seq1 = pF1KB8232.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB8232/gi568815597r_88753216.tfa (gi568815597r:88753216_88987368), 234153 bp

>pF1KB8232 948
>gi568815597r:88753216_88987368 (Chr1)

(complement)

1-17  (95870-95886)   100% ->
18-124  (100002-100108)   100% ->
125-258  (123255-123388)   100% ->
259-405  (127083-127229)   100% ->
406-535  (127358-127487)   100% ->
536-817  (129882-130163)   99% ->
818-948  (134023-134153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTACCAGCCG         TTTGGATGCTCTTCCAAGAGTCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  95870 ATGGCGTCTACCAGCCGGTT...TAGTTTGGATGCTCTTCCAAGAGTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATGTCCAAACCATCCAGATGCGATTTTAGTGGAGGACTACAGAGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 ATGTCCAAACCATCCAGATGCGATTTTAGTGGAGGACTACAGAGCCGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATATGATCTGTCCTGAATGTGGCTTGGTTGTAG         GTGACCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100076 ATATGATCTGTCCTGAATGTGGCTTGGTTGTAGGTG...TAGGTGACCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTATTGATGTGGGATCTGAATGGCGAACTTTCAGCAATGACAAAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123263 GTTATTGATGTGGGATCTGAATGGCGAACTTTCAGCAATGACAAAGCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAAGATCCATCTCGAGTTGGAGATTCTCAGAATCCTCTTCTGAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123313 AAAAGATCCATCTCGAGTTGGAGATTCTCAGAATCCTCTTCTGAGTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGATTTGTCTACCATGATTGGCAAG         GGCACAGGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123363 GAGATTTGTCTACCATGATTGGCAAGGTA...TAGGGCACAGGAGCTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGTTTTGACGAATTTGGCAATTCTAAGTACCAGAATCGGAGAACAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127098 AGTTTTGACGAATTTGGCAATTCTAAGTACCAGAATCGGAGAACAATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTTCTGATCGGGCAATGATGAATGCATTCAAAGAAATCACTACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127148 CAGTTCTGATCGGGCAATGATGAATGCATTCAAAGAAATCACTACCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTT         GATCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127198 CAGACAGAATCAATCTACCTCGAAATATAGTTGTA...AAGGATCGAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATAATTTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127367 AATAATTTATTCAAGCAAGTATATGAACAGAAGAGCCTGAAGGGAAGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATGATGCTATAGCTTCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127417 TAATGATGCTATAGCTTCTGCTTGTCTCTATATTGCCTGTAGACAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGTTCCTAGGACATTTAAAG         AAATATGTGCCGTATCACGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127467 GGGTTCCTAGGACATTTAAAGGTA...TAGAAATATGTGCCGTATCACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129902 ATTTCTAAGAAAGAAATTGGTCGGTGTTTTAAACTTATTTTGAAAGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129952 AGAAACCAGTGTGGATTTGATTACAACTGGGGACTTCATGTCCAGGTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTCCAACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130002 GTTCCAACCTTTGTCTTCCTAAACAAGTACAGATGGCAGCTACACATATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCCGTAAAGCTGTGGAATTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 130052 GCCCGTAAAGCTGTGGAACTGGACTTGGTTCCTGGGAGGAGCCCCATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATGGCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130102 TGTGGCAGCGGCAGCTATTTACATGGCCTCACAGGCATCAGCTGAAAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGACCCAAAAAG         AAATTGGAGATATTGCTGGTGTTGCTGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 130152 GGACCCAAAAAGGTA...TAGAAATTGGAGATATTGCTGGTGTTGCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134052 GTTACAATCAGACAGTCCTATAGACTGATCTATCCTCGAGCCCCAGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTTTCCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134102 GTTTCCTACAGACTTCAAATTTGACACCCCAGTGGACAAACTACCACAGC

   1000 
    947 TA
        ||
 134152 TA