seq1 = pF1KB8234.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KB8234/gi568815592f_30517866.tfa (gi568815592f:30517866_30725794), 207929 bp

>pF1KB8234 774
>gi568815592f:30517866_30725794 (Chr6)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-187  (101628-101736)   100% ->
188-285  (101844-101941)   100% ->
286-354  (102056-102124)   100% ->
355-421  (104967-105033)   100% ->
422-481  (107018-107077)   100% ->
482-774  (107637-107929)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGTCTGTATTAAACACCGTGCTGAGGCGGCTTCCTATGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGTCTGTATTAAACACCGTGCTGAGGCGGCTTCCTATGCTATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTTCCGAGGTTCTCACAGAGTTCAG         GTTCCCCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TCTCTTCCGAGGTTCTCACAGAGTTCAGGTA...TAGGTTCCCCTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTTTGCACCAAAGCTCCCTCTGAGGAAGATTCTTTGTCCTCAGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101641 CTCTTTGCACCAAAGCTCCCTCTGAGGAAGATTCTTTGTCCTCAGTTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCTCCTTATAAGGATGAGCCCTGGAAATATCTGGAATCAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101691 ATTTCTCCTTATAAGGATGAGCCCTGGAAATATCTGGAATCAGAAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      AATACCAGGAGCGATATGGTTCTCGCCCCGTCTGGGCTGACTACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101741 ..CAGAATACCAGGAGCGATATGGTTCTCGCCCCGTCTGGGCTGACTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCGCAACCACAAGGGTGGTGTACCCCCACAGCGGACTCGGAAGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101889 GCCGCAACCACAAGGGTGGTGTACCCCCACAGCGGACTCGGAAGACATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATT         CGTCGGAATAAAGTTGTTGGGAATCCCTGCCCCATCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101939 ATTGTG...CAGCGTCGGAATAAAGTTGTTGGGAATCCCTGCCCCATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGAGATCACAAGTTGCATGTTGACTTTAGG         AACGTGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102094 TCGAGATCACAAGTTGCATGTTGACTTTAGGGTA...CAGAACGTGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTTGGAGCAATTTGTCTGCGCCCACACGGGTATCATCTTCTATGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104977 TCTTGGAGCAATTTGTCTGCGCCCACACGGGTATCATCTTCTATGCTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACACAG         GAGTCTGTGTGAAGCAGCACAAGCGGTTGACCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105027 TACACAGGTT...CAGGAGTCTGTGTGAAGCAGCACAAGCGGTTGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCCATCCAGAAAGCCAGGGATCATG         GTCTCCTCATTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107052 GGCCATCCAGAAAGCCAGGGATCATGGTG...TAGGTCTCCTCATTTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACATCCCCCAGGTTGAACCACGGGACCTTGACTTCAGTACCTCTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107652 ACATCCCCCAGGTTGAACCACGGGACCTTGACTTCAGTACCTCTCATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTGTGAGTGCTACTCCGCCAGCCCCCACCCTGGTCTCAGGTGACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107702 GCTGTGAGTGCTACTCCGCCAGCCCCCACCCTGGTCTCAGGTGACCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GTACCCATGGTACAACTGGAAACAGCCACCGGAGAGAGAACTGTCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107752 GTACCCATGGTACAACTGGAAACAGCCACCGGAGAGAGAACTGTCTCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCGCCGGCTTTACCAGGGTCATCTCCAAGAAGAGAGTGGCCCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107802 TTCGCCGGCTTTACCAGGGTCATCTCCAAGAAGAGAGTGGCCCCCCACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGTCAATGCCCAAGATGCCCCCTAGAACACCAGCGGAAGCCTCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107852 GAGTCAATGCCCAAGATGCCCCCTAGAACACCAGCGGAAGCCTCCTCCAC

    800     .    :    .    :    .
    747 TGGGCAGACAGGCCCTCAGAGTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 107902 TGGGCAGACAGGCCCTCAGAGTGCTCTG