seq1 = pF1KB8236.tfa, 882 bp
seq2 = pF1KB8236/gi568815593f_171287949.tfa (gi568815593f:171287949_171510562), 222614 bp

>pF1KB8236 882
>gi568815593f:171287949_171510562 (Chr5)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-138  (102103-102182)   100% ->
139-258  (103357-103476)   100% ->
259-352  (103758-103851)   100% ->
353-459  (104762-104868)   100% ->
460-524  (104966-105030)   100% ->
525-582  (112205-112262)   100% ->
583-669  (112891-112977)   100% ->
670-771  (117354-117455)   100% ->
772-846  (119752-119826)   100% ->
847-882  (122579-122614)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTCG         GTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATTATCACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTTCGGTA...CAGGTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATTATCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAAGGTGGATAATGATGAAAATGAGCACCAGTTATCTTTAAGAACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102136 TTAAGGTGGATAATGATGAAAATGAGCACCAGTTATCTTTAAGAACGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTCAGTTTAGGGGCTGGTGCAAAGGATGAGTTGCACATTGTTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102186 ...CAGGTCAGTTTAGGGGCTGGTGCAAAGGATGAGTTGCACATTGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCAGAGGCAATGAATTACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAACACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103401 AGCAGAGGCAATGAATTACGAAGGCAGTCCAATTAAAGTAACACTGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTTGAAAATGTCTGTACAGCCAACG         GTTTCCCTTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103451 CTTTGAAAATGTCTGTACAGCCAACGGTA...TAGGTTTCCCTTGGGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTGAAATAACACCACCAGTGGTCTTAAGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 TTTGAAATAACACCACCAGTGGTCTTAAGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGTAG         CTGTGGAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103823 AGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGTAGGTA...TAGCTGTGGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGCAGAGTCAGAAGATGAAGAGGAGGAGGATGTGAAACTCTTAAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104774 ATGCAGAGTCAGAAGATGAAGAGGAGGAGGATGTGAAACTCTTAAGTATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGGAAAGCGGTCTGCCCCTGGAGGTGGTAGCAAGGTTCCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104824 TCTGGAAAGCGGTCTGCCCCTGGAGGTGGTAGCAAGGTTCCACAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     AAAAAAGTAAAACTTGCTGCTGATGAAGATGATGACGATGATGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104874 .AAGAAAAAAGTAAAACTTGCTGCTGATGAAGATGATGACGATGATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGAGGATGATGATGAAGA         TGATGATGATGATGATTTTGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105012 AAGAGGATGATGATGAAGAGTA...TAGTGATGATGATGATGATTTTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATGAGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGTGAAGAAA         TCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112227 GATGAGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGTGAAGAAAGTG...CAGTCTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACGAGATACTCCAGCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112896 ACGAGATACTCCAGCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACTCAAAACCATCATCAACACCAAGATCAAAA         GGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112946 ACTCAAAACCATCATCAACACCAAGATCAAAAGTA...CAGGGACAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TCCTTCAAGAAACAGGAAAAAACTCCTAAAACACCAAAAGGACCTAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117363 TCCTTCAAGAAACAGGAAAAAACTCCTAAAACACCAAAAGGACCTAGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGTAGAAGACATTAAAGCAAAAATGCAAGCAAGTATAGAAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117413 TGTAGAAGACATTAAAGCAAAAATGCAAGCAAGTATAGAAAAAGTG...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772   GGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAGCCAAATTCATCAATTATGTGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119750 AGGGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAGCCAAATTCATCAATTATGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AATTGCTTCCGGATGACTGACCAAGAG         GCTATTCAAGATCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119800 AATTGCTTCCGGATGACTGACCAAGAGGTA...CAGGCTATTCAAGATCT

    950     .    :    .    :
    861 CTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||
 122593 CTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTT