seq1 = pF1KB8236.tfa, 882 bp
seq2 = pF1KB8236/gi568815593r_93582840.tfa (gi568815593r:93582840_93783717), 200878 bp

>pF1KB8236 882
>gi568815593r:93582840_93783717 (Chr5)

(complement)

1-882  (100001-100878)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTCGGTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATTATCACTTTAAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100051 TCTTTTCGGTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATGATCACTTTAAGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAATGATGAAAATGAGCACCAGTTATCTTTAAGAACGGTCAGTTTAGGG
        |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||
 100101 ATAATGATGAAAATGAGCGCCAGTTATCCTTAAGAACGGCCAGTTTAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGGTGCAAAGGATGAGTTGCACATTGTTGAAGCAGAGGCAATGAATTA
        -||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||
 100151  CTGGTGCAAAGGATGAACTGCACATTGTTGAAGCAGAGGCCATGAATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAACACTGGCAACTTTGAAAATGTCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 CGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAACACTGGCAACTTTGAAAATGTCTGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCAACGGTTTCCCTTGGGGGCTTTGAAATAACACCACCAGTGGTCTTA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 AGCCAACAGTTTCCCTTGGGGGCTTTGAAATAACACCACCAGTGGTCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCCAGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 AGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCCAGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCTGTGGAGGAAGATGCAGAGTCAGAAGATGAAGAGGAGGAGGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 AGCTGTGGAGGAAGATGCAGAGTCAGAAGATGAAGAGGAGGAGGATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AACTCTTAAGTATATCTGGAAAGCGGTCTGCCCCTGGAGGTGGTAGCAAG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 AACTCTGAAGTATATCTGGAAAGCGGTCTGCCCCTGGAGGTGGTAGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTCCACAGAAAAAAGTAAAACTTGCTGCTGATGAAGATGATGACGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 GTTCCACAGAAAAAAGTAAAACTTGCTGCTGATGAAGATGATGACGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGATGAAGAGGATGATGATGAAGATGATGATGATGATGATTTTGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 TGATGAAGAGGATGATGATGAAGATGATGATGATGATGATTTTGATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGTGAAGAAATCTATACGAGATACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 AGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGTGAAGAAATCTATACGAGATACTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAGACTCAAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAGACTCAAAACCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATCAACACCAAGATCAAAAGGACAAGAATCCTTCAAGAAACAGGAAAAAA
        |---|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100650 A   ACACCAAGATCAAAAGGACAAGAATCCTTCAAAAAACAGGAAAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCCTAAAACACCAAAAGGACCTAGTTCTGTAGAAGACATTAAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 CTCCTAAAACACCAAAAGGACCTAGTTCTGTAGAAGACATTAAAGCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGCAAGCAAGTATAGAAAAAGGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 ATGCAAGCAAGTATAGAAAAAGGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTCATCAATTATGTGAAGAATTGCTTCCGGATGACTGACCAAGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100797 ATTCATCAATTATGTGAAGAATTGCTTCCGGATGACTAACCAAGAGGCTA

    850     .    :    .    :    .    :
    851 TTCAAGATCTCTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 TTCAAGATCTCTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTT