGTAGATGAATTGAGAGATGCAGTGCTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119819 GAAAATGGTA...CAGCTTCTGGTAGATGAATTGAGAGATGCAGTGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TACTTTTTGCAAACAAACAGGATTTGCCAAATGCTATGGCCATCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121502 TACTTTTTGCAAACAAACAGGATTTGCCAAATGCTATGGCCATCAGTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGACAGATAAACTAGGGCTTCAGTCTCTTCGTAACAGAACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121552 ATGACAGATAAACTAGGGCTTCAGTCTCTTCGTAACAGAACAGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  TGGTATGTTCAAGCCACTTGTGCAACACAAGGAACTGGTCTGTATGAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124842 GTGGTATGTTCAAGCCACTTGTGCAACACAAGGAACTGGTCTGTATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .
    506 GACTTGACTGGCTGTCAAATGAGCTTTCAAAACGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124892 GACTTGACTGGCTGTCAAATGAGCTTTCAAAACGT