seq1 = pF1KB8237.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KB8237/gi568815579f_19093947.tfa (gi568815579f:19093947_19301716), 207770 bp

>pF1KB8237 777
>gi568815579f:19093947_19301716 (Chr19)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-268  (103020-103100)   100% ->
269-334  (103240-103305)   100% ->
335-435  (103575-103675)   100% ->
436-561  (104161-104286)   100% ->
562-628  (104711-104777)   100% ->
629-709  (105208-105288)   100% ->
710-777  (107703-107770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTTACCCAGCCTGCAGAAGACCTCATCCAGACCCAGCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTTACCCAGCCTGCAGAAGACCTCATCCAGACCCAGCAGACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTCAGAACTTGGGGACCCTGAAGACCCCGGAGAGGAGGCTGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTCAGAACTTGGGGACCCTGAAGACCCCGGAGAGGAGGCTGCAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCAGACACTGTGGTCCTCAGTCTCTTTCCCTGCACCCCTGAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCAGACACTGTGGTCCTCAGTCTCTTTCCCTGCACCCCTGAGCCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATCCTGAACCGGATGCCAGTGTTTCCTCTCCACAGG         GCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 AATCCTGAACCGGATGCCAGTGTTTCCTCTCCACAGGGTA...CAGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCTGAAGCACTCCACCACTCTCACCAACCGGCAGCGAGGGAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103024 CTCCCTGAAGCACTCCACCACTCTCACCAACCGGCAGCGAGGGAACGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTCAGCTCTGCCGGCCACCCTAGACT         CCCTGTCCATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103074 TGTCAGCTCTGCCGGCCACCCTAGACTGTG...CAGCCCTGTCCATCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCTCGCAGCACAGGGGGAGCTGGACCAGCTGAAGGAGCATTTGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103254 CAGCTCGCAGCACAGGGGGAGCTGGACCAGCTGAAGGAGCATTTGCGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         GTGACAACCTCGTCAACAAGCCAGACGAGCGCGGCTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103304 AGGTG...CAGGTGACAACCTCGTCAACAAGCCAGACGAGCGCGGCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCCCTCATCTGGGCCTCCGCCTTTGGAGAGATTGAGACCGTTCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103614 CCCCCCTCATCTGGGCCTCCGCCTTTGGAGAGATTGAGACCGTTCGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTGGAGTGG         GGTGCCGACCCCCACATCCTGGCAAAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103664 CTGCTGGAGTGGGTG...CAGGGTGCCGACCCCCACATCCTGGCAAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCGAGAGAGCGCCCTGTCGCTGGCCAGCACAGGCGGCTACACAGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104190 GCGAGAGAGCGCCCTGTCGCTGGCCAGCACAGGCGGCTACACAGACATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGGCTGCTGCTGGAGCGTGACGTGGACATCAACATCTATGATTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104240 TGGGGCTGCTGCTGGAGCGTGACGTGGACATCAACATCTATGATTGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       AATGGAGGGACGCCACTGCTGTACGCTGTGCGCGGGAACCACGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104290 ...CAGAATGGAGGGACGCCACTGCTGTACGCTGTGCGCGGGAACCACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAATGCGTTGAGGCCTTGCTGG         CCCGAGGCGCTGACCTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104755 GAAATGCGTTGAGGCCTTGCTGGGTG...CAGCCCGAGGCGCTGACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCACCGAAGCCGACTCTGGCTACACCCCGATGGACCTTGCCGTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105226 CCACCGAAGCCGACTCTGGCTACACCCCGATGGACCTTGCCGTGGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGATACCGGAAAG         TGCAACAGGTGATCGAGAACCACATCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105276 GGATACCGGAAAGGTC...CAGTGCAACAGGTGATCGAGAACCACATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAGCTCTTCCAGAGCAACCTGGTGCCCGCTGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107731 CAAGCTCTTCCAGAGCAACCTGGTGCCCGCTGACCCTGAG